Projekta nosaukums: Ģenētisko mehānismu identifikācija personām ar izolētu aukslēju šķeltni, izmantojot pilna genoma sekvenēšanu

Projekta identifikācijas Nr.: lzp-2020/2-0374

Projekta izpildes termiņš: 2020. gada 1. decembris – 2021. gada 31. decembris

Projekta kopējais finansējums: 100 389.00 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. med. Baiba Lāce

Kopsavilkums

Cilvēka sejas ontoģenēze ir komplekss mehānisms, kura traucējumi izraisa iedzimtas anomālijas. Viena no visbiežāk sastopamajām anomālijām ir lūpu un / vai aukslēju šķeltne (CLP). Mutācijas tādos gēnos kā GRHL3, IRF6, MSX1, TBX22 u.c. izraisa sindromiskās CLP formas. Tomēr lielākā daļa orofaciālo šķeltņu ir nesindromiskas, un to etioloģija ir multifaktoriāla. Nesindromisku CLP etioloģisko faktoru identifikācijai tika veikti asociācijas pētījumi, izmantojot ģenētisko informāciju no CLP pacientu-vecāku trio. Pētnieki atklāja vairāk nekā divpadsmit CLP augsta riska ģenētiskos lokusus, apmēram 20–30 kandidātgēnus un hromosomu kopiju skaita variācijas (copy number variations – CNV). Kopš 2000. gada Latvijas pētnieki piedalās CLP ģenētisko riska faktoru izpētē. Datu kolekcijā Valsts Iedzīvotāju Genoma datubāzē ir uzkrāti vairāk kā 150 CLP pacientu-vecāku trio, un ir iegūti nozīmīgi rezultāti asociācijas pētījumos sadarbībā ar Baltijas, Centrāleiropas un Amerikas pētniekiem. Mūsu rezultāti apstiprināja, ka TGFA, IRF6, BCL3, BMP4, FGF1, FOXE1, COL2A1, COL11A2 un TIMP2 gēnu variācijas ir saistītas ar nesindromisku CLP attīstību. Pašreizējā pētījuma mērķis ir veikt pilna genoma sekvenēšanu pacientiem ar izolētu aukslēju šķeltni. Projekta izpildes laiks ir viens gads, tāpēc izvēlēta ir mazākā un ģenētiski atšķirīgākā lupu un/ vai aukslēju šķeltņu grupa – izolētas aukslēju šķeltnes pacienti. Ir izvirzīta hipotēze, ka mēs identificēsim nediagnosticētus monogēnus sindromus un CNV, kuriem plānojam veikt ģimenes segregācijas analīzi. Otrā mutāciju atlases kārtā tiks iekļauti zināmie CLP kandidātgēni un riska lokusi. Publiski pieejamie dati kalpos par platformu turpmākajiem projektiem šīs multifaktoriālās  patoloģijas izpētē.

Informācija publicēta 01.12.2020.