Pētniecības darbu tēmas
BMC piedāvā iespēju studentiem izstrādāt savus kursa, baklaura, maģistra vai doktora darbus, izmantojot BMC zinātnisko infrastruktūru. Darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga, Vītolu fondu u.c. stipendijas.
Kā pieteikties kursa, baklaura vai maģistra darba izstrādei BMC?
- Nosūti pieteikumu BMC Studiju direktoram Kasparam Tāram e-pastu kaspars@biomed.lu.lv
- Pieteikumā iekļauj CV un motivācijas vēstuli darba izstrādei konkrētajā tēmā
- Gaidi uzaicinājumu uz individuālu interviju
| Pētījumu tēmas | |||||
| Nr. p.k. | Tēmas nosaukums | Tēmas vadītājs | Pētījuma mērķis | Darba uzdevumi | Piezīmes |
| 1. | Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze | Dr.biol. Pāvels Zajakins (Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē) | Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt. | Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus. | Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm. |
| 2. | RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem | Zinātniskais asistents Mihails Šišovs (Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks) | Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas. | Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju. | Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus. |
| 3. | Mikrofluīdikas iekārtas izstrāde ekstracelulāro vezikulu detekcijai | Edgars Endzeliņš (Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē) | Šī pētījuma mērķis ir izstrādāt jaunu mikrofluīdikas iekārtu, ar kuras palīdzību varētu detektēt prostatas vēža audu producētās ekstracelulārās vezikulas (EVs) pacientu asinīs vai urīnā. Nākotnē šāda iekārta varētu tikt izmantota vēža diagnostikā vai monitoringā. | Biosensora virsmas funkcionalizēšana ar TIM4 proteīnu un miRNS zondēm, iekārtas dizaina optimizēšana, iekārtas testēšana ar pacientu asins un urīna paraugiem. | Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība. Darbs notiks ciešā sadarbībā ar CFI fiziķiem. |
| 4. | Ekstracelulāro vezikulu ietekme uz dažādu šūnu tipu transkriptomu un metabolomu | Lilite Sadovska (Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)
| Šī pētījuma mērķis ir izpētīt vēža pacientu un praktiski veselu cilvēku asinīs esošo ekstracelulāro vezikulu (EV) ietekmi uz dažādu vēža mikrovidi veidojošo šūnu transkriptomu un metabolomu. Tas dos gan dziļāku izpratni par to, kā vēža šūnas komunicē ar tā mikrovidē esošajām šūnām, gan pavērs jaunas iespējas izstrādāt konceptuāli jaunu tehnoloģiju vēža diagnostikai un prognostikai. | Primāro šūnu kultūru iegūšana, EV izdalīšana no asins paraugiem, EV kvalitātes kontrole, šūnu apstrāde ar EVs, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšana, dalība datu analīzē un interpretācijā. | Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība. Darbs notiks sadarbībā ar RTU metabolomikas ekspertiem. |
| 5. | Molekulārās augu-mikroorganismu mijiedarbības | Dr. Zigmunds Orlovskis (PhD) | Izpētīt augu imunitātē un patogēnu rezistencē iesaistītos molekulāros signālus mikorizas sēņu savienotos augos. | 1. Raksturot augu imunitātes marķiergēnu aktivitāti; 2. Aprakstīt starpaugu signālu ietekmi uz saņēmējauga transkriptomu un metabolomu; 3. Noteikt mikorizas sēņu savienoto augu noturību (rezistenci) pret patogēniem atkarībā no starpaugu signāliem. | Iepriekšēja pieredze darbā ar augu patogēniem, kaitēkļiem, in vitro kultūrām, molekulārās bioloģijas metodēm tiks uzskatīta par priekšrocību. Darba vadītājs nodrošinās apmācību projektā nepieciešamo metožu apguvē un izskatīs pieteikumus visu līmeņu studējošajiem no augu bioloģijas, ekoloģijas, mikrobioloģijas, bioinformātikas, ģenētikas, biotechnoloģiju vai molekulārās bioloģijas jomām. |
| 6. | Vīnogas inficējošo vīrusu identifikācija un raksturošana | Dr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Ina Baļķe) | Pilotprojekta ietvaros identificēt un raksturot vīnogas inficējošos vīrusus. Klonēt un ekspresēt vīrusa kodētos proteīnus ar mērķi noteikt to 3D struktūru. Iegūt vīrusam līdzīgās daņiņas no apvalka proteīniem un pābaudīt to potenciālo pielietojumu biotehnoloģiskai izmantošanai. | Darbā paredzēts no ievāktiem vīnogu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veitkt NGS bibliotēku sagatavošanu, iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, iegūto datu verifikāciju, pilna vīrusa genoma noteikšanu, izmantojot arī 5’ un 3’RACE metodi. Vīrusa kodēto proteīnu, it īpaši apvalka proteīna, klonēšana, ekspresija, attīrīšana, raskturošana. