Iedzimtu neiromuskulāro slimību jaunu diagnostisko testu izstrade

Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros
Projekta vienošanās Nr. 2010/0223/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/025
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (01.01.2011.-31.12.2013.)
Projekta kopējais finansējums: 271 175,00 LVL
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. med. Baiba Lāce

Mērķi
Projekta vispārīgais mērķis ir sabiedrības veselības uzlabošana, uzlabojot neiromuskulāro slimību diagnostiku.
Projekta specifiskais mērķis ir jaunas DNS diagnostikas metodes izveidošana pārmantotajām muskuļu distrofijas slimībām medicīnas zinātnē.

Uzdevumi
1) Projekta ietvaros paredzētajās aktivitātes realizēs jaunu diagnostikas testu izveidi.
Mutāciju  paneļa izveidi un pārbaudi kā arī tā prototipa izstrādi. Prototipā izveidē plānots izmanot tehnoloģiskos sasniegums, ko piedāvā zinātne; apvienojot jaunākās atziņas medicīnas, biomedicīnas, biotehnoloģiju un bioinformātikas nozarēs. Jaunais produkts atbilst definīcijai par pilnīgi jauna produkta izstrādi, izmantojot jaunās tehnoloģijas, ko piedāvā biomedicīnas un biotehnoloģiju nozares.
2) Nukleotīdu ekspansijas un redukcijas analīzes testa izveidi un verifikāciju.
3) Projekta ietvaros tiks izveidots neiromuskulāro pacientu reģistrs

Sagaidāmie rezultāti
Paredzēts izveidot jaunus ģenētiski diagnostiskus testus, kā arī uzsākt neiromuskulāro pacientu reģistru.

Paveiktais:

Līdz 2012 gada 30. jūnijam

Šajā posmā veica pacientu klīnisko simptomu salīdzinājumu ar ģenētiski iegūtajiem rezultātiem. Pacientiem ar vairākās paaudzēs pārmantotu autosomālu dominantu plecu iegurņa muskuļu distrofijas formu veica CAV3 gēna pilnu sekvenēšanu, bet rezultāti bija negatīvi, liecinot par nepieciešamību paplašināt sekvenējamo gēnu sarakstu uz autosomāli dominanto LGMD formu. 15% pacientu ar LGMD tika atrasta CAPN3 gēna 550delA mutācija homozigotiskā formā, tādejādi apstiprinot diagnozi. Pacienti saņēma izmeklējuma rezultātus, un viņiem tika veikta ģenētiskā konsultācija kā arī uzsākts ģimenes kaskādes skrīnings.

Izmantojot izveidoto Illumina VeraCode GoldenGate genotipēšanas paneli, tika veikta diagnostika 288 paraugiem, kas iekļāva visus 50 šobrīd pieejamos pacientu paraugus un 238 kontroles paraugus no Latvijas Valsts Iedzīvotāju Genoma datubāzes.

Pabeigta projektā plānotā diagnostiskā testa ieviešana CAV3 gēna sekvenēšanai autosomāli dominantām plecu iegurņu joslas muskuļu distrofijas 1C tipam. Veikta 100 veselu cilvēku sekvenēšana, lai iegūtu datus par Latvijas populācijas biežākajiem polimorfismiem. Veikta CAV3 gēna sekvenēšana 50 pacientiem ar plecu iegurņu joslas muskuļu distrofiju.

Miotoniskai distrofijai izmantojot atšķirīgi iezīmētus praimerus 1. tipa (6FAM) un 2. tipa (Cy3) saslimšanai, kapilārajā elektroforēzē izdevies iegūt normālu allēļu sadalījumu kontroles grupā. Izmantojot izveidoto metodi, miotoniskās distrofijas diagnoze praktiski apstiprināta pacientam ar MD1, un veikti vairāki testi citām personām, kas bija negatīvi.

