Projekta nosaukums: Šūnu likteņā determinēta hromatīna pašorganizācija pēc Heregulina stimulētas gēnu aktivācijas un vēža šūnu diferencēšanos
Baltijas-Vācijas Augstskolu biroja projektu finansiāli atbalsta Vācijas Akadēmiskās apmaiņas dienests (DAAD) no Vācijas Ārlietu ministrijas piešķirtajiem līdzekļiem.
Projekta norises laiks: 01.02.2022. – 31.10.2022.
Projektā iesaistītās valstis un institūcijas:
Latvija – Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
Vācija – Heidelberg University, Kirchhoff-Institute for Physics, Experimental Biophysics group
Projekta mērķis:
Šī projekta ietvaros tiks pētīta hromatīna tīklu reorganizācija diferenciācijas laikā krūts vēža šūnu līnijā MCF-7, liekot īpašu uzsvaru tieši uz retrotranspozoniem. Tīkli, kuri tiks iezīmēti ar fluorescentajām antivielām vai oligonukleotīdu-FISH zondi, tiks apskatīti, izmantojot fluorescences mikroskopiju un vienas molekulas lokalizācijas mikroskopijas metodi. Tīklu dinamika tiks analizēta, izmantojot kvantitatīvās attēlu analīzes, matemātiskās punktu ģeometrijas (Riplija statistika) un topoloģijas (noturīgās homoloģijas) metodes. Nekodējošo RNS transkripcijas un qPĶR dati tiks korelatīvi sasaistīti ar hromatīna dinamikas datiem.
Projekta galvenās aktivitātes un aktivitātes(šu) norises vieta(s):
- MCF-7 šūnu audzēšana, paraugu sagatavošana, antivielu krāsošana, oligonukleotīdu FISH meetodes pielietošana (Rīga + Heidelberga)
- ncRNS transkripcijas analīze, qPĶR, molekulārā bioloģija, fluorescences mikroskopija un attēlu analīze (Rīga)
- Super-izšķirtspējas vienas molekulas lokalizācijas mikroskopija, klāsteru analīze ar Riplija distanču frekvences statistiku, puantilistiskā modeļa ģeometriskā analīze, topoloģiskā analīze (Heidelberga)
- Apmaiņas vizītes (Rīga + Heidelberga)
- Kopīga zinātniskā publikācija
Projekta ietvaros plānotie publiskie pasākumi un norises laiks:
Vienas dienas simpozijs: “Self-Organization of Cells during Differentiation and under Cellular Stress Conditions“
Plānotais datums: 25.07.2022.
Norises vieta: BMC Konfereču zāle, Rīga
Runātāji (provizoriski): Dr. Jekaterina Ērenpreisa, Rīga; Prof. Dr. Michael Hausmann, Heidelberga; Dr. Alessandro Giuliani, Roma; Dr. Tālivaldis Freivalds, Rīga; Dr. Reet Kurg, Tartu
Projekta tiešā un netiešā mērķa grupa un tās skaitliskais apjoms:
Tiešā mērķa grupa: Bakalaura, maģistra un doktorantūras studenti kā arī Dr. Ērenpreisas un Dr. Hausmana zinātnikso grupu dalībnieki (~ 10 personas).
Netiešā mērķa grupa: Latviešu studenti un zinātnieki, kuri apmeklēs simpoziju (~ 20 personas); zinātniskā komūna, kas lasīs publikāciju ar projektā iegūtajiem rezultātiem (~ 10-20 citāti).
Starptautiskais simpozijs “Spatial-temporal genome regulation in stress- response and cell-fate change“
Interesenti tiek aicināti piedalīties šajā pasākumā, kas notiks 25. jūlijā BMC Konferenču zālē.
Ar pasākuma programmu variet iepazīties šeit: Programma