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 7. | Smiltsērkšus inficējošo vīrusu identifikācija un raksturošana | Dr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Ina Baļķe) | Pilotprojekta ietvaros identificēt un raksturot smiltsērkšķus inficējošos vīrusus. Klonēt un ekspresēt vīrusa kodētos proteīnus ar mērķi noteikt to 3D struktūru. Iegūt vīrusam līdzīgās daņiņas no apvalka proteīniem un pābaudīt to potenciālo pielietojumu biotehnoloģiskai izmantošanai. | Darbā paredzēts jau iegūtu RNA-seq datu kopā identificēt augu vīrusu sekvences, kā arī no ievāktiem smiltsērkšķu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veitkt NGS bibliotēku sagatavošanu, veikt iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, iegūto datu verifikāciju, pilna vīrusa genoma noteikšanu, izmantojot 5’ un 3’RACE metodi, kā arī pilna garuma icDNS izveidi. Vīrusa kodēto proteīnu, it īpaši apvalka proteīna, klonēšana, ekspresija, attīrīšana, raskturošana. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 8. | Melanomas molekulārā epidemioloģija | Zinātniskā asistente Madara Kreišmane (Vēža šūnu bioloģijas un melanomas izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Dace Pjanova) | Noteikt ģenētisko izmaiņu lomu melanomas atkārtotā attīstībā vai progresijā. | Datu iegūšana par melanomas progresiju no pacientu slimības vēsturēm; Iegūto datu analīze saistībā ar zināmām ģenētiskām izmaiņām pacientu DNS. | Darbs galvenokārt pie datu analīzes. Tēma vairāk piemērota rezidentūras, kvalifikācijas darbiem. |
| 9. | Uz HBc vīrusveidīgo daļiņu balstīta platforma rekombinantas vakcīnas prototipa izstrādei pret SARS-Cov-2. | Dr.biol. Irina Sominska | Radīt jauna tipa vīrusveidīgās daļiņas – VVD, kas prezentē uz savas virsmas SARS-Cov-2 epitopus un nodrošina augstu šo epitopu imunogenitāti. | Himēro VVD veidošanai izmantot SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna domēnus. SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna bioinformātikas analīze. Epitopu klonēšana HBc/G. Himēro HBc VVD ekspresijas optimizācija. Modificētās VVD raksturošana. Imunogenitātes izvērtēšana pelēs. Vīrusu neitralizācijas testi, izmantojot pseidovīrusus. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 10. | dsDNS bakteriofāgu daudzveidība | MSc. biol. Ņikita Zrelovs | Paplašināt šobrīd zināmu baktēriju vīrusu daudzveidību | Izolēt no apkārtējas vides paraugiem baktēriju-bakteriofāgu pārus. Identificēt izolētas baktērijas. Aprakstīt jaunizdalīto bakteriofāgu stabilitāti un mijiedarbības ar saimnieku. Veikt jaunizdalīto bakteriofāgu pilnu genomu sekvenēšanu. Funkcionāli anotēt iegūtos fāgu genomus izmantojot salīdzinošas genomikas pieejas. | Tēma piemērota kursa/bakalaura/maģistra darba izstrādāšanai |
| 11. | Ar ilgā-COVID-19 saistīto komplikāciju sastopamība Latvijas populācijā | Dr. biol. Kristīne Vaivode (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Prof. Jānis Kloviņš)
| Šī pētījuma mērķis ir apkopot COVID-19 pacientu klīniskos, diagnostikas, molekulāros un anketēšanas datus, lai atlasītu pacientus ar ilgā-COVID-19 saistītām komplikācijām, kuriem tālāk varētu tikt veikta padziļināta pilna genoma, transkriptoma vai metagenoma sekvencēšana. | No Latvijas Slimību profilakses un kontroles centra iegūtajiem datiem atlasīt pacientus ar pulmonārām, neiroloģiskām vai nefroloģiskām komplikācijām. Noteikt molekulāros un celulāros asins marķierus, kas varētu būt saistīti ar ilgā-COVID-19 komplikācijām. Apstrādāt un sagatavot ievāktos neiroloģijas (cerebrospinālā šķidruma) un pulmonāros (bronhoalveolārās lavāžas šķidruma) pacientu paraugus tālākai transcriptoma analīzei.
| Vēlamās priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; pamazināšanas statistikā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte, konsekvence un spēja strādāt liela apjoma datu kopām (tabulām); augsta atbildības sajūta, motivācija un spēja kritiski domāt; tēma piemērota gan kursa, gan arī tālākai bakalaura darba izstrādei. |
| 12. | Senās DNS iegūšanas metožu uzlabošana | Msc.biol. Alise Pokšāne (Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka) | Senās DNS pētniecība ir jauna un nestandartizēta tēma. Pētījuma mērķis ir optimizēt reakciju apstākļus, lai iegūtu pēc iespējas vairāk DNS ar lielāku autentiskas cilvēka senās DNS īpatsvaru. | Senās DNS izdalīšana dažādos reakciju apstākļos, kvalitātes novērtēšana, NGS bibliotēku izgatavošana, NGS datu apstrāde, lai izvērtētu cilvēka senās DNS īpatsvaru un autentiskumu. | Vēlamas priekšzināšanas par molekulārās bioloģijas pamatmetodēm: PCR, gela elektroforēzi, NGS. Tēma piemērota kursa vai bakalaura darba izstrādei. |
| 13. | Genotipa imputācijas metodes senās DNS pētniecībai | Msc.biol. Jānis Ķimsis (Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka) | Senā DNS bieži satur fragmentētu un nepilnīgu ģenētisko informāciju. Genotipa imputācija konstruē genotipus, izmantojot statistikas metodes un balstoties uz zināmu informāciju par eksistējošiem genotipiem. | Pētījuma mērķis ir izmantot genotipa imputāciju, lai izveidotu statistiski ticamus genotipus sekvenētiem senās DNS paraugiem, un salīdzināt, kā mainās iegūto genotipu interpretācija ar dažādām metodēm (PCA, dzimuma noteikšana, haplogrupas, radniecība). | Vēlamas priekšzināšanas statistikas metodēs un darbā ar Linux komandrindu. Tēma piemērota kursa vai bakalaura darba izstrādei. |