loader image

LATVIJAS

BIOMEDICĪNAS

PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRS


BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMI UN IZGLĪTĪBA NO GĒNIEM LĪDZ CILVĒKAM

Pētniecības darbu tēmas

BMC piedāvā iespēju studentiem izstrādāt savus kursa, baklaura, maģistra vai doktora darbus, izmantojot BMC zinātnisko infrastruktūru. Darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga, Vītolu fondu u.c. stipendijas.

Kā pieteikties kursa, baklaura vai maģistra darba izstrādei BMC?

  • Nosūti pieteikumu BMC Studiju direktoram Kasparam Tāram e-pastu kaspars@biomed.lu.lv
  • Pieteikumā iekļauj CV un motivācijas vēstuli darba izstrādei konkrētajā tēmā
  • Gaidi uzaicinājumu uz individuālu interviju

Pētījumu tēmas
Nr. p.k.Tēmas nosaukumsTēmas vadītājsPētījuma mērķisDarba uzdevumiPiezīmes
1.Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze

Dr.biol. Pāvels Zajakins

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt.Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus.Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm.
2.RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem

Zinātniskais asistents Mihails Šišovs

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas.Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju.Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus.
3.Mikrofluīdikas iekārtas izstrāde ekstracelulāro vezikulu detekcijai

Edgars Endzeliņš

(Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šī pētījuma mērķis ir izstrādāt jaunu mikrofluīdikas iekārtu, ar kuras palīdzību varētu detektēt prostatas vēža audu producētās ekstracelulārās vezikulas (EVs) pacientu asinīs vai urīnā. Nākotnē šāda iekārta varētu tikt izmantota vēža diagnostikā vai monitoringā.Biosensora virsmas funkcionalizēšana ar TIM4 proteīnu un miRNS zondēm, iekārtas dizaina optimizēšana, iekārtas testēšana ar pacientu asins un urīna paraugiem.Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība. Darbs notiks ciešā sadarbībā ar CFI fiziķiem.
4.Ekstracelulāro vezikulu ietekme uz dažādu šūnu tipu transkriptomu un metabolomu

Lilite Sadovska

(Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

 

 

Šī pētījuma mērķis ir izpētīt vēža pacientu un praktiski veselu cilvēku asinīs esošo ekstracelulāro vezikulu (EV) ietekmi uz dažādu vēža mikrovidi veidojošo šūnu transkriptomu un metabolomu. Tas dos gan dziļāku izpratni par to, kā vēža šūnas komunicē ar tā mikrovidē esošajām šūnām, gan pavērs jaunas iespējas izstrādāt konceptuāli jaunu tehnoloģiju vēža diagnostikai un prognostikai.Primāro šūnu kultūru iegūšana, EV izdalīšana no asins paraugiem, EV kvalitātes kontrole, šūnu apstrāde ar EVs, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšana, dalība datu analīzē un interpretācijā.Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība. Darbs notiks sadarbībā ar RTU metabolomikas ekspertiem.
5.Hipofīzes neiroendokrīno audzēju ar prolaktīna sekrēciju visa genoma analīze patoģenēzes mehānismu noskaidrošanai.

Dr. biol. Raitis Pečulis

(Molekulārās un funcionālās genomikas grupa, vadītāja Dr. biol. Vita Rovite)

Noteikt hipofīzes neiroendokrīno audzēju somatiskās mutācijas un genoma strukturālos variantus, un veikt to anotāciju un interpretēšanu visa genoma sekvenēšanas datosAnalizēt lielapjoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiemVēlamās priekšzināšanas: darbs saistīts ar bioinformātiku, sekvenču datu analīze, nepieciešama vēlme un motivācija mācīties statistiku un Linux pamatus, jāizprot cilvēka genoma uzbūves pamati. Darba veikšanai nepieciešama precizitāte un konsekvence
6.Hipofīzes neiroendokrīno audzēju transkriptoma analīze audzēja mikrovides parametru noskaidrošanai

Dr. biol. Raitis Pečulis; Mag. biol. Rihards Saksis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītāja Dr. biol. Vita Rovite)

Identificēt hipofīzes neiroendokrīno audzēju mikrovides molekulu ekspresiju, šūnu sastāvu un RNS izoformas trankriptoma sekvencēšanas datos, izmantojot datošanas metodes.Analizēt lielapjoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiemVēlamās priekšzināšanas: darbs saistīts ar bioinformātiku, sekvenču datu analīze, nepieciešama vēlme un motivācija mācīties statistiku un Linux pamatus, jāizprot cilvēka genoma uzbūves pamati. Darba veikšanai nepieciešama precizitāte un konsekvence
7.Hipofīzes neiroendokrīno audzēju visa genoma asociācijas analīze.

Dr. biol. Raitis Pečulis; Mag. biol. Rihards Saksis

(Molekulārās un funcionālās genomikas grupa, vadītāja Dr. biol. Vita Rovite)

Identificēt genoma variantus, kas saistīti ar hipofīzes audzēju attīstību risku, vai klīniskajiem parametriem, kas raksturīgi hipofīzes audzējiem.Analizēt visa genoma genotipēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiem.Vēlamās priekšzināšanas: darbs saistīts ar bioinformātiku, genotipu datu ananlīze, nepieciešama vēlme un motivācija mācīties statistiku un Linux pamatus, jāizprot cilvēka genoma uzbūves pamati. Darba veikšanai nepieciešama precizitāte un konsekvence.
8.Hipofīzes neiroendokrīno audzēju tumorsupresoru un onkogēnu ekspresijas meta-analīze.

Mag. biol. Rihards Saksis; Dr. biol. Raitis Pečulis

(Molekulārās un funcionālās genomikas grupa, vadītāja Dr. biol. Vita Rovite)

 

Noskaidrot audzēja attīstībā iesaistīto onkogēnu un tumoura supersorgēnu ekspresijas profilus hipofīzes audzēju transkriptoma datos igūstot tos no brīvas piekļuves repozitorijiem. Noskaidrot vai ir specifiski mehānismi, kas siastīti ar onkogēnu un tumoru supresoru gēnu ekspresiju, kas aizkavē so audzēju ļaundabīgu transformāciju.Analizēt transkriptoma sekvencēšanas datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru, interpretēt un aprakstīt rezultātus, veikt salīdzinājumu ar literatūras datiemVēlamās priekšzināšanas: darbs saistīts ar bioinformātiku, nepieciešama vēlme un motivācija mācīties statistiku un Linux pamatus, jāizprot cilvēka genoma uzbūves pamati. Darba veikšanai nepieciešama precizitāte un konsekvence.
9.Molekulārās augu-mikroorganismu mijiedarbībasDr. Zigmunds Orlovskis (PhD)Izpētīt augu imunitātē un patogēnu rezistencē iesaistītos molekulāros signālus mikorizas sēņu savienotos augos.

1. Raksturot augu imunitātes marķiergēnu aktivitāti;

2. Aprakstīt starpaugu signālu ietekmi uz saņēmējauga transkriptomu un metabolomu;

3. Noteikt mikorizas sēņu savienoto augu noturību (rezistenci) pret patogēniem atkarībā no starpaugu signāliem.

Iepriekšēja pieredze darbā ar augu patogēniem, kaitēkļiem, in vitro kultūrām, molekulārās bioloģijas metodēm tiks uzskatīta par priekšrocību.

Darba vadītājs nodrošinās apmācību projektā nepieciešamo metožu apguvē un izskatīs pieteikumus visu līmeņu studējošajiem no augu bioloģijas, ekoloģijas, mikrobioloģijas, bioinformātikas, ģenētikas, biotechnoloģiju vai molekulārās bioloģijas jomām.

