Instruct-ERIC
Instruct-ERIC (Integrated Structural Biology Infrastructure) ir Eiropas pētniecības infrastruktūra, kas pētniekiem no visām projekta dalībvalstīm nodrošina pieeju nepieciešamajai modernai aparatūrai, tehnoloģijām un ar tām saistītajai ekspertīzei strukturālās bioloģijas nozarē.
Instruct-ERIC arī organizē kursus un darba seminārus strukturālās bioloģijas metodēs un tehnoloģijās, finansē stažēšanos Instruct-ERIC dalībvalstu centros Eiropā, finansē jauno pētnieku pilotprojektus, organizē zinātniskās konferences un darbojas kā vienojošs Eiropas strukturālās bioloģijas centrs.
Instruct-ERIC šobrīd ir 13 dalībvalstis un 9 Centri. Instruct-ERIC Centri organizē un nodrošina piekļuvi nacionālajai strukturālās bioloģijas infrastruktūrai, kā arī piedalās citās Instruct-ERIC aktivitātēs.
Latvijas nacionālais mezgls un tā dalībnieki
Latvijā šobrīd ir divas organizācijas, kurās notiek būtiski pētījumi strukturālās bioloģijas jomā – Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs (LBMC) un Latvijas Organiskās sintēzes institūts (LOSI).
Īss LBMC strukturālās bioloģijas pētnieciskās grupas raksturojums:
- Zinātnisko rakstu skaits SCOPUS datu bāzē pēdējo 5 gadu laikā – 48
- Galvenie zinātniskās darbības virzieni:
- Vienpavediena RNS bakteriofāgu un to vīrususveidīgo daļiņu funkcionalā un strukturālā izpēte un to pielietojums jaunu vakcīnu radīšanā
- Borēlijas virmas proteīnu strukturālā izpēte
- Farmaceitiski nozīmīgu proteīnu strukturālā izpēte (sadarbībā ar LOSI) :
- Trimetilamīna producējošo proteīnu un to mikrokompartmentu strukturālā izpēte
- Ogļskābes anhidrāžu inhibitoru izstrāde
Īss LOSI Fizikālās ķīmijas laboratorijas strukturālās bioloģijas grupas raksturojums:
- Zinātnisko rakstu skaits SCOPUS datu bāzē pēdējo 5 gadu laikā – 24
- Galvenie zinātniskās darbības virzieni:
- Farmaceitiski nozīmīgu enzīmu strukturālie pētījumi kompleksā ar OSI sintezētajiem zāļvielu kandidātiem
- Cietvielu KMR metožu attīstība
- Zirnekļtīklu proteīnu strukturālie pētījumi
- Amiloīdu strukturālie pētījumi
Nacionālā mezgla infrastruktūra
Infrastruktūra LBMC:
- Standarta iekārtas klonēšanai (PCR aparāti, centrifūgas, elektroforēzes iekārtas, u.c.)
- Iekārtas proteīnu producēšanai baktēriju, raugu un insektu šūnu kultūrās (inkubatori, sterilās istabas, lamināri, aukstās istabas, maza mēroga fermentators)
- Iekārtas proteīnu attīrīšanai (Akta Explorer, Akta HPLC, Akta Pure un Akta Prime hromatogrāfi, ultracentrifūgas, u.c.)
- Bruker Daltonics MALDI-TOF masspektrometrs
- Iekārtas proteīnu kristalizēšanai – termoregulēta kristalizācijas istaba un inkubatori, TECAN Freedom Evo kristalizācijas robots, mikroskopi, piederumi kriokristalogrāfijai
- Proteīnu kristālu difrakcijas sistēma Bruker X8 Proteum ar Microstar rentgenstaru ģeneratoru
- Datori, programmatūra un ekspertīze proteīnu struktūru noteikšanai ar rentgenstruktūranalīzes un krio-EM metodēm
- Piekļuve Bessy II (Berlīne, Vācija) un MAXIV (Lunda, Zviedrija) sinhrotroniem, kā arī CEITEC (Brno, Čehija) krio-EM iekārtām
Infrastruktūra LOSI:
- 800 MHZ Bruker Avance III KMR spektrometrs ar zondēm šķidrumu un cietvielu analīzei
- 600 MHz Varian Unity Inova mazu proteīnu un proteīnu-ligandu mijiedarbību analīzei
- 400 MHz Varian Mercury, 400 MHz Varian 400-MR un 300 MHz Bruker Fourier KMR spektrometri mazo molekulu analīzei
- ITC kalorimetrs (GE Healthcare Microcal iTC200) un virsmas plazmonu rezonanses iekārta (GE Healthcare Biacore T200) proteīnu-ligandu mijiedarbību pētījumiem
- Iekārtas klonēšanai un proteīnu producēšanai baktērijās (PCR aparāti, centrifūgas, elektroforēzes iekārtas, inkubatori, u.c.)
- Iekārtas proteīnu attīrīšanai (hromatogrāfijas sistēma Akta Purifier)
Latvijas nacionālā mezgla Kontaktpersona un kontaktinformācija
Prof. Kaspars Tārs
kaspars@biomed.lu.lv