Projektā tika veikts būtisks labojums, aizstājot Neiromuskulāro pacientu reģistru ar neiromuskulāro pacientu datu kolekciju. Projekta norises laikā ir aizpildītas 15 NMS pacientu datu anketas un šo anketu dati ievadīti datu kolekcijā. Projekta realizācijas gaitā plānotā datu kolekcijas izveide ir pabeigta, kā arī pabeigta un tiek lietota NMS pacientu anketa.

Līdz 2012. gada 30. septembrim:

Projekta ietvaros praksē ieviesta plecu iegurņa muskuļu distrofijas 2G veida (LGMD2G) DNS diagnostika. LGMD2G izraisa mutācijas teletonīna vai TCAP gēnā, uzsākta šī gēna pilna sekvenēšanas analīze, ietverot promotera rajonu, eksonus un intronus. Pacientam ar muskuļu biopsijas preparātā samazinātu teletonīna ekspresiju veikta TCAP gēna analīze un atrasta jauna sinonīma sekvences variācija kodējošajā daļā. Identificētā variācija līdz šim literatūrā nav aprakstīta.

Datu kolekcija papildināta līdz 19 pacientiem, kuriem uzsākta DNS diagnostika. Diagnozes apstiprinātas un ģenētiskā konsultācija veikta diviem pacientiem ar neiromuskulārām slimībām.

Gēniem LMNA, CAPN3, CAV3, FKRP, DYSF veikta gēnu konservatīvo rajonu analīze mugurkauliniekiem un atsevišķi primātu un placentāļu zīdītājiem. Evolucionāri konservatīvais novērtējums veikts, izmantojot phastCons un PhyloP metodes. Izveidoti multipli salīdzinājumi ar multitiz un citiem rīkiem, kas pieejami UCSC salīdzinošās genomikas datubāzē. Atrasti ģenētiskie lokusi ar lielāko mutāciju blīvumu un evolucionāri nozīmīgākie. Iegūtā informācija turpmāk tiks izmantota veidojot neiromuskulāro slimību gēnu sekvenēšanas paneļus.

Līdz 2012. gada 31. decembrim:

Diagnostikā algoritma izstrāde. NMS pacientu datu kolekcija:

 Projekta gaitā turpinās jaunu pacientu ar nezināmām neiromuskulārām slimībām apskate, konsultēšana un slimību diagnostika. Slimību diagnostika tiek veikta, gan ar iepriekš Latvijā pieejamām metodēm, gan papildinot ar projektā izstrādātām jaunām, izmantojot molekulārās bioloģijas metodes. Pacientiem, kuri konsultēti iepriekšējā laika posmā tiek sagatavoti un izsniegti diagnostiskie un konsultatīvie slēdzieni.

2012. gada beigās kopējais pacientu un viņu ģimenes locekļu skaits, kas projekta ietvaros ir saņēmuši konsultācijas par slimību, un kuriem veikti DNS diagnostikas izmeklējumi ir 110. No tiem, trīsdesmit pacientiem ir aizpildītas NMS pacientu datu anketas un šo anketu dati ievadīti datu kolekcijā.

Izmantojot iegūto pieredzi un zināšanas, ir ieviests diagnostiskajā līmenī testēšanas algoritms pacientiem ar pleca iegurņa joslas muskuļu distrofiju.

LGMD mutāciju paneļa izstrāde:

 Uzsākta nesen identificēta ar LGMD 2. tipu saistīta gēna Ziemeļeiropas populācijās biežākās mutācijas noteikšana LGMD pacientu DNS paraugos, kas izdalīti no periferajām asinīm. Izpētes ietvaros pārbaudītas metodes, izmantojot DNS paraugus no citiem audiem ne tikai leikocītiem. Tiek turpināts darbs pie citu LGMD tipu DNS diagnostikas.

Jauniem 46 pacientiem ar LGMD veikts “sapārato bloku” izmeklējums, izmantojot GoldenGate VeraCode mikročipu metodi.

