Projekta nosaukums: „ Sekretorā IgA un zarnu mikrobioma mijiedarbība un dinamika antidiabētiskās terapijas laikā”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma “Praktiskas ievirzes pētījumi” 3. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/19/A/036
Projekta izpildes termiņš: 2020. gada 1. maijs – 2023. gada 30. aprīlis
Projekta kopējais finansējums: 648 648 EUR
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. Jānis Kloviņš
Sadarbības partneris: SIA Latvia MGI Tech
Projekta kopsavilkums:
Otrā tipa cukura diabēts (T2D) ir hroniska slimība, kas skar aptuveni 60 miljonus cilvēku Eiropas reģionā tādējādi ietekmējot gandrīz 8,8% no pieaugušo iedzīvotāju skaita. Neskatoties uz variablo terapeitisko efektivitāti, kontrindikācijām un blakusparādībām, metformīns joprojām ir visbiežāk lietotais antidiabētiskais medikaments. Ir pierādīts, ka metformīns maina zarnu mikrobiotas sastāvu un tās izmaiņas ir viens no veidiem, kā metformīns nodrošina terapeitiskos efektus, tomēr šīs mijiedarbības pamatā esošie mehānismi ir neskaidri. Iepriekš realizētā pētījumā mēs esam parādījuši, ka šajā mijiedarbībā var būt iesaistīts sekretorais imūnglobulīns A (sIgA). Tāpēc mēs izvirzām hipotēzi, ka sIgA ir nozīmīgs mediators metformīna iedarbībai uz zarnu mikrobiomu un būtiski modulē 2. tipa cukura diabēta ārstēšanu.
Projekta mērķis ir izprast sIgA modulējošo iedarbību uz zarnu mikrobiomu, īpaši T2D pacientos, un metformīna lomu šajā procesā, izmantojot klīnisko izpēti cilvēkos un atbilstošu T2D peļu modeli, lai identificētu drošus omics-based biomarķierus ārstēšanas rezultātu prognozēšanai un jaunu ārstēšanas stratēģiju identificēšanai.
Lai realizētu mērķi, mēs plānojam veikt pētījumu cilvēku kohortā, izmantojot kvalitatīvus klīniskos resursus, tai skaitā notiekošo OPTIMED pētījumu un Latvijas Valsts iedzīvotāju genoma datu bāzes (VIGDB) resursus. Papildus tam, tiks veikti pētījumi pelēs. Rezultātu iegūšanai tiks izmantotas modernākās mūsdienu tehnoloģijas, tai skaitā uz lielapjoma paralēlo sekvenēšanu balstīta metagenoma un metatranskriptoma analīze, kā arī atlasīto mikrobioma subpopulāciju metabolītu analīze. Projekta rezultātā tiks izprasta ne tikai korelatīva saistība starp sIgA, zarnu mikrobiomu un T2D ārstēšanas efektivitāti, bet arī funkcionālie mehānismi un cēloņsakarības.
Informācija publicēta 05.05.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. maijs – 2020. gada 31. jūlijs
Norit 2.tipa cukura diabēta pacientu un veselu kontroļu iesaistīšana pētījumā un nepieciešamo paraugu ievākšana zarnu mikrobioma tālākajai analīzei. Ir uzsākta pēc sIgA piesaistes atkarīgas baktēriju šūnu šķirošanas metodes optimizācija.
Informācija publicēta 31.07.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. augusts – 2020. gada 31. oktobris
Tiek turpināta 2.tipa cukura diabēta pacientu un veselu kontroļu iesaistīšana pētījumā un nepieciešamo bioloģisko paraugu ievākšana zarnu mikrobioma tālākajai analīzei. Tiek veikta pēc sIgA piesaistes atkarīgas baktēriju šūnu šķirošanas metodes optimizācija, kā arī bioloģisko paraugu sagatavošana funkcionālajai analīzei.
Informācija publicēta 30.10.2020.
Projekta progress:
2020. gada 1. novembris – 2021. gada 31. janvāris
Tiek turpināta 2.tipa cukura diabēta pacientu un veselu kontroļu iesaistīšana pētījumā un nepieciešamo bioloģisko paraugu ievākšana zarnu mikrobioma un tā frakciju tālākajai analīzei. Tiek turpināta pēc sIgA piesaistes atkarīgas baktēriju šūnu šķirošanas metodes optimizācija, kā arī bioloģisko paraugu sagatavošana un apstrāde funkcionālajai analīzei.
Informācija publicēta 29.01.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. februāris – 2021. gada 30. aprīlis
Norit vēl nepieciešamo 2.tipa cukura diabēta pacientu un veselu kontroļu iesaistīšana pētījumā un nepieciešamo bioloģisko paraugu ievākšana zarnu mikrobioma un tā frakciju tālākajai analīzei. Tiek veikta pēc sIgA piesaistes atkarīgu baktēriju šūnu šķirošanas, kā arī bioloģisko paraugu sagatavošana un apstrāde mikrobioma sastāva un tā funkcionālajai analīzei. Uzsākta peļu audu paraugu atlase histoloģiskajai analīzei.
