Pētniecības darbu tēmas
BMC piedāvā iespēju studentiem izstrādāt savus kursa, baklaura, maģistra vai doktora darbus, izmantojot BMC zinātnisko infrastruktūru. Darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga, Vītolu fondu u.c. stipendijas.
Kā pieteikties kursa, baklaura vai maģistra darba izstrādei BMC?
- Nosūti pieteikumu BMC Studiju direktoram Kasparam Tāram e-pastu kaspars@biomed.lu.lv
- Pieteikumā iekļauj CV un motivācijas vēstuli darba izstrādei konkrētajā tēmā
- Gaidi uzaicinājumu uz individuālu interviju
| Nr. p.k. | Tēmas nosaukums | Tēmas vadītājs | Pētījuma mērķis | Darba uzdevumi | Piezīmes |
| 1. | Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze | Dr.biol. Pāvels Zajakins (Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē) | Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt. | Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus. | Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm. |
| 2. | RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem | Zinātniskais asistents Mihails Šišovs (Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks) | Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas. | Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju. | Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus. |
| 3. | Ļoti zemas frekvences elektromagnētiskā lauka ietekme uz ekstracelulāro vezīkulu sekrēciju un funkcionalitāti. | Antons Miščenko (Mikrofluidikas iekārtu un ekstracelulāro vezikulu pētniecības A.Ābola grupa) | Pētīt, kā dažādi elektromagnētiskā lauka raksturlielumi ietekmē ekstracelulāro vezīkulu (EV) ražošanu dobu šķiedru bioreaktora sistēmā un kā mainās EV funkcionalitāte. | Mezenhimālo cilmes šūnu kultivēšana, to ekspansija un tālāka kultivēšana bioreaktorā, EV izdalīšana no bioreaktora paraugiem, EV kvalitātes kontrole un funkcionālie testi, iegūto datu analīzē un interpretācijā. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas: molekulārajā bioloģijā. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 4. | Molekulārās augu-mikroorganismu mijiedarbības | Dr. Zigmunds Orlovskis (PhD) | Izpētīt augu imunitātē un patogēnu rezistencē iesaistītos molekulāros signālus mikorizas sēņu savienotos augos. | 1. Raksturot augu imunitātes marķiergēnu aktivitāti; 2. Aprakstīt starpaugu signālu ietekmi uz saņēmējauga transkriptomu un metabolomu; 3. Noteikt mikorizas sēņu savienoto augu noturību (rezistenci) pret patogēniem atkarībā no starpaugu signāliem. | Iepriekšēja pieredze darbā ar augu patogēniem, kaitēkļiem, in vitro kultūrām, molekulārās bioloģijas metodēm tiks uzskatīta par priekšrocību. Darba vadītājs nodrošinās apmācību projektā nepieciešamo metožu apguvē un izskatīs pieteikumus visu līmeņu studējošajiem no augu bioloģijas, ekoloģijas, mikrobioloģijas, bioinformātikas, ģenētikas, biotechnoloģiju vai molekulārās bioloģijas jomām. |
| 5. | Vīnogas inficējošo vīrusu identifikācija un raksturošana | Dr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Ina Baļķe) | Pilotprojekta ietvaros identificēt un raksturot vīnogas inficējošos vīrusus. Klonēt un ekspresēt vīrusa kodētos proteīnus ar mērķi noteikt to 3D struktūru. Iegūt vīrusam līdzīgās daņiņas no apvalka proteīniem un pābaudīt to potenciālo pielietojumu biotehnoloģiskai izmantošanai. | Darbā paredzēts no ievāktiem vīnogu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veitkt NGS bibliotēku sagatavošanu, iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, iegūto datu verifikāciju, pilna vīrusa genoma noteikšanu, izmantojot arī 5’ un 3’RACE metodi. Vīrusa kodēto proteīnu, it īpaši apvalka proteīna, klonēšana, ekspresija, attīrīšana, raskturošana. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 6. | Uz HBc vīrusveidīgo daļiņu balstīta platforma rekombinantas vakcīnas prototipa izstrādei pret SARS-Cov-2. | Dr.biol. Irina Sominska | Radīt jauna tipa vīrusveidīgās daļiņas – VVD, kas prezentē uz savas virsmas SARS-Cov-2 epitopus un nodrošina augstu šo epitopu imunogenitāti. | Himēro VVD veidošanai izmantot SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna domēnus. SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna bioinformātikas analīze. Epitopu klonēšana HBc/G. Himēro HBc VVD ekspresijas optimizācija. Modificētās VVD raksturošana. Imunogenitātes izvērtēšana pelēs. Vīrusu neitralizācijas testi, izmantojot pseidovīrusus. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 7. | dsDNS bakteriofāgu daudzveidība | MSc. biol. Ņikita Zrelovs | Paplašināt šobrīd zināmu baktēriju vīrusu daudzveidību | Izolēt no apkārtējas vides paraugiem baktēriju-bakteriofāgu pārus. Identificēt izolētas baktērijas. Aprakstīt jaunizdalīto bakteriofāgu stabilitāti un mijiedarbības ar saimnieku. Veikt jaunizdalīto bakteriofāgu pilnu genomu sekvenēšanu. Funkcionāli anotēt iegūtos fāgu genomus izmantojot salīdzinošas genomikas pieejas. | Tēma piemērota kursa/bakalaura/maģistra darba izstrādāšanai |
| 8. | Cilvēka un mikroorganismu ekstracelulāro vezikulu ietekme uz dažādu šūnu tipu transkriptomu un metabolomu | Agnese Brokāne
(Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē) | Šī pētījuma mērķis ir izpētīt vēža pacientu un praktiski veselu cilvēku asinīs esošo cilvēka un mikroorganismu ekstracelulāro vezikulu (EV) ietekmi uz dažādu vēža mikrovidi veidojošo šūnu transkriptomu un metabolomu. Tas dos gan dziļāku izpratni par to, kā vēža šūnas komunicē ar tā mikrovidē esošajām šūnām, gan pavērs jaunas iespējas izstrādāt konceptuāli jaunu tehnoloģiju vēža diagnostikai un prognostikai. | Primāro šūnu kultūru iegūšana, cilvēka un mikroorganismu EV izdalīšana no asins paraugiem, EV kvalitātes kontrole, šūnu apstrāde ar EVs, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšana, vienas šūnas RNS sekvenēšana, dalība datu analīzē un interpretācijā. | Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība. |
| 9. | Aveņu vīrusslimību izraisītāju identifikācija | Dr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupas vadītāja) | Noteikt vīrusu daudzveidību avenēs un kazenēs, lai identificētu aveņu drupeno ogu slimību izraisošo vīrusu kompleksu. | Darbā paredzēts no ievāktiem aveņu un kazeņu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veikt NGS bibliotēku sagatavošanu, iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, vīrusa pilna genoma verifikācija ar Sangera metodi un 5’ un 3’RACE metodi. Pilna garuma icDNS izveide un pārbaude augos | Tēma piemērota gan kursa (var pieteikties jau no 1.kursa), gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 10. | Triptofāna-kinurenīna metaboliskā ceļa asociācija ar citokīniem (TNF-alfa, IFN-gamma, IL-6) | MSc. biol. Laura Ansone (Precīzijas medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš) | Padziļināt izpratni par triptofāna-kinureīna metabolā ceļa lomu pacientiem ar ilgstošām post-akūtām COVID-19 komplikācijām. | Nomērīt citokīnus pacientu asins plazmās ar ELISA metodi, korelēt to koncentrācijas metabolītu datiem. | Tēma piemērota kursa darba izstrādei (var pieteikties jau no 1.kursa) |
| 11. | GLP-1 receptora agonista efektivitātes neklīniskais novērtējums peļu modelī | Dr. biol. Laila Silamiķele | Novērtēt ģenērisko zāļu kandidāta efektivitāti aptaukošanās un 2. tipa cukura diabēta peļu modelī, salīdzinot to ar oriģinālo Ozempic. | Asistēšana darbā ar izmēģinājuma dzīvniekiem (pelēm), no dzīvniekiem iegūto audu paraugu apstrāde un histoloģiskā analīze. Asins plazmas paraugu bioķīmiskās analīzes. Iegūto eksperimentālo datu analīze un vizualizācija. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota bakalaura darba izstrādei. |
| 12. | Hroniskas kuņģa gļotādas atrofijas un imūnsistēmas mijiedarbības izpēte peļu modelī | Dr. biol. Zane Kalniņa | Izpētīt hroniskas kuņģa atrofijas procesā iesaistītos mikrobiālos un imūnos faktorus, izmantojot ar H. pylori inficētu peļu modeli un testēt imūnmodulējošu medikamentu ietekmi uz gastrīta progresiju. | Asistēšana darbā ar izmēģinājuma dzīvniekiem (pelēm), no dzīvniekiem iegūto audu paraugu apstrāde un histoloģiskā analīze. Asins plazmas paraugu bioķīmiskās analīzes. Iegūto eksperimentālo datu analīze un vizualizācija. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |