loader image

LATVIJAS

BIOMEDICĪNAS

PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRS


BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMI UN IZGLĪTĪBA NO GĒNIEM LĪDZ CILVĒKAM

Bioinformātikas servisa centrs

Bioinformātikas servisa centrs tika izveidots 2018 gadā, līdz ar lielapjoma sekvencēšanas tehnoloģiju ienākšanu BMC ikdienas pētniecisko aktivitāšu klāstā. Servisa centrs tika izveidots ar mērķi apkopot institūta pētnieku rīcībā esošās zināšanas, radīt labvēlīgu vidi ideju un pieredzes apmaiņai, sniegt visiem pētniekiem atbalstu datu analīzē, veidot lokālu datu analīzes un uzglabāšanas infrastruktūru, kā arī radīt mehānismus zināšanu tālākai izplatīšanai institūta un valsts mērogā.

Laika posmā no tā izveides līdz 2023. gadam Bioinformātikas servisa centra personāla sastāvs ir pieaudzis no sākotnējiem trijiem jomas entuziastiem līdz 11 augsti kvalificētiem speciālistiem, kuru uzkrāto zināšanu klāsts nosedz gan visa genoma sekvencēšanas analīzes, gan jaunu genomu rekonstrukciju, gan mikroorganismu populācijas struktūras datu analīzes, gan populācijas mēroga genotipēšanas datu analīzes, gan daudzas citas, ieskaitot mākslīgā intelekta modeļu pielietošanu gēnu funkciju meklējumos. Lai nodrošinātu pētniekiem nepieciešamās skaitļošanas jaudas un datu uzglabāšanu, servisa centra darbinieki pārvalda vairākus augstas veiktspējas skaitļošanas mezglus un disku masīvus, tomēr vairums skaitļošanas aktivitāšu tiek īstenotās attālināti sadarbībā ar dažādiem Eiropas augstas veiktspējas skaitļošanas centriem.

Dāvids Fridmanis, PhD

Dāvids Fridmanis, PhD

Servisa centra vadītājs, vadošais pētnieks

Personāls

Dāvids Fridmanis, PhD, davids.fridmanis@biomed.lu.lv

Servisa centra darbības nodrošināšana.

Pāvels Zajakins, PhD, pawel@biomed.lu.lv

Mazo RNS sekvencēšanas un mikrorindu datu analīze.

Raitis Pečulis, PhD, raitis.peculis@biomed.lu.lv

Populāciju ģenētikas un visa transkriptoma sekvencēšanas datu analīze.

Ivars Silamiķelis, Mg.biol., ivars.silamikelis@biomed.lu.lv

Visa genoma, visa transkriptoma un visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze.

Dita Gudrā, Mg.biol., dita.gudra@biomed.lu.lv

Visa genoma, 16S rRNS un visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze.

Ņikita Zrelovs, Mg.biol., nikita.zrelovs@biomed.lu.lv

Mikroorganismu de-novo sekvencēšanas datu analīze.

Nineļa Miriama Vainšeļbauma, Mg. biol., ninela.vainselbauma@biomed.lu.lv

Individuālu šūnu sekvencēšanas datu analīze.

Jānis Pjalkovskis, Mg. biol., janis.pjalkovskis@biomed.lu.lv

16S rRNS un visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze.

Rihards Saksis, Mg. biol., rihards.saksis@biomed.lu.lv

16S rRNS un visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze.

Raimonds Reščenko, Mg. biol., raimonds.rescenko@biomed.lu.lv

Visa genoma sekvencēšanas un Populāciju ģenētikas datu analīze.

Edgars Liepa, Mg. dat., edgars.liepa@biomed.lu.lv

Visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze un mākslīgā intelekta modeļu pielietošana.

Pakalpojumi

  • Visa genoma sekvencēšanas datu analīze
  • Visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze
  • Populāciju ģenētikas datu analīze
  • 16S rRNS sekvencēšanas datu analīze
  • Visa transkriptoma datu analīze
  • Mikroorganismu de-novo sekvencēšanas datu analīze
  • Konsultācijas par ar lielapjoma paralēlās sekvencēšanu eksperimentu plānošanā