Projekta nosaukums: Agrīnas diagnostikas un monitoringa algoritma izveide aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju pacientiem
Akronīms: NExT
Projekts tiek īstenots Eiropas Savienības fondu darbības programmas “Izaugsme un nodarbinātība” 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa “Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā” 1.1.1.5. pasākuma “Atbalsts starptautiskās sadarbības projektiem pētniecībā un inovācijās” pirmās kārtas Valsts izglītības attīstības aģentūras īstenotā projekta “Atbalsts starptautiskās sadarbības projektu izstrādei un īstenošanai” ietvaros.
Uzsaukums: Joint Transnational Call for Proposals 2017 (JTC 2017)
Līguma numurs: 1.1.1.5/ERANET/20/03
Īstenošanas termiņš: 2019. gada 1. septembris – 2023. gada 28. februāris
Koordinators: Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V., Institute for Biomedical Engineering IBMT
Projekta partneri:
Department of Medical Oncology, Ramon y Cajal University Hospital Health Research Institute
Biomedical Research Center, Slovak Academy of Sciences, Cancer Research Institute
Latvian Biomedical Research and Study Centre
1st Departament of Propaedutic surgery, National and Kapodistrian university of Athens Bioquochem company, Parque Tecnológico de Asturias
Projekta vadītājs: Dr.biol., Vita Rovīte
Kopējais projekta finansējums: 210 000.00 EUR
Kopsavilkums
Aizkuņģa dziedzera neiroendokrīnās sistēmas audzēju (PNET) standartizētu klīnisko kontroli ierobežo PNET retā sastopamība, heterogēnās izpausmes, ierobežotā izpratne par audzēja bioloģiju un riska stratifikācijas sistēmas trūkums. Lai gan ķirurģiska rezekcija joprojām ir galvenā terapija, vairumam pacientu tā netiek pielietota.
Hipotēze: Atbilstoša, specifiska un jutīga PNET noteikšana un raksturošana var veicināt agrīnu diagnostiku, palielinot ķirurģiskas iejaukšanās sekmīgu iznākumu un uzlabojot pacientu dzīvildzi un kvalitāti. Cirkulējošās audzēja šūnas (CTCs) tiek uzskatītas par potenciāliem biomarķieriem šķidrai biopsijai, jo tās ir agrīni diagnosticējamas asinīs.
Mērķis: Veidojot audu banku ar ģenētiski raksturotiem audzēju paraugiem un izstrādājot no pacientu paraugiem iegūtus ksenotransplantātus (CDXs, PDXs) un organoīdus, mēs vēlamies noteikt PNET raksturīgos biomarķierus, kas nepieciešami, lai izstrādātu uz nanotehnoloģijām balstītu mikrošķidrumu ierīci un integrētu minimāli invazīvas šķidrās biopsijas tehnoloģiju PNET agrīnai atklāšanai.
Metodes: Seruma un audu paraugi tiks ievākti no PNET pacientiem, tiks reģistrēti pacientu klīniskie un medicīniskie dati. Tiks veikta plaša genoma un ekspresijas analīze pacientu paraugos, iegūtajos organoīdos un ksenotransplantātos (CDXs, PDXs). Pamatojoties uz iegūtajiem datiem, tiks izstrādāta NExT mikrošķidrumu ierīce PNET-diagnostikai un prognostikai.
Gaidāmie rezultāti un ietekme: Labāka izpratne par etiopatoģenētiskajiem determinantiem, kas iesaistīti PNET veidošanās procesā. Daudznozaru sadarbībā konsorcijā NExT tiks izveidota uz nanotehnoloģijām balstīta mikrošķirdrumu ierīce, kas, izmantojot CTCs noteikšanu, palīdzēs PNET audzēju savlaicīgai atklāšanai un pacientu novērošanai, sekmējot ārstēšanu.
Informācija publicēta 01.09.2019.
Projekta progress
2020. gada 1. janvāris – 2020. gada 31. marts
Pārskata periodā sagatavoti nepieciešamie dokumenti iesniegšanai Centrālās Medicīnas ētikas komitejā, lai saņemtu atzinumu. Izveidota sadarbība ar lielākajām slimnīcām par pacientu paraugu ievākšanu.
Informācija publicēta 31. 03.2020.
Projekta progress
2020. gada 1. aprīlis – 2020. gada 30. jūnijs
Pārskata periodā iegūts Centrālās Medicīnas ētikas komitejas atzinums. Turpināta sadarbība ar lielākajām slimnīcām par pacientu paraugu ievākšanu. Uzsākta komunikācija ar projekta partneriem par paraugu ieguvi sekvencēšanas veikšanai.
Informācija publicēta 30. 06.2020.
Projekta progress
2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 30. septembris
Turpināta komunikācija ar projekta partneriem par paraugu ieguvi sekvencēšanas veikšanai. Veikta metodes optimizācija RNS izdalīšanai un sekvencēšanai no maza šūnu daudzuma materiāla. Uzsākta bioinformātikas analīzes optimizācija un literatūras pētniecība.
