Projektu līdzfinansē REACT-EU finansējums pandēmijas krīzes seku mazināšanai
Projekta nosaukums: „Mikrofluīdikas iekārtas izstrāde prostatas vēža sekretēto ekstracelulāro vezikulu kvantificēšanai un to RNS satura analīzei (PROCEX)”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 4. kārtas ietvaros. Projektu līdzfinansē REACT-EU finansējums pandēmijas krīzes seku mazināšanai
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/20/A/045
Projekta izpildes termiņš: 2021. gada 1. maijs – 2023. gada 30. novembris
Projekta kopējais finansējums: 540 540.54 EUR
Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Aija Linē
Sadarbības partneris: SIA “Cellboxlab”
Projekta kopsavilkums:
Šī projekta mērķis ir izstrādāt principiāli jaunu tehnoloģiju ne-invazīvai prostatas vēža (PC) diagnostikai un monitoringam, balstoties uz PV specifisko ekstracelulāro vezikulu (EV) kvantificēšanu un to RNS satura analīzi. Šajā tehnoloģijā būs apvienota vairāku soļu mikrofluīdikas sistēma ar optiskiem rezonatoriem un jauni reaģenti – nanovielas, kas dod iespēju izolēt PV producētās EVs subpopulācijas no cilvēka bioloģiskajiem šķidrumiem, un analizēt to RNS saturu. Galvenais šī projekta iznākums būs PROCEX ierīces prototips. Projekta noslēgumā, ierīce tiks testēta ar labi anotētas PV pacientu kohortas un kontroles grupas asins un urīna paraugiem. Mēs sagaidām, ka šajā projektā izstrādātā ierīce dos iespēju uzlabot prostatas vēža diagnostiku un ārstēšanas efektivitāti, veicot vienkāršu, ātru un lētu asins vai urīna analīzi. Pašlaik šī tehnoloģija ir TRL2 līmenī un mēs sagaidām, ka projekta beigās tā sasniegs TRL4
Informācija publicēta 05.05.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. maijs – 2021. gada 31. jūlijs
Pārskata periodā notika projekta atklāšanas seminārs, kurā tika definēti šī perioda uzdevumi un sasniedzamie rezultāti. Lai iegūtu EV standartus, kas tiks izmantoti gan nanovielu selekcijai, gan ierīces komponentu izstrādei un testēšanai, tiek veikta liela apjoma EV ražošana. Šim nolūkam prostatas vēža šūnu līnijas PC3 un LNCaP tiek audzētas dobo šķiedru bioreaktorā un katru otro dienu tiek savākts šūnu kultūras supernatants un no tā tiek izolētas EVs. Lai atlasītu šim projektam piemērotākos RNS biomarķieru kandidātus, tiek veikta iepriekš iegūto RNS sekvenēšanas datu analīze. Ir iesākts darbs pie mikrofluīdikas iekārtas parauga sajaukšanas moduļa izstrādes.
Informācija publicēta 30.07.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. augusts – 2021. gada 31. oktobris
Tika turpināta EV ražošana dobo šķiedru bioreaktorā no PC3 un LNCaP šūnu kultūrām, lai izveidotu EV standartus nanovielu selekcijai un ierīces komponentu izstrādei un testēšanai. Tika sagatavoti 5 dažādi dizaini sajaukšanas modulim un izgatavotas 3D drukas veidnes. Ir iesākts darbs pie EV un RNS biosensoru izstrādes – veikta Su-8 viļņvadu izgatavošanas procesa un ZnO pārklājuma veidošanas optimizācija. Iesākts darbs pie biosensora virsmu funkcionalizēšanas ar miRNS zondi un TIM4 proteīnu.
Informācija publicēta 29.10.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. novembris – 2022. gada 31. janvāris
Tika pabeigta EV ražošana dobo šķiedru bioreaktorā no PC3 un LNCaP šūnu kultūrām un izveidoti EV standarti nanovielu selekcijai un ierīces komponentu izstrādei un testēšanai. EV standartu kvalitātes kontrole tika veikta, izmantojot nanodaļiņu izsekošanas analīzes, transmisijas elektronu mikroskopiju un Western blota analīzes. Tika iesākts darbs pie EV RNS biomarķieru kandidātu testēšanas. Izmantojot divu dažādu veidu magnētiskās lodītes, tika testētai dažāda dizaina sajaukšanas moduļi. Tika turpināts darbs pie biosensoru virsmas funkcionalizēšanas ar TIM4 un miRNS zondēm.
Informācija publicēta 31.01.2022.
Projekta progress:
2021. gada 1. februāris – 2022. gada 30. aprīlis
Lai iegūtu nanovielas, kas specifiski saistās pie prostatas vēža šūnu producētajām EVs, ir iesākta nanovielu selekcija no raugu virsmas displeja bibliotēkām. Ir uzsākta PV-asociēto RNS biomarķieru testēšana EV paraugos, izmantojot RT-ddPCR. Tika turpināts darbs pie parauga sajaukšanas moduļa dizaina optimizēšanas. Tika veikta eksperimentu sērija, lai atrastu piemērotāko veidu biosensora virsmas funkcionalizēšanai ar TIM4 un RNS zondi. Lai gan TIM4 proteīns labi saistās biosensora virsmai ar ZnO pārklājumu, līdz šim nav izdevies panākt efektīvu TIM4 un EV saistību, tādēļ šie eksperimenti tiks turpināti, testējot dažādus reakcijas apstākļus.
Informācija publicēta 29.04.2022.
Projekta progress:
- gada 1. maijs – 2022. gada 31. jūlijs
Galvenais darba virziens šajā periodā bija biosensora virsmas funkcionalizēšana. Tika testēts cita ražotāja rekombinantais TIM4 proteīns, kas ELISA formātā uzrādīja ļoti labu spēju saistīt šķīdumā esošās EVs. Pašlaik tiek testēta tā saistība slaida virsmai ar ZnO pārklājumu un EV saistīšanas efektivitāte. Ir noskaidroti apstākļi RNS-LNA zondes saistīšanai uz slaida virsmas un tiek optimizēti hibridizācijas apstākļi.
Informācija publicēta 29.07.2022.
Projekta progress:
- gada 1. augusts – 2022. gada 31. oktobris
Šajā pārskata periodā tika turpināta nanovielu selekcija no raugu virsmas displeja bibliotēkām. Vienlaikus tika turpināts darbs pie EV un RNS biosensoru virmas funkcionalizēšanas. EV biosensora virsma tika pārklāta ar TIM4 proteīnu un testēta EV saistības efektivitāte. RNS biosensora virsma tika pārklāta ar RNS-LNA zondi, kas komplementāra interesējošās miRNS sekvencei un testēti hibridizācijas apstākļi, izmantojot sintētisku, iezīmētu miRNS.Projekta rezultāti prezentēti 17. Starptautiskajā Genomikas (ICG-17) konferencē Rīgā un 1. Baltijas ekstracelulāro vezikulu asociācijas konferencē Tartu.
Informācija publicēta 31.10.2022.
Projekta progress:
- gada 1. novembris – 2023. gada 31. janvāris
Šajā pārskata periodā tika atsākta RNS biomarķieru kandidātu testēšana plazmas un urīna ekstracelulārajās vezikulās, izmantojot ddPCR. Tika pabeigta nanovielu selekcija no raugu virsmas displeja bibliotēkām un uzsākta nanovielu producēšana. Tika turpināts darbs pie EV un RNS biosensoru virmas funkcionalizēšanas – tika izmainīts slaidu virsmas funkcionalizēšanas protokols un, izmantojot SEM, tika vizualizēta EV saistība slaida virsmai. Lai izveidotu optimālu protokolu miRNS hibridizēšanai ar atbilstošo LNA zondi, tika testēti dažādi hibridizācijas buferi un temperatūras.
Informācija publicēta 31.01.2023.
Projekta progress:
- gada 1. februāris – 2023. gada 30. aprīlis
Šajā pārskata periodā tika pabeigta RNS biomarķieru kandidātu testēšana plazmas un urīna ekstracelulārajās vezikulās un pašlaik tiek gatavota publikācija. Iegūtie rezultāti tika prezentēti Baltijas Ekstracelulāro Vezikulu Asociācijas konferencē Viļņā, 28-29. aprīlī. Tika turpināta nanovielu producēšana, kā arī mikrofluīdikas iekārtas maisīšanas moduļa optimizēšana. Tika atrisināta problēma ar EV biosensora virsmas funkcionalizēšanu un pašlaik notiek darbs pie detekcijas limitu un kvantificēšanas limitu noteikšanas.
Informācija publicēta 02.05.2023.
Projekta progress:
- gada 1. maijs – 2023. gada 31. jūlijs
Ir sagatavota publikācija par plazmas un urīna EV RNS biomarķieru diagnostisko vērtību. Ir pabeigts darbs pie nanovielu producēšanas un testēšanas – iegūtie rezultāti rāda, ka ir izdevies iegūt augstas afinitātes nanovielas pret CD9 un CD63, taču prostatas antigēnu specifiskās nanovielas nav piemērotas EV izolēšanai, tādēļ ir nepieciešams alternatīvs risinājums EV izolēšanai. Tiek turpināts darbs pie EV biosensora testēšanas.
Informācija publicēta 01.08.2022.
Projekta progress:
- gada 1. augusts – 2023. gada 31. oktobris
Izmantojot ar anti-CD9 un CD63 nanovielām konjugētas magnētiskās lodītes, no prostatas vēža pacientu urīna paraugiem tika izolētas attiecīgās EV subpopulācijas un tajās tika testēti RNS biomarķieri. Iegūtie rezultāti parādīja, ka abas EV subpopulācijas satur prostatas vēža RNS biomarķierus. Tika veikti pēdējie optimizācijas eksperimenti biosensora virsmas funkcionalizēšanā un noteikts detekcijas un kvantificēšanas limits. Mikrofluīdikas iekārta tika testēta ar EV standartiem.
Informācija publicēta 31.10.2023.
Projekta progress:
- gada 1. novembris – 2023. gada 30. novembris
Tika pabeigta mikrofluīdikas iekārtas prototipa testēšana ar EV standartiem un klīniskajiem paraugiem. Tika apkopoti rezultāti un sagatavota publikācija.
Informācija publicēta 30.11.2023.