Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai

 

 

Projekta nosaukums: „ Molekulāro marķieru identificēšana hipofīzes adenomu veidošanās, attīstības gaitas un terapijas efektivitātes prognozēšanai”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/16/A/066

Projekta izpildes termiņš: 2017. gada 1. janvāris - 2019. gada 31. decembris

Projekta kopējais finansējums: 648 600,28 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol., Assoc. Prof. J. Kloviņš 

 

 Šī projekta galvenais mērķis ir izpētīt hipofīzes adenomu izveidošanos un progresēšanu nosakošos molekulāros marķierus un identificēt faktorus, kas nosaka klīniskā iznākuma mainību, un būtu pielietojami kā biomarķieri uzlabotai hipofīzes adenomas terapijai Projekta specifiskie mērķi ir:

1. Identificēt slimības specifiskas somatiskām mutācijas dažādos hipofīzes adenomas (HA) tipos un izmantot šo informāciju, lai raksturotu HA operācijas materiālā sastopamās šūnu populācijas un HA neinvazīvai uzraudzīšanai nepieciešamos marķierus Visa eksoma sekvencēšanas pētījumi norāda uz augstu molekulāro HA heterogenitāti. Mūsu mērķis ir ne tikai pielietot eksoma sekvencēšanu pieejamajiem HA audu paraugiem, bet papildināt informāciju par atrastajiem audzēja specifiskajiem ģenētiskajiem variantiem ar audzēja šūnu pētījumiem, kas ļaus raksturot mutāciju lomu HA un izprast HA šūnu procesus un efektīvi pielietot šos marķierus slimības gaitas novērošanai. Līdz šim šāda pieeja HA pētīšanai pasaulē vēl nav tikusi pielietota. Mūsu hipotēze ir (1) dažādās HA šūnu populācijās ir dažāds mutāciju saturs, kas nosaka to īpašības un (2) audzēja specifiskās brīvās DNS klātbūtne var tikt izmantota slimības novērošanai.

2. Identificēt ar vezikulām asociētos RNS marķierus, kas atšķir veselos no HA pacientiem, kā arī klīniskos iznākumus un ārstēšanas efektivitāti. Hipofīzes nepieejamība biopsijai nosaka, ka neinvazīvu slimības marķieru atklāšana ir augstākā prioritāte slimības laicīgai diagnosticēšanai. Mēs izdalīsim un raksturosim asinīs cirkulējošo vezikulu RNS saturu akromegālijas un nehormonālo adenomu pacientiem un veseliem cilvēkiem, lai veiktu nepieciešamos salīdzinājumus.

3. Noteikt vislabāko biomarķieru kombināciju, kas var prognozēt HA augšanas dinamiku un atkārtošanās iespējamību. Mēs veiksim RNS transkriptoma raksturojumu, lai identificētu transkripcijas motīvus, kas korelē ar audzēja klīniskajām īpašībām un kopā ar šūnu informāciju palīdz uzlabot HA gaitas un terapijas prognozēšanu.

Informācija publicēta: 02.01.2017.


Projekta progress:

2017. gada 1. janvāris - 2017. gada 31. marts 

Šajā projekta periodā sākta intensīva gatavošanās projekta realizācijai, atlasīti kritēriji pacientu identifikācijai no Valsts Iedzīvotāju Genoma Datubāzes kolekcijas, sākta pētījumā iekļaujamo pacientu paraugu raksturošana un apkopošana, lai izveidotu projekta realizācijai nepieciešamās paraugu un saistīto datu kolekcijas, papildus uzsākta klīnisko datu ievākšana un jaunu pacientu iesaiste. Kā arī veiktas pirmās iestrādnes eksperimentālajai daļa, uzsākta paraugu atlase un sagatavošana eksoma sekvencēšanai un brīvā DNS pētniecībai, izveidoti attiecīgie protokoli un metodoloģijas iestrādnes. Paralēli, noticis darbs pie šūnu šķirošanas eksperimentiem nepieciešamās metodoloģijas un protokolu izveides.

Informācija publicēta: 31.03.2017.


Projekta progress:

2017. gada 1. aprīlis - 2017. gada 30. jūnijs

Izveidota hipofīzes adenomu pacientu projektspecifiskā datubāze balstoties uz Valsts iedzīvotāju genoma datubāzi, iekļaujot klīnisko informāciju par šiem pacientiem, šo datubāzi paredzēts papildināt visa projekta laikā. Veikta pirmo četru eksomu sekvencēšana un uzsākta primārā analīze, salīdzinot somatisko mutāciju klātesamību audzēja DNS primārajā un recidīva audzēja materiālos. Pēc izstrādātā protokola pašlaik sašķiroti divu hipofīzes adenomu operācijas materiāli un uzsākta pirmo hipofīzes adenomu audzēju RNS izdalīšana. Optimizēta brīvās DNS izdalīšanas metode no hipofīzes adenomu pacientu plazmas un veikta brīvā DNS izdalīšana pieciem pacientu paraugiem. Sākta protokola izstrāde plazmas atdalīšanai un eksomu un miRNS izdalīšanai.