Uzsākta kaveolinopātiju izraisošo mutāciju funkcionālā pārbaude, veidojot šūnu modeļus.

Nukleotīdu ekspansijas analīzes testa izveidi un verifikāciju:

 Miotoniskās distrofijas 1. un 2. tipam veikta fragmentu garuma pilna sekvenēšana, lai noskaidrotu atkārtojumu skaita un fragmentu lieluma korelāciju. Identificēti vairāki gadījumi, kuros nepieciešams kaskādes skrīnings, lai apstiprinātu vai izslēgtu Miotoniskās distrofijas diagnozi.

Līdz 2013. gada 31. martam:

Algoritma izveide

Projekta ietvaros pārskata periodā tika veikta DNS diagnostika un/vai ģenētiskā konsultācija, kā arī kaskādes skrīnings45 personām ar aizdomām par neiromuskulārām slimībām no Latvijas un Lietuvas. Trīs pacientiem klīniski apstiprinātaFacioskapulohumerālās muskuļu distrofijas diagnoze, vienam pacientam medikamentoza miopātija, vienam pacientam spinālāmuskuļu atrofija un diviem pacientiem plecu iegurņa joslas muskuļu distrofijas 2A apakštips. Pacientiem sagatavoti un nosūtītislēdzieni par slimību un DNS diagnostikas izmeklējumu rezultātiem.

Sagatavots pārskats par ERAF projekta ietekmi uz neiromuskulāro slimību diagnostiku Latvijā, salīdzinot apstiprinātodiagnožu skaitu no jauna diagnosticētajiem pacientiem no 2002. gada 1. janvāra līdz 2012. gada 31.decembrim. No 2002. gadanovēroja apmēram 6% ikgadēju palielinājumu ar diagnosticētajām neiromuskulārajām slimībām, pateicoties ieviestajiemdiagnostiskajiem testiem uz DMD, CMT1a un SMA. Pēdējo divu gadu laikā pacientu skaits, kuriem klīniski vai molekulāriapstiprinātas neiromuskulāras slimības ir palielinājies par 70%, kas ir lielā mērā pateicoties ERAF projektā realizētajai jaunodiagnostisko testu pieejamībai un ārstu lielākai informētībai par šīm slimībām.

Muskuļu distrofiju SNP izvēle un verifikācija

Illumina VeraCode GoldenGate metode ir izstrādāta un validēta. Metodes izmantošanas instrukcija sagatavota latviešuvalodā un tajā iekļautas pielietotās modifikācijas.

Metodē izmantojamo mutāciju saraksts sagatavots iesniegšanai ECT patentapieteikumam.

Analizējamā testa izvēle un pārbaude

Visiem pacientiem, kam nav aizdomas par MD1 un 2, veikta CAPN3 gēna 550delA mutācijas tieša sekvenēšana (atrastidivi pozitīvie pacienti). Vienam no pacientam atrasta retāk sastopama mutācija CAPN3 gēnā heterozigotiskā stāvoklīc.598_612del p.(Phe200_Leu204del). Desmit pacientiem apstiprināta LGMD2A diagnoze no projekta uzsākšanas, diagnosticējotmutācijas CAPN3 gēnā. Ir publicēti dati, ka mutācija anoktamīna 5 (ANO5) gēnā 191dupA ir bieži sastopama pacientiem, kuriemir LGMD2L apakštips. Mutācija 191dupA aprakstīta kā bieži sastopama personām ar Ziemeļeiropas izcelsmi ciltstēva efekta dēļ.Lai pārbaudiet šos novērojumus Latvijas populācija, visiem pacientiem, kam vēl nav uzstādīta diagnoze, tika veikta ANO5 gēnapiektā eksona sekvenēšana.

