loader image

LATVIJAS

BIOMEDICĪNAS

PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRS


BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMI UN IZGLĪTĪBA NO GĒNIEM LĪDZ CILVĒKAM

Pētniecības darbu tēmas

BMC piedāvā iespēju studentiem izstrādāt savus kursa, baklaura, maģistra vai doktora darbus, izmantojot BMC zinātnisko infrastruktūru. Darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga, Vītolu fondu u.c. stipendijas.

Kā pieteikties kursa, baklaura vai maģistra darba izstrādei BMC?

  • Nosūti pieteikumu BMC Studiju direktoram Kasparam Tāram e-pastu kaspars@biomed.lu.lv
  • Pieteikumā iekļauj CV un motivācijas vēstuli darba izstrādei konkrētajā tēmā
  • Gaidi uzaicinājumu uz individuālu interviju

Pētījumu tēmas
Nr. p.k.Tēmas nosaukumsTēmas vadītājsPētījuma mērķisDarba uzdevumiPiezīmes
1.Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze

Dr.biol. Pāvels Zajakins

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt.Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus.Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm.
2.RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem

Zinātniskais asistents Mihails Šišovs

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas.Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju.Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus.
3.Genoma telpiska regulācija: heterohromatīns, kodoliņš un hromatīna tīkls

Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa

(Vēža šūnas bioloģijas grupa, vadītāja Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa)

Pārbaudīt darba hipotēzi, ka visparēja mRNS transcripcija tiek regulēta ar heterohromtīna 3D struktūru.Eksperimenti šūnu kultūrā, ietekmējot mRNS sintēzi un izmantojot fluorescentas antivielu proves, 2D un 3D šūnu kodola mikroskopija un attēla analīze.Interese strādāt ar mikroskopu, spēja pielietot PC progmmatūru, hromatīna organizācijas un minimālās fizikas zināšanas. Tēma paredzēta bakalaura un maģistra darba izstrādei.
4.Ekstracelulāro vezikulu RNS satura izpēte

Dr.biol. Aija Linē

(Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Cilvēka asinīs esošās ekstracelulārās vezikulas (EV) satur gan cilvēka, gan mikroorganismu RNS fragmentus. Šī pētījuma mērķis ir noskaidrot, vai šo RNS analīzi ir iespējams izmantot vēža diagnostikā un mikrobioma raksturošanā.EV izolēšana no asins paraugiem; RNS sekvenēšanas bibliotēku būvēšana un datu analīze; atrasto RNS biomarķieru kvantificēšana ar ddPCR.Darbs pietiks diviem studentiem. Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība.
5.Expression of proteins of the anthocyanin synthesis pathway in yeastsPaulius Lukas Tamosiunas (PhD)To obtain sequences encoding plant enzymes participating in anthocyanin synthesis, to express these proteins in different yeasts.RNA extraction from plants, cDNA synthesis, cloning, gene expression in yeasts and analysis.Two students are welcome. The working language is English. The project is intended for Bachelor thesis. Basic laboratory skills, good English and motivation are required.
6.Hipofīzes neiroendokrīno audzēju ar prolaktīna sekrēciju visa genoma analīze patoģenēzes mehānismu noskaidrošanai.

Dr. biol. Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)

Noteikt hipofīzes neiroendokrīno audzēju somatiskās mutācijas un genoma strukturālos variantus, un veikt to anotāciju un interpretēšanu visa genoma sekvenēšanas datosAnalizēt lielapjoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiemVēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, unix pamati, izpratne par statistikas metodēm, cilvēka genoma uzbūve
7.Hipofīzes neiroendokrīno audzēju transkriptoma analīze audzēja mikrovides parametru noskaidrošanai

Dr. biol. Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)

Identificēt hipofīzes neiroendokrīno audzēju mikrovides molekulu ekspresiju, šūnu sastāvu un RNS izoformas trankriptoma sekvencēšanas datos, izmantojot datošanas metodes.Analizēt lielapjoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiemVēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, unix pamati, izpratne par statistikas metodēm, cilvēka genoma uzbūve
8.SARS-CoV-2 vīrusa infekcijas ierosinātas izmaiņas asins seruma metabolītu un asins šūnu transkriptoma profilos.Pētniece Monta Brīvība (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)Izmantojot nākamās paaudzes sekvenēšanas un augstas izšķirtspējas masas spektrometrijas metodes, identificēt izmaiņas gēnu ekspresijas profilos un metabolītu līmeņos Covid-19 pacientu asins paraugos infekcijas laikā.RNS izolēšana, kvalitatīva, kvantitatīva analīze; NGS bibliotēku sagatavošana; seruma paraugu metanola ekstraktu sagatavošana.Interese par iepriekšminēto tēmu, labas angļu valodas zināšanas, pamatzināšanas molekulārajā bioloģijā.
9.Molekulārās augu-mikroorganismu mijiedarbībasDr. Zigmunds Orlovskis (PhD)Izpētīt augu imunitātē un patogēnu rezistencē iesaistītos molekulāros signālus mikorizas sēņu savienotos augos.1. Raksturot augu imunitātes marķiergēnu aktivitāti;
2. Aprakstīt starpaugu signālu ietekmi uz saņēmējauga transkriptomu un metabolomu;
3. Noteikt mikorizas sēņu savienoto augu noturību (rezistenci) pret patogēniem atkarībā no starpaugu signāliem.

Iepriekšēja pieredze darbā ar augu patogēniem, kaitēkļiem, in vitro kultūrām, molekulārās bioloģijas metodēm tiks uzskatīta par priekšrocību.

Darba vadītājs nodrošinās apmācību projektā nepieciešamo metožu apguvē un izskatīs pieteikumus visu līmeņu studējošajiem no augu bioloģijas, ekoloģijas, mikrobioloģijas, bioinformātikas, ģenētikas, biotechnoloģiju vai molekulārās bioloģijas jomām.