Projekta nosaukums: „ Babezioze Latvijā: epidemioloģiskie un diagnostiskie pētījumi riska novērtēšanai”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma
“Praktiskas ievirzes pētījumi” 1. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/16/A/044
Projekta izpildes termiņš: 2017. gada 1. februāris – 2020. gada 31. janvāris
Projekta kopējais finansējums: 648 640,00 EUR
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. R. Ranka
Šī projekta īstenošana radīs jaunas zināšanas un epidemioloģisko izpratni par Babesia patogenu un to pārnēsātājērču savstarpēju ekoloģisku attiecību lomu slimības transmisijas cikla uzturēšanā un jaunu dabas perēkļu radīšanā. Projekta rezultāti izgaismos tās problēmas un izaicinājumus, ko cilvēka un dzīvnieku veselībai nodara ērču ģeogrāfiskās izplatības izmaiņas, kā arī veicinās babeziozes uzraudzību un kontroli.
Projekta ietvaros publicēšanai tiks iesniegti vairāki oriģināli zinātniskie raksti, kā arī rezultāti tiks prezentēti starptautiskās konferencēs. Papildus, projekta ietvaros tiks izstrādātas jaunas efektīvas metodes patogēnu detektēšanai, kas nepieciešami slimības epidemioloģiskās kontroles nodrošināšanai un jaunu molekulāru diagnostikas testu izveidošanai.
Informācija publicēta: 01.02.2017.
Paveiktais:
2017. gada 1. februāris – 2017. gada 30. aprīlis
Veikta ērču paraugu ievākšanas vietu plānošana. Uzsākta ērču paraugu ievākšana dažādos Latvijas reģionos. Uzsākta DNS izdalīšana un Babesia sugu prevalences noteikšana ērču paraugos no biotopiem un dzīvniekiem esošās kolekcijas ietvaros. Uzsākta ērču un dzīvnieku Babesia molekulāras identitātes un savstarpejas radniecibas noskaidrošana. Veikta DNS izdalīšana no klīniskiem paraugiem. Babesia noteikšanai izmantota 18S rRNS gena PCR amplifikācijas un sekvenēšanas metode. Veikta uz šo brīdi aktuālākās zinatniskās literatūras analīze.
Informācija publicēta: 28.04.2017.
Paveiktais:
2017. gada 1. maijs – 2017. gada 31. jūlijs
Ir turpināta ērču paraugu ievākšana ar flagging metodi dažādos Latvijas reģionos ērču aktivitātes periodā (pavasaris). Pavasara periodā dažādos Latvijas biotopos un reģionos ievākto ērču skaits bija robežās no 20 līdz 100. Ir veikta ērču sugas, attīstības stadijas un dzimuma noteikšana. Kopumā pavasara ērcū aktivitātes perioda laikā ir izdevies ievākt vairāk nekā 500 ērču paraugu. Iepriekšējā pārskata periodā iegūtie DNS paraugi tika analizēti izmantojot PCR un sekvenēšanas metodes. Ir uzsākta visa pavasara ērču aktivitātes periodā iegūto datu apkopošana un analīze, ieskaitot ērču aktivitātes raksturošanu, dažādu ērču sugu relatīvo izplatību dažādos Latvijas reģionos, Dermacentor sugas ērces prevalenci atšķirīgos biotopos. Paralēli šiem darbiem darbības ietvaros iesaistot veterinārās medicīnas speciālistus ir turpināta ērču paraugu ievakšana no mājdzīvniekiem.
Pārskata periodā ir turpināta ērču un dzīvnieku Babesia izolātu molekulāras identitātes un savstarpejas radniecibas noskaidrošana. Šim nolūkam iesaistot veterinārās medicīnas speciālistus ir turpināta klīnisko paraugu ievakšana no mājdzīvniekiem ar sekojošo DNS izdalīšanu pēc izstrādātā protokola un klīniski svarīgu ērču pārnēsāto patogēnu identificēšana izmantojot PCR amlifikācijas metodi. Ir veikta Babesia sugas identificēšana ar PCR un sekvenēšanas metodēm. Paralēli ir apkopoti uz šo brīdi pieejamie klīniskie dati, kā arī ir veikta asins uztriepju analīze. Ir veikta pārskata periodā iegūto Babesia canis pozitīvo dzīvnieku klīnisko paraugu sekvenēšanas datu filogenētiskā analīze.