Nukleotīdu atkārtojumu skaita polimorfismu analīzes metodes izvēle un analīze

Aktivitātes ietvaros saskaroties ar problēmu identificēt homozigotas personas ar normālu atkārtojumu skaitu, un personas,kurām notikusi trinukleotīdu vai tetranukleotīdu ekspansija hetrozigotiskā stāvoklī, tika paredzēts noskaidrot Latvijas populācijāsastopamo atkārtojumu skaitu, kā arī noskaidrot to biežumu. Mērķa sasniegšanai tika veikta fragmentu analīze 100 cilvēkiemDMPK un ZNF9 gēnos. Miotoniskās distrofijas 1. tipa gadījumā trinukleotīdu (CTG)n atkārtojumu skaits DMPK gēnā visbiežāk bija sastopams arpieciem atkārtojumiem – (CTG)5, līdz 30% gadījumu. Miotoniskās distrofijas 2. tipa gadījumā motīva (TG)n(TCTG)n(CCTG)n -(CCTG)n atkārtojumu skaits ZNF9 gēnābija sadalīts vienmērīgi, liecinot par “hotspot” pozīcijām visā atkārtojumu motīva reģionā. Vienlaicīgi nevaram izslēgt somātiskomutāciju ietekmi, kas raksturīgas ZNF9 gēna atkārtojumu lokusam.

Neiromuskulāro slimību pacientu datu kolekcijas izveide

Datu kolekciju šobrīd veido 31 pacients.Pateicoties sadarbībai ar Treat-NMD aliansi, sagatavoti materiāli ārstiem unpacientiem par divām neiromuskulāro slimību grupām: spinālo muskuļu atrofiju un iedzimto muskuļu distrofiju. Tulkotie materiālilatviešu valodā pacientiem un ārstiem būs pieejami treat-nmd.eu un curecmd.com mājas lapās.

Līdz 2013. gada 30. jūnijam:

Sagatavota informācija par plecu iegurņa muskuļu distrofiju un par iedzimtu muskuļu distrofiju sadarbībā ar CureCMD (http://curecmd.org/cmd-care) un Treat-NMD (http://www.treat-nmd.eu/cmd/care/family-guide/translations/).    

  Plecu iegurņa joslas muskuļu distrofija (Limb-Girdle Muscular Dystrophies (LGMD)) ir heterogēna pārmantoto muskuļu distrofiju grupa, kas pārsvarā skar iegurņa un plecu joslas muskuļu grupas. LGMD iedala divās grupās atkarībā no iedzimšanas tipa. Tās ir retāk sastopamās autosomāli dominantās (LGMD 1. tips) un biežāk, līdz 90% no LGMD gadījumu, sastopmās autosomāli recesīvās (LGMD 2. tips). LGMD ir reti sastopamas, to incidence ir 1 uz 100 000 (Yates, 1985).

        209 mutācijas tika atlasītas no zināmo mutāciju saraksta, kas izraisa LGMD autosomāli recesīvo variantu (2.tipu), izmantojot publikācijas un datubāzes (Leiden mutation database). CAPN3 121 mutācijas, DYSF 50 mutācijas, SGCA, SGCB, SGCD, SGCG 28 mutācijas, AMELX, AMELY divas dzimuma kontroles un astoņi polimorfismi. Tika izvēlētas mutācijas, kas sastopamas Ziemeļ- vai/un Austrum-Eiropas populācijās, un tika ziņotas vismaz piecas reizes neradniecīgās populācijas un ne ģimenes gadījumos. VeraCode metodes specifikas dēļ bija jāpiemēro papildus atlases kritēriji, kas bija: attālums starp mutācijām lielāks par 60 bāzēm, tās var būt punktveida mutācijas (bialēliskas) un insercijas/delēcijas. Sagatavoto mutāciju sarakstu ievadot Illumina Oligonukleotīdu sintēzes programmā (Illumina.com), apmēram 10% no atlasītajām mutācijām bija jānomaina sakarā ar zemu (<0,4) gala rādītāju, kas raksturoja PCR reakcijas specifiskumu un reproducējamību. Trīsdesmit viens pacients ar aizdomām par LGMD un 204 kontroles paraugi tika analizēti, izmantojot Illumina GoldenGate VeraCode metodoloģiju. Ne visas mutācijas uzrādija vienādu reproducējamību, tāpēc mutācijas tika iedalītas divās grupās  (pirmā grupa 20 mutācijas, otrā grupa 57 mutācijas) un savstarpēji salīdzināti galvenie metodoloģijas parametri parametri. Rezultāti sagatavoti un iesniegts patents ECT. Patentā iekļauta informācija par jaunu mutāciju CAV3 gēnā, kas atklāta kontroles grupai. c.220C>T, p.R74CCAV3 gēnā.

