Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) darbības programmas “Izaugsme un nodarbinātība” 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa “Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā” 1.1.1.2. pasākums “Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts” ietvaros.

Projekta nosaukums: Cilvēka asins un zarnu trakta mikrobiomu sastāva asociācija ar vispārējo veselības stāvokli un mirstību Latvijas populācijā

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.2/VIAA/3/19/460

Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (2020. gada 1. marts – 2023. gada 28. februāris)

Projekta kopējais finansējums: 133 806.00 EUR

Projekta īstenotājs: Dr. biol. Dāvids Fridmanis

No mikrobioloģiskā viedokļa zarnu trakts ir ļoti daudzveidīga ekosistēma, kas, domājams, ir asins mikrobioma avots. Jaunākie rezultāti uzrāda, ka izmaņas abu tipu mikrobiomā ir saistītas ar dažādām slimībām. Tomēr pētījumu par zarnu trakta un asins mikrobiomu izmaiņu asociāciju ar vispārējo veselības stāvokli ir ļoti maz, savukārt ziņojumu par to asociāciju ar mirstību nav. Visticamākais skaidrojums pētījumu trūkumam ir saistīts ar laikietilpīgumu, jo paraugu iegūšanas fāzei ir jāatvēl gadi. Latvijā šie darbi tiek veikti jau kopš 2013. gada. Ir ievākti paraugi un informācija no vairāk kā 7000 Latvijas iedzīvotāju no kuriem nevardarbīgā nāvē, uz doto brīdi, miris ir 31. Šī pētījuma ietvaros 217 fēču paraugiem un no tiem pašiem cilvēkiem nākušiem asins paraugiem tiks veikta attiecīgi visa metagenoma un 16S rRNS gēna sekvencēšana un iegūto datu salīdzinošā analīze. Pētījuma paraugkopā tiks iekļauti kontroles un mirušo paraugi, kā arī paraugi no autoimūno, zarnu trakta, vēža, sirds asinsvadu un vīrusa hepatīta pacientiem. Sekmīgas projekta īstenošanas gadījumā tiks identificēti zarnu trakta un asins mikrobioma elementi, kas kopīgi visiem šiem gadījumiem vai atsevišķām to grupām, kā arī iespējams tiks atklāti tie, kas asociējas ar samazinātu dzīvildzi.

Informācija publicēta 02.03.2020.

Projekta progress

2020. gada 1. marts – 2020. gada 31. maijs

Šajā projekta periodā tika uzsākts darbs pie projekta medicīnas ētikas komisijas pieteikuma sagatavošanas, tā ietvaros tika apzināti partnera kolekcijā esošie paraugi un pieejamā klīniskā un fenotipiskā informācija, kā arī izsvērts kurai no komisijām (RAKUS vai CMEK) pieteikums tiks iesniegts. Paralēli šīm darbībām tika veikta paraugu atlase un padziļināta literatūras izpēte par piemērotākajām asins mikrobioma izdalīšanas metodēm un nepieciešamajām izdalīšanas procesa kontrolēm.

Informācija publicēta 31.05.2020.

Projekta progress

2020. gada 1. jūnijs – 2020. gada 31. augusts

Šajā projekta periodā tika turpināts darbs pie projekta medicīnas ētikas komisijas pieteikuma sagatavošanas, tā ietvaros tika atlasīti potenciālie partnera kolekcijas paraugi, apkopota pieejamā klīniskā un fenotipiskā informācija. Tika nolem kā pieteikums tiks iesniegts CMEK. Paralēli šīm darbībām tika izstrādāta asins mikrobioma izdalīšanas metode sagādāti visi pētījuma pirmajai – fēču analīzes fāzei nepieciešamie materiāli.

Informācija publicēta 31.08.2020.

 Projekta progress

2020. gada 1. septembris – 2020. gada 30. novembris

Šajā projekta periodā tika turpināts darbs pie projekta medicīnas ētikas komisijas pieteikuma sagatavošanas, kā arī izstrādāts pētījuma protokols. Paralēli šīm darbībām tika veikta pirmo paraugu apstrāde un sekvencēšanas bibliotēku sagatave.

Informācija publicēta 30.11.2020.

Projekta progress

2020. gada 1. decembris – 2021. gada 28. februāris

Šajā projekta periodā tika turpināts darbs pie projekta medicīnas ētikas komisijas pieteikuma sagatavošanas, kā arī uzsākti pirmie asins mikrobioma izdalīšanas eksperimenti. Paralēli šīm darbībām tika turpināta fēču paraugu apstrāde un sekvencēšanas bibliotēku sagatave.

Informācija publicēta 26.02.2021.

Projekta progress

2021. gada 1. marts – 2021. gada 31. maijs

Šajā projekta periodā tika turpināti darbi pie asins mikrobioma izdalīšanas, to ietvaros veiktie eksperimenti apstiprināja asins mikrobioma klātbūtni eksperimentālajos paraugos. Paralēli šīm darbībām tika arī turpināts darbs pie fēču paraugu apstrādes un sekvencēšanas bibliotēku sagataves.

Informācija publicēta 31.05.2021.

Projekta progress

2021. gada 1. jūnijs – 2021. gada 31. augusts

Šajā projekta periodā tika pabeigts darbs pie projekta medicīnas ētikas komisijas pieteikuma sagatavošanas un tas tika iesniegts izskatīšanai Centrālajai medicīnas ētikas komisijā. No praktiskās puses tika arī turpināts darbs pie fēču paraugu apstrādes, sekvencēšanas bibliotēku sagataves un to sekvencēšanas. Uz doto brīdi ģenētiskais materiāls tika iegūts un sekvencēšanas bibliotēkas tika sagatavotas no 183 fēču paraugiem, savukārt sekvencēšana veikta 11 paraugiem. Darbi pie asins mikrobioma izdalīšanas no pacientu paraugiem un sekvencēšanas datu analīzes tiks uzsākti pēc pozitīva ētikas komisijas atzinuma iegūšanas.

Informācija publicēta 31.08.2021.

Projekta progress

2021. gada 1. septembris – 2021. gada 30. novembris

Šajā projekta periodā tika saņemts Centrālajai medicīnas ētikas komisijas atzinums, kurā tika pausts atbalsts pētījuma īstenošanai, bet atzinumā tika izteikta arī prasība pētījuma protokolu papildināt ar apliecinājumu, ka pētījums tiks veikts saskaņā ar Taipejas deklarāciju. Šim notikumam sekojošo nedēļu laikā pētījuma protokolā tika ieviesti attiecīgie labojumi un, atbilstoši prasībai, atjauninātā versija informatīvos nolūkos tika nosūtīta Centrālajai medicīnas ētikas komisijai. No praktiskās puses tika arī turpināts darbs pie fēču paraugu apstrādes, sekvencēšanas bibliotēku sagataves un to sekvencēšanas. Uz doto brīdi ģenētiskais materiāls tika iegūts un sekvencēšanas bibliotēkas tika sagatavotas no 186 fēču paraugiem, savukārt sekvencēšana veikta 31 paraugam. Pēc pozitīva ētikas komisijas atzinuma iegūšanas tika arī uzsākti darbi pie asins mikrobiālās DNS izdalīšanas no pirmajiem pacientu paraugiem un fēču sekvencēšanas datu analīzes darba plūsmas izstrādes.

Informācija publicēta 30.11.2021.

Projekta progress

2021. gada 1. decembris – 2022. gada 28. februāris

Šajā projekta periodā tika veikta sekvencēšana visām iepriekš sagatavotajām sekvencēšanas bibliotēkām. Iegūtie, visu 186 paraugu, dati atbilda izvirzītajām prasībām un tika uzsākta to analīze izmantojot izstrādāto datu analīzes darba plūsmas. Paralēli sekvencēšanai Tika turpināti darbi pie asins mikrobiālās DNS izdalīšanas, uz doto brīdi tā ir sekmīgi veikta 12 paraugiem.

Informācija publicēta 28.02.2022.

Projekta progress

2022. gada 1. marts – 2022. gada 31. maijs

Šajā projekta periodā tika turpināta visa metagenoma sekvencēšanas datu analīze un asins mikrobiālās DNS izdalīšana, kā arī veikta pirmo asisns mikrobiālās DNS sekvencēšanas bibliotēkiu sagatavošana. Uz doto brīdi izdalīšana ir veikta 186 asins paraugiem un bibliotēku sagatavošana ir sekmīgi veikta 16 paraugiem.

Informācija publicēta 31.05.2022.

Projekta progress

2022. gada 1. jūnijs – 2022. gada 31. augusts

Šobrīd tiek turpināts darbs pie jau iegūto visa metagenoma sekvencēšanas datu analīzes, kā arī pabeigta visu 186 iegūto asins mikrobiālās DNS sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana un sekvencēšana un uzsākta iegūto datu analīze.

Informācija publicēta 31.08.2022.

Projekta progress

2022. gada 1. septembris – 2022. gada 30. novembris

Šajā projekta periodā tika pabeigts darbs pie ģenētiskā materiāla izdalīšanas no bioloģiskajiem paraugiem un kopumā apstrādāto paraugu skaits sasniedz 217 fēču un 217 asiņu paraugus. Kā arī pabeigta visu atlikušo fēču un asiņu paraugu sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana un to sekvencēšana. Paralēļi praktiskajiem darbiem tika arī turpināts darbs pie visa metagenoma sekvencēšanas datu analīzes un veikta asiņu mikrobioma sekvencēšanas datu analīzes darbplūsmas izstrāde. Paralēli minētajam tika uzsākta arī asins paraugā esošās mikrobiālās DNS kvantifikācija.

Informācija publicēta 30.11.2022.

Projekta progress

2022. gada 1. decembris – 2023. gada 28. februāris

Šajā projekta periodā tika īstenotas ar mobilitāti saistītās aktivitātes. Tās ietvaros virtuāli apmeklēta Eiropas molekulārās bioloģijas laboratorijas – Eiropas Bioinformātikas institūts. Vizītes laikā tika apgūti apgūtas sekvencēšanas datu analīzes prasmes, dažādi statistiskās analīzes rīki un metodes. Vēl Šajā projekta periodā tika pabeigts darbs pie ģenētiskā materiāla izdalīšanas no bioloģiskajiem paraugiem un kopumā apstrādāto paraugu skaits sasniedz 217 fēču un 217 asiņu paraugus tomēr dažu paraugu izdalīšana nebija sekmīga un atsevišķus nebija iespējams aizstāt. Pabeigta tika arī visu atlikušo fēču un asiņu paraugu sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana un to sekvencēšana. Paralēli praktiskajiem darbiem tika arī turpināts darbs pie visa metagenoma sekvencēšanas datu analīzes un veikta asiņu mikrobioma sekvencēšanas datu analīzes darbplūsmas izstrāde. Paralēli minētajam tika veikta arī asins paraugā esošās mikrobiālās DNS kvantifikācija.

Informācija publicēta 28.02.2023.