Pētniecības darbu tēmas
BMC piedāvā iespēju studentiem izstrādāt savus kursa, baklaura, maģistra vai doktora darbus, izmantojot BMC zinātnisko infrastruktūru. Darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga, Vītolu fondu u.c. stipendijas.
Kā pieteikties kursa, baklaura vai maģistra darba izstrādei BMC?
- Nosūti pieteikumu BMC Studiju direktoram Kasparam Tāram e-pastu kaspars@biomed.lu.lv
- Pieteikumā iekļauj CV un motivācijas vēstuli darba izstrādei konkrētajā tēmā
- Gaidi uzaicinājumu uz individuālu interviju
| Nr. p.k. | Tēmas nosaukums | Tēmas vadītājs | Pētījuma mērķis | Darba uzdevumi | Piezīmes |
| 1. | Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze | Dr.biol. Pāvels Zajakins (Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē) | Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt. | Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus. | Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm. |
| 2. | RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem | Zinātniskais asistents Mihails Šišovs (Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks) | Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas. | Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju. | Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus. |
| 3. | Ļoti zemas frekvences elektromagnētiskā lauka ietekme uz ekstracelulāro vezīkulu sekrēciju un funkcionalitāti. | Antons Miščenko (Mikrofluidikas iekārtu un ekstracelulāro vezikulu pētniecības A.Ābola grupa) | Pētīt, kā dažādi elektromagnētiskā lauka raksturlielumi ietekmē ekstracelulāro vezīkulu (EV) ražošanu dobu šķiedru bioreaktora sistēmā un kā mainās EV funkcionalitāte. | Mezenhimālo cilmes šūnu kultivēšana, to ekspansija un tālāka kultivēšana bioreaktorā, EV izdalīšana no bioreaktora paraugiem, EV kvalitātes kontrole un funkcionālie testi, iegūto datu analīzē un interpretācijā. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas: molekulārajā bioloģijā. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 4. | Molekulārās augu-mikroorganismu mijiedarbības | Dr. Zigmunds Orlovskis (PhD) | Izpētīt augu imunitātē un patogēnu rezistencē iesaistītos molekulāros signālus mikorizas sēņu savienotos augos. | 1. Raksturot augu imunitātes marķiergēnu aktivitāti; 2. Aprakstīt starpaugu signālu ietekmi uz saņēmējauga transkriptomu un metabolomu; 3. Noteikt mikorizas sēņu savienoto augu noturību (rezistenci) pret patogēniem atkarībā no starpaugu signāliem. | Iepriekšēja pieredze darbā ar augu patogēniem, kaitēkļiem, in vitro kultūrām, molekulārās bioloģijas metodēm tiks uzskatīta par priekšrocību. Darba vadītājs nodrošinās apmācību projektā nepieciešamo metožu apguvē un izskatīs pieteikumus visu līmeņu studējošajiem no augu bioloģijas, ekoloģijas, mikrobioloģijas, bioinformātikas, ģenētikas, biotechnoloģiju vai molekulārās bioloģijas jomām. |
| 5. | Vīnogas inficējošo vīrusu identifikācija un raksturošana | Dr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupa, vadītāja Dr.biol. Ina Baļķe) | Pilotprojekta ietvaros identificēt un raksturot vīnogas inficējošos vīrusus. Klonēt un ekspresēt vīrusa kodētos proteīnus ar mērķi noteikt to 3D struktūru. Iegūt vīrusam līdzīgās daņiņas no apvalka proteīniem un pābaudīt to potenciālo pielietojumu biotehnoloģiskai izmantošanai. | Darbā paredzēts no ievāktiem vīnogu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veitkt NGS bibliotēku sagatavošanu, iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, iegūto datu verifikāciju, pilna vīrusa genoma noteikšanu, izmantojot arī 5’ un 3’RACE metodi. Vīrusa kodēto proteīnu, it īpaši apvalka proteīna, klonēšana, ekspresija, attīrīšana, raskturošana. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Augsta atbildības sajūta un motivācija. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 6. | Uz HBc vīrusveidīgo daļiņu balstīta platforma rekombinantas vakcīnas prototipa izstrādei pret SARS-Cov-2. | Dr.biol. Irina Sominska | Radīt jauna tipa vīrusveidīgās daļiņas – VVD, kas prezentē uz savas virsmas SARS-Cov-2 epitopus un nodrošina augstu šo epitopu imunogenitāti. | Himēro VVD veidošanai izmantot SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna domēnus. SARS-Cov-2 nukleokapsīda un spike-proteīna bioinformātikas analīze. Epitopu klonēšana HBc/G. Himēro HBc VVD ekspresijas optimizācija. Modificētās VVD raksturošana. Imunogenitātes izvērtēšana pelēs. Vīrusu neitralizācijas testi, izmantojot pseidovīrusus. | Vēlamas teorētiskas priekšzināšanas molekulārajā bioloģijā. Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 7. | dsDNS bakteriofāgu daudzveidība | MSc. biol. Ņikita Zrelovs | Paplašināt šobrīd zināmu baktēriju vīrusu daudzveidību | Izolēt no apkārtējas vides paraugiem baktēriju-bakteriofāgu pārus. Identificēt izolētas baktērijas. Aprakstīt jaunizdalīto bakteriofāgu stabilitāti un mijiedarbības ar saimnieku. Veikt jaunizdalīto bakteriofāgu pilnu genomu sekvenēšanu. Funkcionāli anotēt iegūtos fāgu genomus izmantojot salīdzinošas genomikas pieejas. | Tēma piemērota kursa/bakalaura/maģistra darba izstrādāšanai |
| 8. | Taukskābes saistošā proteīna 4 (FABP4) kā potenciālā mērķa izpēte terapeitiskai vakcīnai pret-aptaukošanos un/vai 2 tipa diabētu | PhD Ilva Liekniņa, Strukturālās bioloģijas grupa prof.K.Tārs | Izpētīt FABP4 kā potenciālo terapeitiskas vakcīnas mērķi pret aptaukošanos vai 2TD | Producēt FABP4 un tā atvasinājumus E.Coli ekspresijas sistēmā Attīrīt producētos proteīnus, raksturot tos Konstruēt vakcīnas kandidātu/s Pētīt vakcīnas kandidātu efektus peļu modelī | Vēlme darboties ar laboratorijas dzīvniekiem |
| 9. | Senās DNS iegūšanas metožu uzlabošana | Msc.biol. Alise Pokšāne (Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka) | Senās DNS pētniecība ir jauna un nestandartizēta tēma. Pētījuma mērķis ir optimizēt reakciju apstākļus, lai iegūtu pēc iespējas vairāk DNS ar lielāku autentiskas cilvēka senās DNS īpatsvaru. | Senās DNS izdalīšana dažādos reakciju apstākļos, kvalitātes novērtēšana, NGS bibliotēku izgatavošana, NGS datu apstrāde, lai izvērtētu cilvēka senās DNS īpatsvaru un autentiskumu. | Vēlamas priekšzināšanas par molekulārās bioloģijas pamatmetodēm: PCR, gela elektroforēzi, NGS. Tēma piemērota kursa vai bakalaura darba izstrādei. |
| 10. | Genotipa imputācijas metodes senās DNS pētniecībai | Msc.biol. Jānis Ķimsis (Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka) | Senā DNS bieži satur fragmentētu un nepilnīgu ģenētisko informāciju. Genotipa imputācija konstruē genotipus, izmantojot statistikas metodes un balstoties uz zināmu informāciju par eksistējošiem genotipiem. | Pētījuma mērķis ir izmantot genotipa imputāciju, lai izveidotu statistiski ticamus genotipus sekvenētiem senās DNS paraugiem, un salīdzināt, kā mainās iegūto genotipu interpretācija ar dažādām metodēm (PCA, dzimuma noteikšana, haplogrupas, radniecība). | Vēlamas priekšzināšanas statistikas metodēs un darbā ar Linux komandrindu. Tēma piemērota kursa vai bakalaura darba izstrādei. |
| 11. | Cilvēka un mikroorganismu ekstracelulāro vezikulu ietekme uz dažādu šūnu tipu transkriptomu un metabolomu | Agnese Brokāne
