Uz bakteriālā mikrokompartmenta bāzes vedota nanoreaktoru platformas izveidošana metālu saturošu nanodaļiņu sintēzei
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) darbības programmas “Izaugsme un nodarbinātība” 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa “Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā” 1.1.1.2. pasākums “Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts” ietvaros.
Projekta nosaukums: Uz bakteriālā mikrokompartmenta bāzes vedota nanoreaktoru platformas izveidošana metālu saturošu nanodaļiņu sintēzei
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.2/VIAA/4/20/705
Projekta izpildes termiņš: 2021. gada 1. janvāris – 2023. gada 30. jūnijs
Projekta kopējais finansējums: 111 505.00 EUR
Projekta īstenotājs: Ph.D. Gints Kalniņš
Projekta mērķis ir radīt universālu, uz bakteriālajiem mikrokompartmentiem bāzētu nanoreaktoru platformu metālu saturošu nanodaļiņu sintēzei. Bakteriālie mikrokompartmenti ir baktēriju organellas, kuras satur proteīnu čaulā ietvertus enzīmus, kuri veic saskaņotas metaboliskas funkcijas. Šī projekta mērķis ir pārdizainēt bakteriālo mikrokompartmentu čaulu, izmantojot bakteriālajos mikrokompartmentos mākslīgi iepakotus enzīmus un metālus reducējošus peptīdus kā kandidātu platformas metālisko nanodaļiņu sintēzei. Šādai platformai varētu rasties tālāks pielietojums tādās jomās kā nanotehnoloģijā, medicīnā vai vides zinātnē. Projektā laikā ir paredzēts adaptēt bakteriālo mikrokompartmentu čaulu metālu saturošu nanodaļiņu sintēzei nepieciešamo enzīmu iepakošanai; konstruēt, producēt un attīrīt šādus nanoreaktoru kandidātus, testēt nanodaļiņu sintēzes apstākļus un raksturot iegūtās jaunsintezētos produktus.
Informācija publicēta 04.01.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts
Sekmīgi veikta Klebsiella pneumoniae šūnu griezumu negatīvās krāsošanas transmisijas elektronmikroskopijas analīze un novērotas GRM2 bakteriālo mikrokompartmentu substruktūras. Uzsākti prelimināri eksperimenti sadarbībā ar CEITEC institūtu krio elektrontomogrāfijas analīzei. Veikta krioelektronmikroskopijas analīze lielāka izmēra GRM2 bakteriālo mikrokompartmentu daļiņām. Uzsākta ekspresijas konstruktu veidošana enzīmus un metālus reducējošo peptīdu saturošu bakteriālo mikrokompartmentu čaulu iegūšanai.
Informācija publicēta 31.03.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs
Publicēta viena publikācija zinātniskā žurnālā par bakteriālo mikrokompartmentu čaulu daudzveidību. Prezentēta populārzinātniska prezentācija par bakteriālajiem mikrokompartmentiem Zinātnes naktī. Tiek turpināta ekspresijas konstruktu veidošana enzīmus un metālus reducējošo peptīdu saturošu bakteriālo mikrokompartmentu čaulu iegūšanai.
Informācija publicēta 30.06.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris
Tiek turpināta ekspresijas konstruktu veidošana enzīmus un metālus reducējošo peptīdu saturošu bakteriālo mikrokompartmentu čaulu iegūšanai. Uzsākta konstruēto ekspresijas vektoru testēšana proteīnu producēšanas efektivitātes noskaidrošanai. Projekts prezentēts Instruct-ERIC vebināru sērijas: Struktūra pret funkciju 12. vebinārā. https://instruct-eric.eu/content/instructeric-webinar-series-structure-meets-function
Informācija publicēta 30.09.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris
Uzsākti eksperimenti ar mērķi iegūt un analizēt hibrīdas GRM2 tipa daļiņas ar iekļautu BMC-T trimērisku proteīnu. Rezultāti prezentēti starptautiskā konferencē ” Instruct-ERIC Centre Finland Opening and Structural Biology Finland Conference 2021″ kā plakāta prezentācija “Modular assembly of hybrid GRM2 bacterial microcompartment shells”. Uzsākti prelimināri metālisko nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Uzsākta nanodaļiņu sintēzes reakciju analīze ar transmisijas elektronu mikroskopiju.
Informācija publicēta 30.12.2021.
Projekta progress
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Tiek turpināti metālus saturošu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Tiek turpināti nanodaļiņu sintēzes reakciju analīze ar transmisijas elektronu mikroskopiju. Tiek turpināti hibrīdu BMC-T proteīnus saturošu bakteriālo mikrokompartmentu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti.
Informācija publicēta 31.03.2022.
Projekta progress
- gada 1. aprīlis – 2022. gada 30. jūnijs
Tiek turpināti metālus saturošu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Tiek turpināti hibrīdu BMC-T proteīnus saturošu bakteriālo mikrokompartmentu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Projekta rezultāti prezentēti divās starptautiskās zinātniskās konferencēs: Instruct-ERIC Biennial 2022 konferencē kā plakāta prezentācija “Plasticity of GRM2 type bacterial microcompartment shells” un FEBS3+ Tallinn konferencē kā orāla prezentācija.“Variety of GRM2 type bacterial microcompartment particles demonstrated by cryo-EM”.
Informācija publicēta 30.06.2022.
Projekta progress
- gada 1. jūlijs – 2022. gada 30. septembris
Tiek turpināti metālus saturošu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Tiek turpināti hibrīdu BMC-T proteīnus saturošu bakteriālo mikrokompartmentu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Uzsāktas mobilitātes aktivitātes Čehijā, CEITEC institūtā ar mērķi ievākt krioelektronmikroskopijas datus un apgūt krioelektronmikroskopijas paraugu saldēšanu, analīzi un datu apstrādi.
Informācija publicēta 30.09.2022.
Projekta progress
- gada 1. oktobris – 2022. gada 31. decembris
Tiek turpināti hibrīdu BMC-T proteīnus saturošu bakteriālo mikrokompartmentu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Pabeigtas mobilitātes aktivitātes Čehijā, CEITEC institūtā ar mērķi ievākt krioelektronmikroskopijas datus un apgūt krioelektronmikroskopijas paraugu saldēšanu, analīzi un datu apstrādi.
Informācija publicēta 30.12.2022.
Projekta progress
- gada 1. janvāris – 2023. gada 31. marts
Tika veikta Latvijas patenta pieteikuma sagatavošana un iesniegšana Latvijas patentu valdē. Tika turpināti hibrīdu BMC-T proteīnus saturošu bakteriālo mikrokompartmentu nanodaļiņu sintēzes eksperimenti. Tika veikta publikācijas sagatavošana iesniegšanai žurnālā.
Informācija publicēta 31.03.2023.
Projekta progress
- gada 1. aprīlis – 2023. gada 30. jūnijs
Tika veikti hibrīdu BMC-T proteīnus saturošu bakteriālo mikrokompartmentu nanodaļiņu analīzes papildus eksperimenti priekš publikācijas. Tika veikta divu publikāciju manuskriptu sagatavošana un iesniegšana žurnālā.
Informācija publicēta 30.06.2023.