.
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) darbības programmas “Izaugsme un nodarbinātība” 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa “Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā” 1.1.1.2. pasākums “Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts” ietvaros.
Projekta nosaukums: „sRNAflow – rīks mazo RNS sekvenēšanas datu analīzei bioloģiskajos šķidrumos”
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.2/VIAA/1/16/135
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (2017. gada 1. septembris – 2020. gada 31. augusts)
Projekta kopējais finansējums: 133 806,00 EUR
Projekta īstenotājs: Dr.biol. Pāvels Zajakins
Šī projekta mērķis ir izstrādāt sRNAflow – programmatūras rīku mazo RNS analīzei bioloģiskajos šķidrumos. Bez jau eksistējošiem programmatūras paketēm adapteru aizvākšanai, kvalitātes kontrolei, fragmentu kartēšanai un kvantitēšanai, diferenciālās ekspresijas analīzei un miRNS molekulāro mērķu prognozei šis rīks ietvers arī īpaši izstrādātus jaunus algoritmus komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo RNS identificēšanai organisma šķidrumos, genomam komplementāro un ne-komplementāro (enzimātiski modificēto) miRNS izoformu identificēšanai un citu mazo RNS tipu klasificēšanai. Šis rīks būs lietotājam draudzīgs un parādīs vienotu pārskatu par visiem darbplūsmas soļiem.
Informācija publicēta: 01.09.2017.
Paveiktais
2017.gada 1.septembris – 2017.gada 30.novembris
Šajos trīs mēnešos, izmantojot R programmēšanas valodu un publiski pieejamas programmatūras paketes izstradata “alfa” programaturas versija, kas uz doto bridī ietver: kvalitātes pārbaude ar fastqc pirms un pēc adapteru aizvākšanas, reprezentatīvas nejaušas izlases sekvenču lasījumu apakškopas kartēšanu pret “NR” datu bāzi, izmantojot blastn rīku, parauga kartēšana pret pilna cilveka genoma (Ensembl databāze), alignmentus pārpozicionēšana, ņemot vērā lokālo pārklājumu ar ShortStack algoritmu, ekspresēto RNS tipu katalogs izveidošana, izmantojot Ensembl cilvēka genoma anotācijas un miRNS diferenciālas ekspresijas analīze izmantojot DESeq2.
Projekts tika populārzinātniskā veidā prezentēts plašākai sabiedrībai “Zinātnieku nakts” aktivitātēs ietvaros.
Informācija publicēta: 30.11.2017.
Paveiktais
2017.gada 1.decembris – 2018.gada 28.februāris
Šajos trīs mēnešos ir izstrādāta jauna programmatūras versija, kurā ir izlabotas dažādas kļūdas un tā ir papildināta ar tādu funkcionalitāti, kā diferenciālās ekspresijas analīze, izmantojot DESeq2 visiem klasificētiem ekspresētiem RNS tipiem, iebūvēta klasificētiem diferenciēti ekspresētiem RNS tipiem anotācijas parklāšanās analīze, izstrādāts ekspresēto RNS tipu prioritāšu kataloga buvēšanas princips, kas ļauj atrisināt problēmu ar anotācijas pārklājumu. Sākts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu.
Piedalījos Cost akcijas ietvaros rīkotās apmācībās “3rd OpenMultiMed Training School. Multi-scale and Multi-level Modelling Methodologies in Biomedicine”.
Informācija publicēta: 28.02.2018.
Paveiktais
2018.gada 1.marta – 2018.gada 31.maijs
Šajos trīs mēnešos ir turpināts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu, uzrakstīta metagenoma generēšanas programma, saģenerēts metagenoms, kas apvieno cilvēka un 44000 baktēriju, 400 sēņu un 200 protistu sugu genomus, saplānota jauna metagenoma ģenerēšanas procedūra, kas atļaus ģenerēt kompaktāku metagenomu, izstrādāta jauna programmatūras versija, atjaunotas datubāzes un izmantotas jaunākās programmu versijas.
Komandējums uz Eiropas BioInformātikas institūtu (EBML-EBI), saņemtas konsultācijas no EMBL-EBI speciālistiem.
Piedalījos Bioinformātikas Institūta, ITMO Universitātes and Washington Universitātes(St. Louis) Krievijā, Sanktpēterburgā rīkotās apmācībās “Sistēmas Bioloģijas Skola”. Mācībās tika apskatītas šādas tēmas – Genoma mēroga asociācijas pētījums (GWAS), eksoma sekvenēšana: no pamatiem uz fenotipu (BWA, Plink, GATK, ExAC un gnomAD), RNSseq, Proteomika un Epiģenētiskā regulācija.
Informācija publicēta: 31.05.2018.
Paveiktais
2018.gada 1.junijs – 2018.gada 31.augusts
Šajos trīs mēnešos ir iebuveti ka iespejas metagenoma identeficešanas proceduras balstitas uz Kraken2 un MetaPhlAn2.
Sataisitas kastomizetas Kraken2 un MetaPhlAn2 metagenoma datubazes, kas apvieno cilveka, bakterijas un protistu sugu genomi.
Izveidota visualizacijas procedura balstita uz Krone. Turpināts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu.
Informācija publicēta 31.08.2018.
Paveiktais
2018.gada 1.septembris – 2018.gada 30.novembris
Šajos trīs mēnešos turpināts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo RNS identificēšanai bioparaugos. Komandējumā uz Eiropas BioInformatikas institutu (EBML-EBI) saņemtas konsultācijas no EMBL-EBI specialistiem. Iebuveta ka viena no iespejam metagenoma identificēšanas procedūra balstīta uz Sourmash, kas izmanto k-meru sageneretas datubazes no visiem registretiem GenBankās un RefSeq datubazēs sugiem. RNS tipu kataloga buvešanas algoritms papildināts ar jauniem tRNA un tRFs datubaziem, parstradāta pieieja tRNA datubazes generešana. Sākts darbs ar jauno pieeju RNS tipu kataloga buvešanas algoritmu.
Informācija publicēta 30.11.2018.
Paveiktais
2018.gada 1.decembris – 2019.gada 28.februaris
Šajos trīs mēnešos turpināts darbs pie meta-genoma ģenerēšanas no sugu genomiem, kas atlasītas, izmantojot BLAST reitinga sortēšanas algoritmu komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo RNS identificēšanai bioparaugos. Sākts darbs pie maz pārstāvēto organismu filtrācijas problēmas risināšanas algoritma izstrādes. RNS tipu kataloga veidošanas algoritmā ir izlabotas kļūdas, izmainīta prioritātes procedūra un atrisināta problēma ar features pārklāšanos kā arī pārstrādāta dažādo tipu RNS datubāzes ģenerēšanas pieeja tādos gadījumos.
Informācija publicēta 28.02.2019.
Paveiktais
2019.gada 1.marts – 2019.gada 31.maijs
Šajos trīs mēnešos turpināts darbs pie maz pārstāvēto organismu filtrācijas problēmas risināšanas algoritma izstrādes. RNS tipu kataloga veidošanas algoritmā ir izlabotas kļūdas un izmainīta prioritātes procedūra. Izstradats algoritms personalizeta genoma buvešanai gadijumā, ja ir pieiejami mRNS pacienta NGS dati. Sākts darbs pie vienota pārskata un lietotāja saskarnes.
Informācija publicēta 31.05.2019.
Paveiktais
2019.gada 1.junijs – 2019.gada 31.augusts
Šajos trīs mēnešos turpināts darbs pie maz pārstāvēto organismu filtrācijas problēmas risināšanas algoritma izstrādes. Apmekleta vasaras skola Genopole 2019 “Bioinformatics and Biostatistical tools in Medical Genomics” (Francija, Seine-Port, University of Evry-Val d’Essonne). Piedalījos konference «Bioinformatics: from Algorithms to Applications» (Krievija, Sankt-Pēterburga, Saint Petersburg State University). Prezenteti resultati darbā algoritma izstrāde komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo RNS identificēšanai bioparaugos postersesijā. Turpināts darbs pie vienota pārskata un lietotāja saskarnes.
Informācija publicēta 30.08.2019.
Paveiktais
2019.gada 1.septembris – 2019.gada 30.novembris
Šajos trīs mēnešos turpināts darbs pie vienota pārskata un lietotāja saskarnes. Komandējums uz Eiropas Bioinformātikas institūtu (EMBL-EBI), saņemti konsultācijas no EMBL-EBI speciālistiem. Lietotāja saskarnes izveidošanai bāzei izvelets Shiny pakets. Sākts darbs ar programmā iebūvēšanu ķeša procedūras lai paātrināt programmas darbu gadījumos kad ievadīti izmaiņas tikai atsevišķas stadijās.
Informācija publicēta 29.11.2019.
Paveiktais
2019. gada 1. decembris – 2020. gada 29. februāris
Šajos trīs mēnešos turpināts darbs pie vienota pārskata, ķeša procedūras un lietotāja saskarnes uz Shiny paketes bāzes. Izstrādāta jauna programmatūras versija, atjaunotas datubāzes un izmantotas jaunākās programmu versijas.
Informācija publicēta 28.02.2020.
Paveiktais
2020. gada 1. marts – 2020. gada 31. maijs
Šajos trīs mēnešos turpinats darbs ar programmā iebūvēšanu ķeša procedūras, lai paātrinātu programmas darbu gadījumos kad ievadīti izmaiņas tikai atsevišķas stadijās uz NextFlow paketes bāzes. Turpinats darbs ar lietotāja interfeisa izveidošanu uz Shiny paketes bāzes. Literaturas par konteinerizāciju analize. Izveidots programmas publiskajs repositarijs uz GitHub.
Informācija publicēta 29.05.2020.
Paveiktais
2020. gada 1. jūnijs – 2020. gada 31. augusts
Šajos trīs mēnešos izstrādāta jauna programmatūras versija, kurā ir izlabotas dažādas kļūdas un kas kura ir papildināti datubāzes un atjaunoti izmantotas programmas. Apmeklēta konference «Bioinformatics Community Conference 2020». Rezultāti prezentēti postersesijā. Turpināts darbs ar lietotāja interfeisa izveidošanu uz Shiny paketes bāzes. Programmatūra sekmīgi konteinerizēta un izveidots programmas publiskais repozitorijs uz DockerHub (zajakin/srnaflow). Publikācijas sagatavošana.
Informācija publicēta 31.08.2020.