(Vēža biomarķieru grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē) | Šī pētījuma mērķis ir izpētīt vēža pacientu un praktiski veselu cilvēku asinīs esošo cilvēka un mikroorganismu ekstracelulāro vezikulu (EV) ietekmi uz dažādu vēža mikrovidi veidojošo šūnu transkriptomu un metabolomu. Tas dos gan dziļāku izpratni par to, kā vēža šūnas komunicē ar tā mikrovidē esošajām šūnām, gan pavērs jaunas iespējas izstrādāt konceptuāli jaunu tehnoloģiju vēža diagnostikai un prognostikai. | Primāro šūnu kultūru iegūšana, cilvēka un mikroorganismu EV izdalīšana no asins paraugiem, EV kvalitātes kontrole, šūnu apstrāde ar EVs, RNS sekvenēšanas bibliotēku konstruēšana, vienas šūnas RNS sekvenēšana, dalība datu analīzē un interpretācijā. | Vēlamas priekšzināšanas un prasmes: iemaņas darbam laboratorijā; angļu valodas zināšanas; prasme analizēt literatūras avotus; precizitāte un aizrautība. |
| 12. | Jaunas tripleksus veidojošas PNS nukleobāzes selektīvai mikroRNS atpazīšanai un funkciju kontrolei | Vita Rovīte, Molekulārās un funkcionālās genomikas izpētes grupa | Šī projekta galvenais mērķis ir izstrādāt jaunas trīskāršās spirāles veidojošas peptīdnukleīnskābes (PNA), un pārbaudīt to spēju atpazīt un inhibēt mērķa mikro-RNS nobriešanu | 1) Nukleīnskābju (RNS/DNS) izdalīšana un kvalitātes kontrole; 2) Polimerāzes ķēdes reakciju (PĶR) sagatavošana, tai skaitā reālā laika PĶR; 3) RNS bibliotēku sagatavošana nākamās pāaudzes sekvencēšanai; 4) Darbs ar genomisko datu resursiem (miRBase, RNAcentral, NCBI); 5) PĶR un nākamās pāaudzes sekvencēšanas datu statistiskā analīze un interpretācija. | Pētījumā tiek aicināti pieteikties bioloģijas bakalaura un maģistra studiju programmas studenti. Iepriekšēja pieredze molekulārās bioloģijas laboratorijā nav nepieciešama, bet tiks uzskatīta par priekšrocību. |
| 13. | Aveņu vīrusslimību izraisītāju identifikācija | Dr.biol. Ina Baļķe (Augu vīrusu proteīnu izpētes grupas vadītāja) | Noteikt vīrusu daudzveidību avenēs un kazenēs, lai identificētu aveņu drupeno ogu slimību izraisošo vīrusu kompleksu. | Darbā paredzēts no ievāktiem aveņu un kazeņu lapu paraugiem izdalīt kopējo RNS, veikt NGS bibliotēku sagatavošanu, iegūto datu analīzi, kas ietver jaunu un zināmu vīrusu identifikāciju, vīrusa pilna genoma verifikācija ar Sangera metodi un 5’ un 3’RACE metodi. Pilna garuma icDNS izveide un pārbaude augos | Tēma piemērota gan kursa (var pieteikties jau no 1.kursa), gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei. |
| 14. | Malārijas plazmodiju inficējošā vīrusa proteīnu strukturālā izpēte. | Dr. Jēkabs Fridmanis | Noteikt malārijas plazmodiju inficējošā vīrusa proteīnu struktūras un no tām analizēt to potenciālās funkcijas. | 1. Iegūt no coli ekspresījas sistēmas minētā vīrusa proteīnus; 2. Ar attiecīgām metodēm noteikt to individuālās vai kompleksu struktūras; 3. No iegūtajām struktūrām noteikt un pārbaudīt proteīnu potenciālās funkcijas. | Tēma piemērota kursa vai bakalaura darba izstrādei. |
| 15. | Triptofāna-kinurenīna metaboliskā ceļa asociācija ar citokīniem (TNF-alfa, IFN-gamma, IL-6) | MSc. biol. Laura Ansone (Precīzijas medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš) | Padziļināt izpratni par triptofāna-kinureīna metabolā ceļa lomu pacientiem ar ilgstošām post-akūtām COVID-19 komplikācijām. | Nomērīt citokīnus pacientu asins plazmās ar ELISA metodi, korelēt to koncentrācijas metabolītu datiem. | Tēma piemērota kursa darba izstrādei (var pieteikties jau no 1.kursa) |