            Uzsākta diagnostika spinocerebellārās ataksijas SCA1, 2, 3 un 6. tipam; kam raksturīgi nukleotīdu atkārtojumu skaita polimorfismi.

Līdz 2013. gada 30. septembrim:Algoritma izveide Pabeigta algoritma izveide, ar ko pabeigta aktivitāte Nr.1.            Muskuļu distrofiju SNP izvēle un verifikācijaPieņemts un publicēts raksts, kas apvieno darba rezultātus aktivitātē nr.1,2,3 un 5. Paredzēta ar VeraCode GoldenGate metodi atklāto mutāciju kvalitātes kontrole, izmantojot nākošās paaudzes sekvenēšanas iespēju.
Analizējamā testa izvēle un pārbaude Pabeigta CAV3 gēna sekvenēšana kontroles grupai (n=100) pacientiem ar hipertrofisko un dilatācijas kardiomiopātiju, un artimogēno sirds hipertrofiju. Apkopota informācija par atklātajām mutācijām.Uzsākta FKRP gēna sekvenēšana mutāciju L276I saturošam eksonam pacientiem ar neiromuskulāru saslimšanu.Uzsākta CAPN3 gēna mutācijas del550A genotipēšana pacientiem ar hipertrofisko un dilatācijas kardiomiopātiju, un artimogēno sirds hipertrofiju. Nukleotīdu atkārtojumu skaita polimorfismu analīzes metodes izvēle un analīzeUzsākta diagnostika spinocerebellārās ataksijas SCA1, 2, 3 un 6. tipam; kam raksturīgi nukleotīdu atkārtojumu skaita polimorfismi.      Neiromuskulāro slimību pacientu datu kolekcijas izveideDatu kolekciju uz doto brīdi veido 35 pacienti, visbiežāk diagnosticētā slimība ir plecu iegurņa muskuļu distrofija.Pabeigti tulkojumi par pacientu aprūpi par Dišēna muskuļu distrofiju un Spinālo muskuļu atrofiju, kas tiks pievienoti Orpha.net Latvijas mājaslapā.
Līdz 2013. gada decembrim:

Algoritma izveide

Izmantojot iegūto informāciju, pacientiem tika veikti klīniskie un laboratoriskie izmeklējumi (asins bioķīmiskie izmeklējumi, organiskās skābes asinīs un urīnā, acilkarnitīnu spektrs, muskuļu USG, CT vai MRI, elektromiogrāfija/neirogrāfija). Iegūtie dati apkopoti un gadu gaitā uzkrājot informāciju par informatīvākajām izmeklēšanas metodēm, kurām tika pievienots mūsu projekta laikā izstrādātās DNS diagnostikas metodes, izveidojās zināšanas, kas nepieciešamas, lai sagatavotu diagnostisko algoritmu. 2013. gadā oktobrī darbs pie algoritma tika pabeigts un publicēts žurnālā “Latvijas Ārsts”.