Informācija publicēta: 31.07.2017.
Paveiktais:
2017. gada 1. augusts – 2017. gada 31. oktobris
Ir veikta ērču paraugu ievākšana ar flagging metodi Latvijas reģionos ērču aktivitātes periodā (rudens). Rudens periodā dažādos Latvijas biotopos un reģionos ievākto ērču skaits bija robežās no 15 līdz 60. Ir veikta ērču sugas, attīstības stadijas un dzimuma noteikšana. Ir turpināta iepriekšējos pārskata periodos iegūto ērču DNS paraugu analīze izmantojot PCR amplifikacijas metodi lai noteiktu ērču pārnēsājamo patogēnu klātbūtni. PCR-pozitivie produkti tika sekvenēti izmantojot Sanger sekvenēšanas protokolu. Iegūtās sekvences tika analizētas izmantojot BLAST programmu un GenBank datu bāzi. Paralēli šiem darbiem darbības ietvaros iesaistot veterinārās medicīnas speciālistus ir turpināta ērču paraugu ievakšana no mājdzīvniekiem. Ir veikta uz doto brīdi iegūto rezultātu apkopošana, analīze, un rezultāti ir prezentēti starptautiskajā konferencē stenda referāta veidā.
Informācija publicēta: 31.10.2017.
Paveiktais:
2017. gada 1. novembris – 2018. gada 31. janvāris
Projekta pārskata laikā ir turpināta ērču DNS paraugu analīze izmantojot 18S rRNS gena PCR amplifikacijas metodi Babesia patogēnu noteikšanai. Kopumā uz doto brīdi ir izskrīnēti vairāk nekā 700 ērču paraugi no dažādiem Latvijas reģioniem, kas bija ievāktas 2017. gadā. Paralēli ir turpināts darbs analizējot ērces no dzīvniekiem. Turpināta ievākto klīnisko paraugu DNS analīze un klīniski svarīgu ērču pārnēsāto patogēnu identificēšana. Uz doto brīdi pieejamie apkopotie rezultāti norāda, ka Babesia patogēni netiek diagnosticēti visos iesūtītos klīniskos paraugos. Turpretī ir konstatēti arī gadījumi, kad Babesia patogēni tiek noteikti klīniski veselam sunim, kas liecina par iespēju, ka dzīvnieks ir Babesia nēsātājs. Atsevišķos gadījumos ar molekulārām metodēm klīniski slimam dzīvniekam ir konstatēts cits slmības ierosinātājs (Anaplasma). Tas norāda arī uz reālo Babesia koinfekcijas iespēju dzīvniekiem. Izvērtējot visus uz doto brīdi esošos datus var secināt, ka turpmāk visi klīniskie, kā arī ērču paraugi ir jātestē uz vairākiem klīniski svarīgiem patogēniem vienlaicīgi.
Informācija publicēta: 31.01.2018.
Paveiktais:
2018. gada 1. februāris – 2018. gada 30. aprīlis
Ir turpināta ērču un klīnisko paraugu (ievākti 2017. gadā) DNS analīze izmantojot 18S rRNS gena PCR amplifikacijas metodi Babesia patogēnu noteikšanai. Rezultāti uzrādīja ievērojamu Babesia patogēnu klātbūtni ērcēs, kas ir noņemtas no suņiem. Četras dažādas Babesia sugas ir identificētas šajos paraugos, ieskaitot dzīvnieku- un cilvēku- patogēnās sugas. Līdz šim brīdim, B. canis canis bija vienīgā suga, kas tika identificēta klīniskos paraugos. Vairāku klīniski nozīmīgu Babesia sugu cirkulācija Ixodes un Dermacentor ērcēs Latvijā norāda uz lielu inficēšanas risku. Rezultāti ir prezentēti starptautiskajā konferencē.