Informācija publicēta 30.04.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. maijs – 2021. gada 31. jūlijs
Noslēgusies nepieciešamo T2D pacientu un veselo dalībnieku iesaiste. Turpinās ievākto bioloģisko paraugu sagatavošana, apstrāde mikrobioma sastāva un tā funkcionālajai analīzei. Turpinās peļu audu atlase histoloģiskajai analīzei.
Informācija publicēta 30.07.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. augusts – 2021. gada 31. oktobris
Turpinās ievākto bioloģisko paraugu sagatavošana, apstrāde mikrobioma sastāva un tā funkcionālajai analīzei gan cilvēku, gan peļu paraugkopās. Norit peļu audu histoloģiskā analīze. Uzsākts darbs pie peļu modeļa izveides un eksperimenta gaitas plānošanas.
Informācija publicēta 29.10.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. novembris – 2022. gada 31. janvāris
Turpinās ievākto bioloģisko paraugu sagatavošana, apstrāde mikrobioma sastāva un tā funkcionālajai analīzei gan cilvēku, gan peļu paraugkopās. Tiek veikta datu analīzes darba plūsmu optimizācija, norit iegūto datu apstrāde, vizualizācija un interpretācija. Norit peļu audu histoloģiskā analīze. Turpinās darbs pie peļu modeļa izveides un eksperimenta gaitas plānošanas.
Informācija publicēta 31.01.2022.
Projekta progress:
- gada 1. februāris – 2022. gada 30. aprīlis
Noslēgusies cilvēku kohortās iegūto paraugu apstrāde, metagenoma, metatranskriptoma un metaboloma analīzes. Veikta datu apstrāde, apkopošana un interpretācija. Noslēgusies peļu audu histoloģiskā analīze, norit datu apkopošana. Turpinās metagenoma un funkcionālā analīze iepriekš iegūtajos peļu paraugos, kā arī darbs pie plānotā peļu modeļa izveides un eksperimenta gaitas plānošanas.
Informācija ievietota 29.04.2022.
Projekta progress:
- gada 1. maijs – 2022. gada 31. jūlijs
Turpinās metagenoma un funkcionālā analīze iepriekš iegūtajos peļu paraugos, kā arī turpinās darbs pie plānotā peļu modeļa izveides un eksperimenta gaitas plānošanas. Iegūts gan vispārīgais zarnu mikrobioma taksonomiskais sastāvs, gan arī iepriekš atlasīta un pētīta ar sIgA saistīto baktēriju frakcija.
Informācija publicēta 29.07.2022.
Projekta progress:
- gada 1. augusts – 2022. gada 31. oktobris
Noslēgta metagenoma un transkriptoma analīze iepriekš iegūtajos peļu paraugos. Uzsākta iegūto datu korelācijas analīze saistībā ar iegūtajiem zarnu epitēlija raksturojošajiem lielumiem. Paralēli peļu modeļa izveides eksperimentiem tiek uzsākta plānošana IgA un metformīna mijiedarbības funkcionālo pētījumu in vitro baktēriju kultūrās veikšanai.
Informācija ievietota 31.10.2022.
Projekta progress:
- gada 1. novembris – 2023. gada 31. janvāris
Notiek no donora fēcēm izdalīto anairobo baktēriju audzēšanas eksperiments, lai novērtētu metformīna ietekmi uz baktēriju augšanu, sugu sastāva izmaiņām (16S rRNS sekvencēšana) un gēnu aktivitāti (transkriptoma sekvencēšana). Papildus tam notiek metodes izstrāde metformīna izraisītu sIgA afinitātes izmaiņu nomērīšanai. Notiek eksperiments monokultūrās taksoniem, kuri no iepriekš iegūtajiem rezultātiem bija visbagātīgāk pārstāvēti sIgA saistītošajā frakcijā.
Informācija publicēta 31.01.2023.
Projekta progress:
- gada 1. februāris – 2023. gada 30. aprīlis
Noslēdzies no donora fēcēm izdalīto anaerobo baktēriju audzēšanas eksperiments, lai novērtētu metformīna ietekmi uz baktēriju augšanu, sugu sastāva izmaiņām (16S rRNS sekvencēšana) un gēnu aktivitāti (transkriptoma sekvencēšana). Norit iegūto datu apkopošana un apstrāde. Veikta metodes izstrāde metformīna izraisītu sIgA afinitātes izmaiņu nomērīšanai, veikti mērījumi un norit datu analīze. Notiek eksperiments monokultūrās taksoniem, kuri no iepriekš iegūtajiem rezultātiem bija visbagātīgāk pārstāvēti ar sIgA saistītajā frakcijā. Veikta pirmo monokultūru audzēšanas datu apkopošana un analīze.
Informācija ievietota 02.05.2023.