Muskuļu distrofiju SNP izvēle un verifikācija

Mutāciju atlase sākuma posmā tika balstīta uz trīs galvenajiem kritērijiem. Viens no tiem ir populāciju specifiskums, ko raksturo atlasītas mutācijas, kas biežāk satopamas Austum-Eiropas un Ziemeļ-Eiropas populācijās, kā arī populācijās, kuras pēc savas struktūras ir panmiksiskas. Otrs no kritērijiem bija mutāciju sastopamības biežums, par robežu tika izvēlēts skaitlis trīs, kas norādija, ka tik daudz reizes dotā mutācija ir bijusi citēta dažādās publikācijās, un aprakstītie gadījumi savā starpā nav radnieciski. Pēdējais kritērijs ir izvēlēto mutāciju patogenitāte, respektīvi, vai arī pierādīts, ka tā kodētajos proteīnos izraisa struktūras vai funkcijas traucējumus, un ir par iemeslu slimībai.

2 09 mutācijas tika atlasītas no zināmo mutāciju saraksta, kas izraisa LGMD autosomāli recesīvo variantu (2.tipu), izmantojot publikācijas un datubāzes (Leiden mutation database). CAPN3 gēnā 121 mutācija, DYSF gēnā 50 mutācijas, SGCA,SGCB,SGCD,SGCG gēnos 28 mutācijas, AMELX, AMELY divas dzimuma kontroles, un astoņi kontroles viena nukleotīda polimorfismi. VeraCode metodes specifikas dēļ bija jāpiemēro papildus atlases kritēriji, kas bija: attālums starp mutācijām lielāks par 60 bāzēm, tās var būt punktveida mutācijas (bialēliskas) un insercijas/delēcijas. Sagatavoto mutāciju sarakstu ievadot Illumina Oligonukleotīdu sintēzes programmā (Illumina.com), apmēram 10% no atlasītajām mutācijām bija jānomaina sakarā ar zemu (<0,4) gala rādītāju, kas raksturoja PCR reakcijas specifiskumu un reproducējamību.

Analizējamā testa izvēle un pārbaude

Izmeklēti 110 pacienti ar neiromuskulārām slimībām un viņu radinieki no Latvijas, kā arī 45 pacienti no Lietuvas ar muskuļu distrofijas diagnozi. No tiem 76 personām veikta multiplā paralēlā genotipēšana. Astoņiem personām, izmantojot, šo metodi, apstiprināta diagnoze LGMD2A. Sagatavoti slēdzieni un veikta ģenētiskā konsultācija. Pabeigta CAV3 gēna sekvenēšana kontroles grupai (n=100), neiromuskulāro slimību pacientiem un pacientiem ar hipertrofisko un dilatācijas kardiomiopātiju, un artimogēno sirds hipertrofiju. Pabeigta CAPN3 gēna mutācijas del550A genotipēšana pacientiem ar hipertrofisko un dilatācijas kardiomiopātiju, un artimogēno sirds hipertrofiju. Pabeigta ANO5 mutācijas 191dupA genotipēšana 50 pacientiem ar LGMD. Uzsākta FKRP gēna sekvenēšana mutāciju L276I saturošam eksonam pacientiem ar neiromuskulāru saslimšanu. Piecdesmit personām ar aizdomām par mitohondriālu patoloģiju, veikta pilna mtDNS sekvenešana. Identificētas divas personas ar Lī (Leigh) sindromu un Leigh Disease/MELAS/LHON-MELAS Overlap Syndrome.