Informācija publicēta 30. 09.2020.
Projekta progress
2020. gada 1. oktobris – 2020. gada 31. decembris
Uzsākta bioinformātikas analīzes optimizācija un literatūras pētniecība par no parafīnblokiem izdalītu un sekvencētu RNS datu analīzi. Turpināta sadarbība ar lielākajām slimnīcām par pacientu paraugu ievākšanu.
Informācija publicēta 30. 12.2020.
Projekta progress
2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts
Turpināta no sadarbības partneriem saņemto parafīnbloku paraugu analīze. Uzsākta datu analīzes optimizācija primārajiem datiem.
Informācija publicēta 31. 03.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs
Turpināta no sadarbības partneriem iegūto parafīnā ieslēgto audzēja audu paraugu analīze. Izdalītas nukleīnskābes, sagatavotas sekvencēšanas bibliotēkas un veikta sekvencēšana. Līdz šim sekvencētajiem paraugiem veikta bioinformātiskā analīze. Uzsākta arī aizkunģa dziedzeru neiroendokrīno audzēju pacientu iesaiste pētījumā arī Latvijā, pacienti iekļauti pētījumā un no tiem iegūti bioloģiskie paraugi.
Informācija publicēta 30. 06.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris
Turpināta no sadarbības partneriem iegūto parafīnā ieslēgto audzēja audu paraugu analīze. Izdalītas nukleīnskābes, sagatavotas sekvencēšanas bibliotēkas un veikta sekvencēšana. Līdz šim sekvencētajiem paraugiem veikta bioinformātiskā analīze. Turpināta aizkunģa dziedzeru neiroendokrīno audzēju pacientu iesaiste pētījumā arī Latvijā, pacienti iekļauti pētījumā un no tiem iegūti bioloģiskie paraugi.
Informācija publicēta 30. 09.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris
Turpināta no sadarbības partneriem iegūto parafīnā ieslēgto audzēja audu paraugu analīze. Izdalītas nukleīnskābes, sagatavotas sekvencēšanas bibliotēkas un veikta sekvencēšana. Tiek turpināta bioinformātikas analīze un optimizācija iegūtajiem sekvencēšanas datiem. Turpināta aizkunģa dziedzeru neiroendokrīno audzēju pacientu iesaiste pētījumā arī Latvijā, pacienti iekļauti pētījumā un no tiem iegūti bioloģiskie paraugi.
Informācija publicēta 30. 12.2021.
Projekta progress
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
No sadarbības partneriem iegūto parafīnā ieslēgto audzēja audu paraugu sekvencēšana pabeigta, tiek turpināta bioinformātikas analīze un optimizācija iegūtajiem sekvencēšanas datiem. Turpināta aizkunģa dziedzeru neiroendokrīno audzēju pacientu iesaiste pētījumā Latvijā, pacienti iekļauti pētījumā un no tiem iegūti bioloģiskie paraugi un uzsāktas sarunas parafīnā ieslēgto audzēja audu paraugu iegūšanai no Latvijas patoloģijas centriem to sekvencēšanai.
Informācija publicēta 31.03.2022.
Projekta progress
2022. gada 1. aprīlis – 2022. gada 30. jūnijs
Iegūti paraugi no aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju pacientiem Latvijā sadarbībā ar Latvijas patoloģijas centriem un pašlaik tiek veikta bibliotēku sagatavošana un sekvencēšana. Tiek turpināta bioinformātikas analīze. Uzsākts darbs pie publikācijas sagatavošanas.
Informācija publicēta 30. 06.2022.
Projekta progress
- gada 1. jūlijs – 2022. gada 30. septembris
Latvijā iegūtajiem aizkuņģa dziedzera neiroendokrīno audzēju pacientu paraugiem pabeigta sekvencēšana un tiek turpināta bioinformātikas analīze. Notikusi papildus klīnisko datu iegūšana un kārtošana, kas nepieciešami bioinformātikas analīzei. Turpināts darbs pie publikācijas sagatavošanas.
Informācija publicēta 30. 09.2022.
Projekta progress
- gada 1. oktobra – 2022. gada 31. decembrim
Turpināta iegūto datu bioinformātikas analīze. Notikusi papildus klīnisko datu iegūšana un kārtošana, kas nepieciešami bioinformātikas analīzei. Turpināts darbs pie publikācijas sagatavošanas. Sagatavota, iesniegta un nopublicēta apskata publikācija kopā ar sadarbības partneriem žurnālā Critical Reviews in Oncology/Hematology.
Informācija publicēta 30.12.2022.
Projekta progress
- gada 1. janvāris – 2023. gada 28. februāris
Pabeigta iegūto datu bioinformātikas analīze. Notikusi papildus klīnisko datu iegūšana un kārtošana, kas nepieciešami bioinformātikas analīzei. Pabeigts darbs pie publikācijas sagatavošanas un tā tuvākajā laikā tiks iesniegta starptautiski citējamā izdevumā.
Informācija publicēta 28.02.2023.