Projekta nosaukums: No Antarktīdas augsnes izolētu trīs jaunu mēreno bakteriofāgu proteoma strukturālie un funkcionālie pētījumi

Projekta identifikācijas Nr.: lzp-2022/1-0111

Projekta izpildes termiņš: 2023. gada 1. janvāris – 2025. gada 31. decembris

Projekta kopējais finansējums: 300 000,00 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: Dr.biol. Andris Kazāks

Kopsavilkums

Nesen mēs izolējām trīs jaunus mērenos bakteriofāgus no Antarktīdas augsnes paraugiem. Šo fāgu genomi ir funkcionāli anotēti un deponēti GenBank datubāzē. Kopumā fāgu pangenoms kodēja 370 proteīnus, no kuriem 239 nevarēja paredzēt atbilstošu funkciju pēc līdzības publiski pieejamās datubāzēs. Starp šiem “tumšās matērijas” proteīniem ir būtisks daudzums ar hipotētiskajiem proteīniem (HPs) un proteīniem, kas satur nezināmas funkcijas domēnus (domains of unknown function; DUFs), kuri uzrāda līdzību ar citiem vīrusu un prokariotu attāli radniecīgiem proteīniem.

Šajā projektā mēs vēlamies sniegt precīzāku izpratni par vāji raksturotām proteīnu dzimtām sīkāk izpētot izvēlētus jauno fāgu genomos kodētos konservatīvus HPs un DUF saturošus proteīnus. Fāgu proteomi tiks skrīnēti ar dažādiem bioinformātiskajiem rīkiem, kam sekos izvēlēto proteīnu struktūras paredzēšana ar AlphaFold mākslīgā intelekta programmu. Balstoties uz iegūtajiem strukturālajiem datiem, proteīniem tiks prognozēta iespējamā funkcija ar tādām programmām kā DSSP un ProFunc, kas tālāk tiks apstiprināta eksperimentāli. Šim nolūkam izvēlētie proteīni tiks ekspresēti un attīrīti. Projekta ietvaros mēs plānojam publicēt vismaz divus zinātniskus rakstus atvērtas pieejas žurnālos, no kuriem viens būs par jauno fāgu detalizētu raksturošanu, bet otrais par izvēlēto proteīnu strukturāli funkcionālajiem pētījumiem. Piedāvātais projekts atļaus būtiski paplašināt mūsu laboratorijā noritošos pētījumus par DNS fāgiem.

Informācija publicēta 02.01.2023.