Projekta nosaukums: „Dažādu COVID-19 slimības ilgtermiņa blakusefektu saistības ar molekulārajiem faktoriem noskaidrošana Latvijas populācijā”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 5. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/21/A/029
Projekta izpildes termiņš: 2022. gada 1. janvāris – 2023. gada 30. novembris
Projekta kopējais finansējums: 500 000,00 EUR
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. Jānis Kloviņš
Sadarbības partneris: Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca
Projekta kopsavilkums:
SARS-CoV-2 infekcija ir pandēmija, kas akūtajā fāzē apdraud pacientu dzīvību, kā arī nereti atstāj ilgtermiņa sekas uz COVID-19 pārslimojušo pacientu veselību, radot multiorgānu bojājumus. Tiek lēsts, ka apmēram 80 % COVID-19 pacientu novēro vismaz vienu ilgtermiņa komplikāciju, bet trūkst detalizētas izpratnes par to, kā infekcija un tai sekojošais atveseļošanās process ietekmē šos blakusefektus. Projekta mērķis ir noskaidrot faktorus, kuri ļauj paredzēt un ietekmē COVID-19 ilgtermiņa blakusefektu attīstību, apvienojot uz -omiku balstītus datus un klīnisko informāciju dažādās COVID-19 pacientu kohortās Latvijā un ietekmi uz dažādām blakus slimībām, kas rada multiorgānu bojājumus un dažādus slimības iznākumus. Mēs pētīsim dažādus uz -omiku balstītas datu kopas, koncentrējoties uz longitudinālām izmaiņām gēnu ekspresijā, metabolomā un konkrētu šūnu tipu darbībā paraugos, kas iegūti no COVID-19 pacientiem akūtā slimības fāzē un atveseļošanās periodā. Mēs izmantosim esošo plašo COVID-19 pacientu kohortu biežākajiem simptomiem pēc izslimota COVID-19 un veiksim mērķtiecīgu pacientu atlasi pēc konkrētiem komplikāciju veidiem, cenšoties ietvert retas, bet būtiskas komplikācijas. Mēs vēlamies uzlabot zināšanas par molekulārajiem mehānismiem, kuri izraisa ar COVID-19 saistītu iznākumu attīstību, un identificēt jaunus biomarķierus, ko varētu izmantot profilaksei un terapijas optimizēšanai.
Informācija ievietota 03.01.2022.
Projekta progress:
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Sadarbībā ar Latvijas Slimību profilakses un kontroles centra pārziņā esošo Iedzīvotāju genoma valsts reģistru tiek apkopoti klīniskie dati COVID-19 pacientiem, kas tika iesaistīti Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē Valsts pētījumu programmas “COVID-19 seku mazināšanai” ietvaros (2020. gada jūlijs–2021. gada marts), lai iegūtu informāciju par biežākajiem ar Covid-19 saistītajiem ilgtermiņa veselības traucējumiem un organizētu atkārtotu pacientu uzrunāšanu, kā arī datu un paraugu ievākšanu. Lai izveidotu specifisku COVID-19 ilgtermiņa komplikāciju kohortas, tiek izstrādāta paraugu un datu vākšanas stratēģija, ņemot vērā specifiskās apstrādes un uzglabāšanas prasības, kas nepieciešami plānotajām molekulārajām analīzēm (piemēram, telpiskā transkriptomika, vienas šūnas RNS sekvencēšana). Tikmēr tiek izstrādāts optimālais protokols urīna paraugu pirmapstrādei priekš metabolomikas analīzes.
Informācija publicēta 31.03.2022.