Informācija publicēta 27.04.2018.
Paveiktais:
2018. gada 1. maijs – 2018. gada 31. jūlijs
Pārskata perioda laikā Darbības Nr. 1 ietvaros ir veikta ērču un klīnisko paraugu (ievākti 2017. gadā) DNS analīze, lai noteiktu Anaplasma un Borrelia klātbūtni ērču pārnēsātos patogēnus izmantojot 16S rRNS gena PCR amplifikacijas metodi. Ir veikta ērču paraugu, kas ir ievākti 2018. gada pavasara sezonā morfoloģiskā sugas noteikšana. Ir uzsākta arī DNS un RNS izdalīšana no ērču paraugiem, kas tika ievākti 2018. gadā. Lai gan šī gada laika apstākļi (ilgstošs karstums un sausums) negatīvi ietekmē ērču aktivitāti Latvijā, kā arī mājdzīvnieku uzvedību, tomēr no veterinārajām klīnikām tika iesūtīti vairāki klīniskie paraugi un ir veikta to analīze. Atsevišķos klīniskos paraugos ir konstatēta Babesia un Anaplasma klātbūtne. Paralēli tam, ir izvēlēti vairāki papildus gēni, ko varētu izmantot Babesia filoģenētiskai izpētei, kā arī pēc literatūras analīzes datiem aprobācijai ir izvēlēti pirmie molekulāro metožu varianti Babesia, Anaplasma un Borrelia noteikšanai dažāda veida paraugos.
Informācija publicēta 31.07.2018.
Paveiktais:
2018. gada 1. augusts – 2018. gada 31. oktobris
Pārskata perioda laikā ir turpināta ērču un klīnisko paraugu (kas ir ievākti 2018. gadā) DNS izdalīšana ar sekojošu molekulāro analīzi, lai noteiktu Babesia, Anaplasma un Borrelia klātbūtni izmantojot PCR amplifikacijas metodi. Ir turpināta arī RNS izdalīšana no ērču paraugiem, kas tika ievākti 2018. gadā. Uz doto brīdi DNS ir iegūta no vairāk kā 700 ērču paraugiem, kas ievākti 2018. gadā dažādos Latvijas reģionos. Ir uzsākta iepriekšējā pārskata periodā izvēlēto papildus Babesia gēnu analīze, lai noskaidrotu iespējamo Babesia genotipu cirkulāciju Latvijā. Analīzei tika izvēlēti sekojošie gēni: RPS8, HSP70, BC28 un MSA2.
Ir turpināts darbs pie Babeziozes perēkļu kartēšanas, kā papildus datus izmantojot 2018. gadā ievākto paraugu molekulārās analīzes rezultātus.
Informācija publicēta 31.10.2018.
Paveiktais:
2018. gada 1. novembris – 2019. gada 31. janvāris
Pārskata perioda laikā Darbibas Nr. 1 ietvaros ir veiksmīgi pabeigta ērču un klīnisko paraugu (kas ievākti 2018. gadā dažādos Latvijas reģionos) DNS izdalīšana. Šī brīža iegūtie rezultāti parāda, ka Latvijas teritorijā cirkulē Babesia canis canis, Babesia microti, Babesia sp. venatorum un Babesia capreoli. Līdz ar to var secināt, ka Latvijā ir sastopamās Babesia sugas, kas var izraisīt saslimšanu cilvēkam vai mājdzīvniekiem. Babesia canis canis ievērojami biežāk ir sastopama D. reticulatus ērcēs, un rezultāti liecina, ka Latvijas teritorijā šī ērču suga ir izplatījusies daudz plašākā teritorijā, nekā līdz šim uzskatīts. Ir veikta uz doto brīdi pieejamo datu apkopošana, un ir uzsākta zinātniskā raksta sagatavošana.
Informācija publicēta 31.01.2019.