Informācija publicēta: 30.06.2017.

 

Projekta progress:

2017. gada 1. jūlijs - 2017. gada 30. septembris

Izveidotā hipofīzes adenomu pacientu projektspecifiskā datubāze pārbaudīta un sakārtota atbilstoši projekta vajadzībām, kā arī ievākti papildus klīniskie dati un jauni hipofīzes adenomu pacientu paraugi. Turpināta DNS eksomu sekvencēšana, ietverot, bibliotēkas sagatavošanu, kvalitātes kontroli un sekvencēšanu. Veikta sekvencēšanas rezultātu mutāciju sadalījuma analīze starp pacienta genomisko, audzēja somatisko primāro un recedīva DNS. Pētītas atšķirības genomiskajos pārkārtojumos un atšķirīgos mutāciju veidots (insercijās, delēcijās, translokācijas u.c.). Turpināti šūnu šķirošanas un apstrādes eksperimenti, kā arī  hipofīzes adenomu audzēju RNS izdalīšana un kvalitātes kontrole. Pēc izstrādātā protokola veikta brīvi cirkulējošā DNS izdalīšana no sešiem hipofīzes adenomu pacientu plazmas paraugiem. Veikti pirmie eksosomu un miRNS izdalīšanas eksperimenti pieciem plazmas paraugiem.

Informācija publicēta: 29.09.2017.

 

Projekta progress:

2017. gada 1. oktobris - 2017. gada 31. decembris

Šajā projekta īstenošanas periodā ievākti papildus klīniskie dati un jauni hipofīzes adenomu pacientu paraugi, tādējādi papildināta pētījumspecifiskā datubāze un bioloģisko materiālu kolekcija. Papildus apstrādāti pieci jaunu audzēju audu materiāli, šķirotajām šūnu populācijām analizēta GNAS ģenētiskā marķiera klātbūtne, izdalīts RNS un veikta tā kvalitātes kontrole.  Kombinējot castPCR un citu metožu kombināciju optimizēta GNAS mutāciju detektēšana arī hipofīzes adenomu pacientu asins plazmā. Turpināts darbs pie miRNS analīzes optimizācijas.

Informācija publicēta: 02.01.2018.

 

Projekta progress:

2018. gada 1. janvāris - 2018. gada 31. marts

 Ievākti papildus bioloģiskie materiāli un saistītie dati, papildinot pētījumspecifisko datubāzi. Uzsākta GNAS mutācijas detektēšana, lielā skaitā adenomu audzēju audu un pacientu plazmas materiāla, uzsākts darbs pie korelācijas analīzes. Turpināts darbs pie ar nākamās paaudzes sekvencēšanas atklāto mutāciju validēšanas. Uzsākti plazmas brīvā miRNS analīzes eksperimenti un RNS profilēšanas eksperimenti. Turpināti šūnu šķirošanas eksperimenti, pētot GNAS mutācijas klātbūtni atšķirīgās adenomu šūnu populācijās.

Informācija publicēta: 29.03.2018.

 

Projekta progress:

2018. gada 1. aprīlis – 2018. gada 30. jūnijs

Šajā periodā veikta papildus pacientu iesaistīšana bioloģisko materiālu ieguve un klīnisko datu apkopošana, lai turpinātu projekta realizāciju. Turpināta audzēja eksomu sekvencēšana un iegūto rezultātu validācija. Datu analīzes jomā veikta literatūras izpēte, lai noskaidrotu šo ģenētisko izmaiņu iespējamo ietekmi uz hipofīzes adenomu patoģenēzi. Turpināta šūnu līniju audzēšana un šķirošana. Paralēli, GNAS mutācijas izpētei pacientu šūnu brīvajā DNS, pētīta arī šīs mutācijas sastopamība kontroles grupas plazmā. Veikti RNS saistītie eksperimenti gan miRNS, gan RNS profilēšanas ziņā.

Informācija publicēta: 29.06.2018.

 

Projekta progress:

2018. gada 1. jūlijs – 2018. gada 30. septembris

Šajā periodā veikta papildus pacientu iesaistīšana bioloģisko materiālu ieguve un klīnisko datu apkopošana, lai turpinātu projekta realizāciju. Veikta iegūto audzēja eksomu sekvencēšanas datu analīze un izveidots pētījuma dizains atklāto mutāciju funkcionālās lomas izpētei. Pabeigta analīze, salīdzinot primāro un recidīvu audzēju somatisko mutāciju spektru, un uzsākta publikācijas sagatavošana. Audzēja šūnu izpētes jomā veikta ģenētisko un molekulāro marķieru identifikācija no audzēja materiāla atvasinātās šūnu sfērās un veikta šo sfēru profilu raksturošana. Analizēta brīvi cirkulējošā plazmas DNS saistība ar hipofīzes adenomu raksturojošiem parametriem. Turpināti RNS profilēšanas eksperimenti.

Informācija publicēta: 28.09.2018.




Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".