Projekta progress:
- gada 1. aprīlis – 2022. gada 30 jūnijs
Sadarbībā ar Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīcu ir uzsākta paraugu ievākšana pacientiem ar ilgtermiņa veselības traucējumiem, kas saistīti ar COVID-19 izraisītiem neiroloģiskiem, nefroloģiskiem vai pulmonāriem simptomiem. Nestandarta (bronhoalveolārās lavāžas šķidruma, cerebrospinālā šķidruma un nieru biopsijas) paraugu ievākšanai, apstrādei un uzglabāšanai tālākai analīzei, tai skaitā vienas šūnas un telpiskā transkriptoma sekvencēšanai, ir izstrādāti specifiski pielāgoti protokoli. Tiek turpināta Latvijas Slimību profilakses un kontroles centra klīnisko datu apkopošana un apstrāde, un paralēli tiek veikta kohortas papildināšana un esošo pacientu atlase no Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes. Iepriekš iegūtie un jauniegūtie omikas, metagenoma un pilna genoma sekvenēšanas dati tiek apkopoti un ir uzsākta primārā datu apstrāde.
Informācija publicēta 30.06.2022.
Projekta progress:
- gada 1. jūlijs – 2022. gada 30. septembris
Ir pilnībā apkopoti ilgā COVID-19 pacientu klīniskie, diagnostikas un molekulārie dati no Latvijas Slimību profilakses un kontroles centra. Pagaidām šie dati tiek apstrādāti, un ir uzsākta pacientu uzrunāšana atkārtotai paraugu nodošanai, kas tālāk tiktu iekļauti projekta pacientu kohortā. Papildus ir iegūti pirmie nieru biopsijas paraugi, kuriem ir uzsākta telpiskā transkriptoma analīze, izmantojot nesen izstrādāto Stereomics (Spatio-Temporal Enhanced REsolution Omics sequencing). Tiek turpināta arī pārējo pacientu paraugu ieguve un apstrāde, tai skaitā bronhoalveolārās lavāžas un cerebrospinālā šķidruma paraugi, kuri tiek specifiski gatavoti tālākai pilna genoma, vienas šūnas un metagenoma sekvencēšanai.
Informācija publicēta 30.09.2022.
Projekta progress
- gada 1. oktobris – 2022. gada 31. decembris
Šobrīd apkopotie COVID-19 slimojošo dati no nacionālā valsts reģistra, tiek sasaistīti ar Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes datiem. Šim nolūkam ir arī izveidotas specifiskas COVID-19 slimošanas anketas, kas atvieglos pacientu apsekošanu un tālāko datu analīzi. Ir arī aktīvi uzsākta neiroloģisko, nefroloģisko un plaušu slimnieku asins un nestandarta paraugu ievākšana, sagatave un apstrāde. Turklāt, šis projekts nesen kļuva par daļu no Starptautiskā kopējo slimību alianses (ICDA), kas nozīmē, ka tagad ir tieši iesaistīts ilgā COVID-19 pētniecībā ne tikai Latvijas mērogā, bet arī starptautiski.
Informācija publicēta 30.12.2022.
Projekta progress
- gada 1. janvāris – 2023. gada 31. marts
Kopumā esam iesaistījuši 602 COVID-19 pacientus (iesaistes brīdī SARS-CoV-2 pozitīvs), tostarp 191 stacionāro personu. Ir savākts plašs bioloģisko paraugu un datu kopums, un lielākajai daļai šo pacientu mēs esam pabeiguši papildus paraugu ievākšanu. Mēs esam arī izveidojuši plašu tiešsaistes aptauju 602 Covid-19 pacientiem par simptomiem, kas saistīti ar ilgstošu COVID-19. No visiem aptaujātajiem pacientiem 40 tika izdalīti kā ilgā COVID-19 slimnieki (slimības simptomi ilgāki par 12 nedēļām) un tika noteikti kā īpaši interesanti turpmākai detalizētai analīzei. Vēl viens kohortu medicīniskās informācijas avots bija Nacionālais veselības reģistrs, jo no apkopotajiem datiem mēs zinām, ka 114 kohortas dalībniekiem kādā brīdī bija U09 vai U09.9 (ICD 10 kodi stāvoklim pēc COVID-19), un reģistra dati arī nodrošina papildu informācija par viņu vispārējo veselību. Pašlaik mēs apkopojam arī viņu bioķīmiskās analīzes rezultātus un to citokīnu un kemokīnu profilus. Iepriekš minētie atlasītie 40 pacienti, kuri ir fenotipiski vislabāk raksturoti, tika uzaicināti uz novērošanas vizīti (1,5–2 gadus pēc sākotnējo paraugu ņemšanas) ar lūgumu iesniegt papildu asins paraugus (klīniskās bioķīmijas analīzei, asins transkriptomam un vienas kārtas analīzei). Šie pacienti tiek salīdzināti ar atbilstošām kontrolēm pēc vecuma, dzimuma un ĶMI, kuriem ir bijusi SARS-CoV-2 infekcija, bet kuriem nav attīstījušies ilgā COVID simptomi.