Paveiktais:
2019. gada 1. februāris – 2019. gada 30. aprīlis
Pārskata periodā ir veikta 2017.-2018. gadu ērču sezonas visu iegūto datu analīze. Kopumā ir sasniegti galvenie plānotie projekta vidusposma rezultāti. Balstoties uz iegūtiem datiem ir sagatavots un prezentēts stenda referāts RSU Starptautiskajā konferencē, kā arī ir sagatavota zinātniskā publikācija, kas tika iesniegta starptautiski citējamā žurnālā. Ņemot vērā silta laika iestāšanos, aprīļa mēnesī ir atsākta ērču paraugu vākšana dažādos Latvijas reģionos, sevišķu uzmanību pievēršot Vidzemei un Latgalei.
Informācija publicēta 30.04.2019.
Paveiktais:
2019. gada 1. maijs – 2019. gada 31. jūlijs
Pārskata periodā ir veikta DNS izdalīšana no 2019. gada ērču paraugiem, kā arī veikta RNS izdalīšana. Ir veikta uz šo brīdi iegūto datu analīzi par ērču pārnēsāto patogēnu izplatību Latvijā. Ir veikta vairāku gēnu analīze, kas varētu kalpot jaunas detektēšanas metodes izstrādāšanai. Uz iegūto rezultātu pamata ir sagatavoti un prezentēti vairāki stenda referāti starptautiskajā konferencē. Ir veiksmīgi uzsākta patogēnu noteikšana 2019. gada ērču materiālā.
Informācija publicēta 31.07.2019.
Paveiktais:
2019. gada 1. augusts – 2019. gada 31. oktobris
Ir veikta visu Babesia-pozitīvo klīnisko paraugu un ar to saistīto datu apkopošana un manuskripta sagatavošana publicēšanai. Veikta datu analīze par babeziozes, boreliozes un riketsiožu slimību perēkļu izplatību Latvijā. Iegūti dati par optimizētas, uz reālā laika PCR balstītas metodes B. canis un Anaplasma patogēnu noteikšanai. Izmantojot Aktivitāšu 1 un 2. ietvaros ievākto ērču un klīnisko paraugu bāzi ir turpināta šo paraugu analīze ar Nākošās pāaudzes sekvenēšanas metodoloģiju. Iegūtie rezultāti ir prezentēti starptautiskās konferencēs.
Informācija publicēta 31.10.2019.
Paveiktais:
2019. gada 1. novembris – 2020. gada 31. janvāris
Tika veikta projekta laikā iegūto datu un rezultātu apkopošana. Babesia izolātu analīze norādīja uz Latvijā izplatītiem diviem slimību klasteriem.
Tika pabeigta molekulārās metodes izstrādāšana, kas ļauj vienlaicīgi noteikt Babesia un Anaplazma infekciju dzīvnieku klīniskos paraugos. Ir sagatavots jaunās, uz reālā laika PCR balstītās metodes protokols. Tika sagatavoti zinātniskie raksti un iesniegti starptautiski citējamos žurnālos.
Projekta mērķis bija radīt aptverošu epidemioloģisku izpratni par babeziozi Latvijā un izstrādāt jaunas metodes epidemioloģiskām un diagnostiskām vajadzībām. Iegūtie rezultāti parādīja, ka, visticamāk, suņu babeziozes gadījumu parādīšanos Latvija ir saistīti ar jaunās ērču sugas D. reticulatus izplatību, tomēr patogēna izplatīšanas procesā ir iesaistīti arī citi faktori. B. canis filogenētiskie pētījumu rezultāti liecina par divu lielu slimības klasteru esamību Latvijas teritorijā. Projekta laikā mums izdevās arī izzināt šobrīd aktuālo ērču pārnēsāto patogēnu situāciju valstī un tika iegūti to prevalences dati Latvijas ērcēs. Ir veiksmīgi izstrādāta uz reālā laika PCR balstītā metode vienlaicīgai B. canis un A. phagocytophilum noteikšanai suņu klīniskos paraugos, arī visi ieplānotie projekta rādītāji un nosacījumi tika izpildīti.
Informācija publicēta 31.01.2020.