10.Vīnogas inficējošo vīrusu identifikācija un raksturošanaDr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Ina Baļķe)Pilotprojekta ietvaros identificēt un raksturot vīnogas inficējošos vīrusus. Klonēt un ekspresēt vīrusa kodētos proteīnus ar mērķi noteikt to 3D struktūru. Iegūt vīrusam līdzīgās daņiņas no apvalka proteīniem un pābaudīt to potenciālo pielietojumu biotehnoloģiskai izmantošanai.Darbā paredzēts no ievāktiem vīnogu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veitkt NGS bibliotēku sagatavošanu, iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, iegūto datu verifikāciju, pilna vīrusa genoma noteikšanu, izmantojot arī 5’ un 3’RACE metodi. Vīrusa kodēto proteīnu, it īpaši apvalka proteīna, klonēšana, ekspresija, attīrīšana, raskturošana.Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei.
11.Smiltsērkšus inficējošo vīrusu identifikācija un raksturošanaDr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Ina Baļķe)Pilotprojekta ietvaros identificēt un raksturot smiltsērkšķus inficējošos vīrusus. Klonēt un ekspresēt vīrusa kodētos proteīnus ar mērķi noteikt to 3D struktūru. Iegūt vīrusam līdzīgās daņiņas no apvalka proteīniem un pābaudīt to potenciālo pielietojumu biotehnoloģiskai izmantošanai.Darbā paredzēts jau iegūtu RNA-seq datu kopā identificēt augu vīrusu sekvences, kā arī no ievāktiem smiltsērkšķu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veitkt NGS bibliotēku sagatavošanu, veikt iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, iegūto datu verifikāciju, pilna vīrusa genoma noteikšanu, izmantojot 5’ un 3’RACE metodi, kā arī pilna garuma icDNS izveidi. Vīrusa kodēto proteīnu, it īpaši apvalka proteīna, klonēšana, ekspresija, attīrīšana, raskturošana.Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei.
12.Melanomas molekulārā epidemioloģija

Zinātniskā asistente Madara Kreišmane 

(Vēža šūnu bioloģijas un melanomas izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Dace Pjanova)

Noteikt ģenētisko izmaiņu lomu melanomas atkārtotā attīstībā vai progresijā.

Datu iegūšana par melanomas progresiju no pacientu slimības vēsturēm;

Iegūto datu analīze saistībā ar zināmām ģenētiskām izmaiņām pacientu DNS.

Darbs galvenokārt pie datu analīzes. Tēma vairāk piemērota rezidentūras, kvalifikācijas darbiem.
13.Uz HBc vīrusveidīgo daļiņu balstīta platforma rekombinantas vakcīnas prototipa izstrādei pret SARS-Cov-2.Dr.biol. Irina SominskaRadīt jauna tipa vīrusveidīgās daļiņas – VVD, kas prezentē uz savas virsmas SARS-Cov-2 epitopus un nodrošina augstu šo epitopu imunogenitāti. Himēro VVD veidošanai  izmantot SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna domēnus.  SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna  bioinformātikas analīze. Epitopu klonēšana HBc/G. Himēro HBc VVD ekspresijas optimizācija.  Modificētās VVD  raksturošana. Imunogenitātes izvērtēšana pelēs. Vīrusu neitralizācijas testi, izmantojot pseidovīrusus. Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei.
14.dsDNS bakteriofāgu daudzveidībaMSc. biol. Ņikita ZrelovsPaplašināt šobrīd zināmu baktēriju vīrusu daudzveidībuIzolēt no apkārtējas vides paraugiem baktēriju-bakteriofāgu pārus.
Identificēt izolētas baktērijas.
Aprakstīt jaunizdalīto bakteriofāgu stabilitāti un mijiedarbības ar saimnieku.
Veikt jaunizdalīto bakteriofāgu pilnu genomu sekvenēšanu.
Funkcionāli anotēt iegūtos fāgu genomus izmantojot salīdzinošas genomikas pieejas.
Tēma piemērota kursa/bakalaura/maģistra darba izstrādāšanai