loader image

LATVIJAS

BIOMEDICĪNAS

PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRS

BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMI UN IZGLĪTĪBA NO GĒNIEM LĪDZ CILVĒKAM

Biotisko mijiedarbību izpētes grupa (D.Fridmaņa grupa)

Tā kā mūsu grupas dalībniekiem ir ievērojamas prasmes darbā ar dažādām molekulārās bioloģijas un lielapjoma datu analīzes metodēm, kā arī ievērojama pētījumu īstenošanas pieredze, tad gadu gaitā esam attīstījuši dažādus pētnieciskās darbības virzienus. Tomēr, neskatoties uz tematisko dažādību, tos visus vieno interese par biotisko mijiedarbību izpēti gan organismu, gan sabiedrību, gan ekosistēmu līmenī. Individuāla organisma līmenī mūs interesē starp šūnu saziņai būtisko ar G proteīnu saistīto receptoru (GPCR) darbība un evolucionārā izcelsme, kā arī mikroorganismu un to saimniek organisma mijiedarbība. Sabiedrību līmenī mēs strādājam ar dzīvnieku populāciju ģenētiku un mikroorganismu populāciju raksturošanu dažādās vidēs. Savukārt ekosistēmu līmenī tiek analizēta dažādu biotisko un abiotisko faktoru ietekme uz mikoroorganismu sabiedrībām, indikator organismiem vai mērķa organismiem.

GPCR pētniecības ietvaros mēs šobrīd meklējam ligandus orfāniem receptoriem, analizējam melanokortīna receptoru molekulāros darbības mehānismus un funkcionāli raksturojam melanokortīna receptoru variantus, kurus kodē dažādas cilvēku un dzīvnieku alēles. Cilvēka mikrobioma pētījumos mēs izvērtējam matu folikulu mikroorganismu ietekmi uz ādas slimību rašanos un progresēšanu. Sadarbībā ar kolēģiem no “Latvijas Universitātes” mēs pētām arī zarnu mikrobioma attīstību zīdaiņiem. Kopā ar partneriem no “Paula Stradiņa Klīniskās universitātes slimnīcas”, “Latvijas Universitātes”, institūta “BIOR” un “Rīgas Tehniskās universitātes” mēs risinām ar antimikrobiālās rezistences izplatību saistītus jautājumus, kā arī īstenojam SARS-CoV-2 monitoringu notekūdeņos.

Kultūraugu un mikroorganismu mijiedarbības pētījumos sadarbībā ar “Latvijas Universitāti” mēs meklējam mikroorganismu metabolītus, kas spēj aizsargāt parastā oāi (Fraxinus excelsior) un parastā ozola (Quercus robur) audzes no patogēnām sēnēm. Tāpat mēs pētām augu un baktēriju šūnu kokultivēšanas ietekmi uz abiem organismiem. Sadarbībā ar “Latvijas Biozinātņu un tehnoloģiju universitāti” mēs analizējam patogēno sēņu daudzveidību un izplatību lauksaimniecības kultūraugos. Savukārt vietējo dzīvnieku populāciju ģenētikas ietvaros mēs analizējam atšķirības starp pilsētas un lauku vistu vanaga (Astur gentilis) populācijām. Kopā ar “Latvijas Biozinātņu un tehnoloģiju universitātes” kolēģiem mēs raksturojam arī vietējo apdraudēto atgremotāju šķirņu ģenētisko sastāvu, lai veicinātu ģenētisko resursu saglabāšanu un ilgtspējīgu šķirņu pilnveidi.

Mikroorganismu un vides mijiedarbības pētījumos sadarbībā ar “Latvijas Universitāti” un “Getliņi EKO” mēs raksturojam mikrobu kopienas Getliņu poligonā un meklējam mikroorganismus un enzīmu kompleksus, kas veicina plastmasas atkritumu degradāciju. Turklāt sadarbībā ar “Eiropas Molekulārās bioloģijas laboratoriju”, “Latvijas Hidroekoloģijas institūtu” un citām vadošajām Eiropas pētniecības institūcijām mēs analizējam piekrastes ūdeņu mikroorganismu kopienu izmaiņas, kas raksturo pāreju no autotrofā uz heterotrofo barošanās tipu, kā arī izvērtējam antropogēnā piesārņojuma ietekmi uz šīm kopienām.

Dāvids Fridmanis, PhD

Dāvids Fridmanis, PhD

Zinātniskās grupas vadītājs, vadošais pētnieks

Personāls

Dāvids Fridmanis, PhD, davids@biomed.lu.lv

Ineta Kalniņa, PhD, ineta.kalnina@biomed.lu.lv

Dita Gudrā, Dr. biol., dita.gudra@biomed.lu.lv

Ance Roga, MSc. biol., ance.roga@biomed.lu.lv

Edgars Liepa, MSc. comp., edgars.liepa@biomed.lu.lv

Maija Ustinova, MSc. biol., maija.ustinova@biomed.lu.lv

Elīna Bērziņa, elina.berzina@biomed.lu.lv

Ņikita Fomins, MSc. biol., nikita.fomins@biomed.lu.lv

Kate Kaire, kate.kaire@biomed.lu.lv

Jomas sadarbības partneru meklēšanai

  • Pētījumi par makroskopisko un mikroskopisko organismu mijiedarbību ar vidi;
  • Ar G-proteīnu saistītie receptori – no farmakoloģiskās raksturošanas un jaunu ligandu meklēšanas līdz funkcionāliem pētījumiem un evolūcijai;
  • Savvaļas un mājdzīvnieku genomika un populāciju ģenētika.