Nukleotīdu atkārtojumu skaita polimorfismu analīzes metodes izvēle un analīze

Ieviesta un validēta metode nukleotīdu atkārtojumu bloku analīzei, lai diagnosticētu miotoniskās distrofijas 1. un 2. tipu. Miotoniskā distrofija ir autosomāli dominanta iedzimta muskuļu sistēmas saslimšana, kas ir viena no visizplatītākajām muskuļu distrofijām pieaugušo vidū. Tai raksturīgs progresējošs muskuļu vājums, īpaši rokās, apakšstilbos, kaklā, sejā. Smagākajos saslimšanas gadījumos slimības pazīmes var parādīties jau no dzimšanas. Saslimšanas ģenētiskie cēloņi ir izmaiņas DMPK   gēnā (1. tipa). Pirmā tipa gadījumā izmaiņu pamatā ir trinukleotīdu atkārtojumu skaita palielināšanās DMPK gēna 3’-nekodējošā daļā. Turklāt, atkārtojumu skaits, t.i. insertētā fragmenta garums, tieši korelē ar slimības norises smagumu. Miotoniskā distrofija ir autosomāli dominanta saslimšana, t.i., ja slimo viens no vecākiem, tad viņu pēcnācējiem risks saslimt ir 50 %. Parasti miotoniskās dostrofijas diagnostikā izmanto divpakāpju gēnu testu sistēmu. Pirmajā pakāpē tiek veikts parastais PCR un elektoforēze agarozes gēlā. Šādā veidā tiek konstatēti atkārtojumu, kas nepārsniedz 100. Ja atkārtojumu skaits ir lielāks, tad to konstatēšanai ir nepieciešams veikt fragmentu hibridizāciju. Tomēr šī pēdējā metode ir ļoti laika un resursu ietilpīga un prasa īpašas iemaņas. Trinukleotīdu atkārtojumu skaita noteikšanai mēs agarozes gēla vietā piedāvājam veikt kapilāro elektroforēzi. Šai metodei ir vairākas priekšrocības. Tā ļauj ļoti precīzi noteikt analizējamā fragmenta garumu (t.i. atkārtojumu skaitu), tādā veidā ļaujot atšķirt homozigotos variantus no heterozigotiem līdzīgu atkārtojumu skaitu gadījumos. Tomēr, jāatzīst, ka arī kapilārās elektroforēzes iespējas ir ierobežotas un diez vai būs iespējams amplificēt atkārtojumus, kuru skaits pārsniegs 200. Lai iegūtu nepieciešamo informāciju mēs piedāvājam noteikt atkārtojumu skaitu arī abiem pacienta vecākiem. Šāda papildus informācija, ne tikai ļautu apstiprināt homozigoto vai heterozigoto statusu, bet arī, ņemot vērā anticipāciju, ļautu noskaidrot iespējamās riska allēles. Analizējot ģimeni, iespējams pilnībā izsekot allēļu sadalījumam starp vecākiem un bērniem. Lai noskaidrotu allēļu vidējo biežumu populācijā, mēs izanalizējām 180 nejaušus DNS paraugus, kuri iegūti no Genomu datu bazes. Iegūtie dati palīdz precīzāk paredzēt iespējamos homozigotos variantus un ļaut izvairīties no viltus pozitīviem rezultātiem.

Tādā veidā mēs piedāvājam ātru un efektīvu miotoniskās distrofijas diagnostikas metodi, kuras izmantošanai Latvijā ir visi nepieciešamie tehniskie un personāla resursi.

Neiromuskulāro slimību pacientu datu kolekcijas izveide    Projekta ietvaros ir izveidota datu kolekcija, kas apvieno klīnisko informāciju par pacientiem ar neiromuskulārām slimībām. Personu skaits kolekcijā kopā ir 43, no tiem 19 sievietes, 24 vīrieši, 20 bērni un 23 pieaugušie pacienti. Pacientu diagnozes datu kolekcijā attēlotas 5.1. zīmejumā. Datu kolekcijas darbība saskaņota LR Centrālajā Medicīnas ētikas komitejā.

5.1. Attēls. Pacientu sadalījums pa diagnozēm.

Sadarbībā ar Treat-Nmd Neuromuscular Network ir sagatavota informācija ārstiem un ģimenēm par muskuļu distrofijām, kas pieejama latviešu valodā mājaslapā: http://www.curecmd.org/wp-content/uploads/resources/cmd-guide-latvian.pdf. Informācija būs pieejama arī orpha.net Latvijas sadaļā no 2014. gada.