Informācija publicēta 31.03.2023.
Projekta progress:
- gada 1. aprīlis – 2023. gada 30 jūnijs
Ir pabeigta paraugu ievākšana un datu apkopošana ilgā COVID-19 pacientiem ar kardiovaskulāriem un plaušu simptomiem kuriem tiks veikta vienas šūnas sekvencēšana – longitudināli paraugi ir ievākti akūtā COVID-19 slimības fāzē, 1-3 mēnešus un 1,5-2 gadus pēc infekcijas. Ir veiksmīgi nosekvencēti pirmie vienas šūnas RNS paraugi un ir uzsākta datu analīze. Turklāt, ir arī iegūti pirmie dati telpiskā transkriptoma analīzei no nieru biopsijām ilgā COVID-19 pacientiem ar nefroloģiskām komplikācijām. Paralēli tiek arī apkopoti un analizēti mikrobioma, metagenoma un bioķīmijas dati no kopējās pacientu kohortas. Šobrīd ir aktīvi uzsākta esošo datu un literatūras apkopošana publikācijām.
Informācija publicēta 30.06.2023.
Projekta progress:
- gada 1. jūlijs – 2023. gada 30. septembris
Ir pilnībā pabeigta paraugu ievākšana un datu apkopošana ilgā COVID-19 pacientiem ar kardiovaskulāriem un plaušu simptomiem kuriem ir pabeigta vienas šūnas sekvencēšana. Ir arī pabeigta datu analīze un šobrīd iegūtie rezultāti tiek sagatavoti publicēšanai MDPI žurnālam.
Ir arī izanalizēti COVID-19 pacientu asins plazmas metaboloma dati trīs laika punktos (akūtā fāze, pēc mēneša un 3-6 mēnešiem), COVID-19 pacientu metaboloma dati salīdzināti ar populācijas kontrolēm un veiktas metabolītu korelācijas ar klīniskajām analīzēm, un šobrīd notiek darbs pie manuskripta. Turklāt ir veikta 76 COVID-19 pacientu asins transkriptoma sekvencēšana vairākos laika punktos, urīna metaboloma analīze un ar nieru bojājumiem asociētu, potenciāli nozīmīgu proteīnu mērījumi urīnā. Šo datu rezultāti arī tiek sagatavoti publicēšanai.
Informācija publicēta 02.10.2023.
Projekta progress
- gada 1. oktobris – 2023. gada 30. novembris
Sagatavots un iesniegts publicēšanai manuskripts par zarnu mikrobioma daudzveidību un taksonomisko sastāvu COVID-19 pacientos, aprakstot zarnu mikrobioma saistību ar antibiotiku lietošanu un atšķirībām dažādās slimības smaguma pakāpes apakšgrupās, un atveseļojušos pacientos un pacientos ar ilgtsošam komplikācijām. Sagatavots un iesniegts publicēšanai manuskripts par izmaiņām asins metabolītu profilos smagu COVID-19 pacientu atveseļošanās laikā, aprakstot arī atšķirības starp pacientiem ar ilgstošām komplikācijām un pacientiem, kas atveseļojušies. Pabeigta COVID-19 asins transkriptoma sekvencēšana (245 paraugi kopā) un bioinformātiskā analīze, veikta prelimināra statistiskā analīze. Pabeigta COVID-19 pacientu urīna metabolītu profila instrumentālā analīze, metabolītu kavntificēšana (63 pacientiem) un prelimināra statistiskā analīze. Notiek darbs pie gala atskaites sagatavošanas.
Informācija publicēta 30.11.2023.