10 reprezentatīvas publikācijas

  1. Liepa, E., M. Ustinova, D. Gudra, A. Roga, I. Kalnina, B. Dejus, S. Dejus, M. Strods, L. E. Tomsone, J. Kibilds, V. Bartkevics, A. Berzins, U. Dumpis, T. Juhna and D. Fridmanis (2026). “Urban Wastewater Metagenomics Reveals the Antibiotic Resistance Gene Distribution Across Latvian Municipalities.” Microorganisms 14(1). ISSN: 2076-2607, DOI: 3390/microorganisms14010145;
  2. Pereira, S., M. Rubina, A. Roga, T. Selga, E. Skinderskis, D. Gudra, I. Kalnina, K. Vonda, D. Fridmanis and O. Muter (2025). “Evaluation of functional capacity and plastic-degrading potential of Bacillus spp. and other bacteria derived from the Getlini landfill (Latvia).” Environ Res 279(Pt 2): 121849. ISSN: 1096-0953, DOI: 10.1016/j.envres.2025.121849
  3. Gudra, D., A. Valdovska, D. Jonkus, D. Kairisa, D. Galina, M. Ustinova, K. Viksne, D. Fridmanis and I. Kalnina (2024). “Genetic characterization of the Latvian local goat breed and genetic traits associated with somatic cell count.” Animal 18(5): 101154. ISSN: 1751-732X, DOI: 1016/j.animal.2024.101154;
  4. Kaneps, J., B. Bankina, I. Morocko-Bicevska, K. Apsite, A. Roga and D. Fridmanis (2024). “Sensitivity Analysis of Pyrenophora tritici-repentis to Quinone-Outside Inhibitor and 14alpha-Demethylase Inhibitor Fungicides in Latvia.” Pathogens 13(12). ISSN: 2076-0817, DOI: 3390/pathogens13121060
  5. Muter, O., D. Gudra, G. Daumova, Z. Idrisheva, M. Rakhymberdina, G. Tabors, B. Dirnena, L. Dobkevica, O. Petrova, B. Apshikur, M. Lunge, D. Fridmanis, I. Denissov, Y. Bekishev, R. Kasparinskis, Z. Mukulysova and S. Polezhayev (2024). “Impact of Anthropogenic Activities on Microbial Community Structure in Riverbed Sediments of East Kazakhstan.” Microorganisms 12(2). ISSN: 2076-2607, DOI: 3390/microorganisms12020246
  6. Rinne, M. K., L. Urvas, I. Mandrika, D. Fridmanis, D. M. Riddy, C. J. Langmead, J. P. Kukkonen and H. Xhaard (2024). “Characterization of a putative orexin receptor in Ciona intestinalis sheds light on the evolution of the orexin/hypocretin system in chordates.” Sci Rep 14(1): 7690. ISSN: 2045-2322, DOI: 1038/s41598-024-56508-1
  7. Gudra, D., I. Silamikelis, J. Pjalkovskis, I. Danenberga, D. Pupola, G. Skenders, M. Ustinova, K. Megnis, M. Leja, R. Vangravs and D. Fridmanis (2023). “Abundance and prevalence of ESBL coding genes in patients undergoing first line eradication therapy for Helicobacter pylori.” PLoS One 18(8): e0289879. ISSN: 1932-6203, DOI: 1371/journal.pone.0289879
  8. Necajeva, J., A. Boroduske, V. Nikolajeva, M. Senkovs, I. Kalnina, A. Roga, E. Skinderskis and D. Fridmanis (2023). “Epiphytic and Endophytic Fungi Colonizing Seeds of Two Poaceae Weed Species and Fusarium spp. Seed Degradation Potential In Vitro.” Microorganisms 11(1). ISSN: 2076-2607, DOI: 3390/microorganisms11010184
  9. Gudra, D., S. Dejus, V. Bartkevics, A. Roga, I. Kalnina, M. Strods, A. Rayan, K. Kokina, A. Zajakina, U. Dumpis, L. E. Ikkere, I. Arhipova, G. Berzins, A. Erglis, J. Binde, E. Ansonska, A. Berzins, T. Juhna and D. Fridmanis (2022). “Detection of SARS-CoV-2 RNA in wastewater and importance of population size assessment in smaller cities: An exploratory case study from two municipalities in Latvia.” Sci Total Environ 823: 153775. ISSN: 0048-9697, DOI: 1016/j.scitotenv.2022.153775
  10. Linars, A., I. Silamikelis, D. Gudra, A. Roga and D. Fridmanis (2022). “OverFlap PCR: A reliable approach for generating plasmid DNA libraries containing random sequences without a template bias.” PLoS One 17(8): e0262968. ISSN: 1932-6203, DOI: 10.1371/journal.pone.0262968