Struktrurālās bioloģijas grupa (K.Tāra grupa)
Mūsu grupas galvenais izpētes virziens ir veltīts bakteriofāgiem un to vīrusveidīgajām daļiņām (VVD). Mūsu laboratorijā tiek pētīti vairāku ssRNS un dsDNS fāgu genomi, proteīnu struktūras un dažādas molekulārās mijiedarbības to dzīves cikla laikā. Mūsu pētījumi ir devuši dziļāku ieskatu fāgu strukturālajā un molekulārajā bioloģijā, kā arī attiecīgo VVD praktiskajos pielietojumos, starp kuriem visnozīmīgākais ir vakcīnu izstrāde – tajā skaitā pret dažādām infekciju slimībām, ieskaitot gripu, Laimas slimību un Denges drudzi, neinfekciozajām saslimšanām – dažām vēža formām un Alcheimera slimību, kā arī dažādām veterinārajām saslimšanām.
Tā kā mūsu laboratorija ir vienīgā Latvijā ar iespēju noteikt proteīnu struktūras ar kristalogrāfijas un krio-elektronmikroskopijas palīdzību, mēs darbojamies arī vairākos citos projektos, kuri ir vērsti galvenokārt uz inhibitoru racionālu izstrādi pret dažādiem farmakoloģiski nozīmīgiem enzīmiem. Šie projekti tiek realizēti sadarbībā ar Organiskās sintēzes institūtu, kura darbinieki veic inhibitoru ķīmisko sintēzi. Mūsu nozīmīgākie mērķproteīni ir ogļskābes anhidrāzes, kā arī trimetilamīna metabolismā iesaistītie bakteriālie enzīmi un to mikrokompartmenti.
Kaspars Tārs, PhD
Zinātniskās grupas vadītājs, vadošais pētnieks
Personāls
Kaspars Tārs, PhD, kaspars@biomed.lu.lv
Andris Kazāks, PhD, andris@biomed.lu.lv
Tatjana Kazāka, PhD, tatyanav@biomed.lu.lv
Jānis Rūmnieks, PhD, j.rumnieks@biomeb.lu.lv
Jānis Leitāns, PhD, janisl@biomed.lu.lv
Gints Kalniņš, PhD, gints.kalnins@biomed.lu.lv
Ilva Liekniņa, PhD, ilva@biomed.lu.lv
Ņikita Zrelovs, PhD., nikita.zrelovs@biomed.lu.lv
Ināra Akopjana, BSc. biol., inara@biomed.lu.lv
Mihails Šisovs, MSc. biol., mihails.shishovs@biomed.lu.lv
Eva Emilija Česle, MSc. biol., eva.cesle@biomed.lu.lv
Emīls Bolmanis, MSc, emils.bolmanis@biomed.lu.lv
Liene Lāce, MSc, liene.lace@biomed.lu.lv
Amanda Priedeslaipa, BSc, amanda.priedeslaipa@biomed.lu.lv
Karīna Švānberga, MSc, karina.svanberga@biomed.lu.lv
Jomas sadarbības partneru meklēšanai
- DNS un RNS bakteriofāgu funkcionālie un strukturālie pētījumi
- Vīrusveidīgo daļiņu pielietojumi vakcīnu izstrādē
- Bakteriālo mikrokompartmentu strukturālie pētījumi
- Farmakoloģiski nozīmīgu proteīnu strukturālie pētījumi jaunu zāļvielu dizainam
10 reprezentatīvas publikācijas
1. Pilipenko V, Lieknina I, Skrastina D, Aktas S, Revina BL, Upite J, Jansone B, Tars K. Active immunization with bacteriophage AP205 VLPs results in reduced amyloid load and microgliosis in 5xFAD female mice. Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 2025 Oct 23. doi: 10.1007/s00210-025-04739-y.
2. Zrelovs N, Svanberga K, Jansons J, Lamsters K, Karuss J, Krievans M, Fridmanis D, Dislers A, Kazaks A. Isolation and genomic characterization of Psychrobacillus isolate L3 and bacteriophage Spoks: a new phage-host pair from Antarctic soil. BMC Genomics. 2025 Apr 18;26(1):386. doi:10.1186/s12864-025-11425-z.
3. Cernooka E, Zrelovs N, Kazaks A. C-terminal anchor endolysins-proposing a third class of tailed bacteriophage endolysins. FEBS Lett. 2025 Jun;599(11):1499-1508. doi: 10.1002/1873-3468.70042.
4. Kalniņa Z, Liekniņa I, Skeltona V, Akopjana I, Kazāks A, Tārs K. Preclinical Evaluation of virus-like particle Vaccine Against Carbonic Anhydrase IX Efficacy in a Mouse Breast Cancer Model System. Mol Biotechnol 2024 Jan 13. doi: 10.1007/s12033-023-01021-5.
5. Svanberga K, Avsejenko J, Jansons J, Fridmanis D, Kazaka T, Berzins A, Dislers A, Kazaks A, Zrelovs N. Isolation and Characterization of a Novel Aeromonas salmonicida-Infecting Studiervirinae Bacteriophage, JELG-KS1. Microorganisms. 2024 Mar 8;12(3):542. doi: 10.3390/microorganisms12030542.
6. Kazaka T, Zrelovs N, Akopjana I, Bogans J, Jansons J, Dislers A, Kazaks A. Recombinant design of the enzymatically active domain of phage Enc34 endolysin to improve its activity against Gram-negative bacteria. FEMS Microbiol Lett. 2024 Jan 9;371:fnae103. doi: 10.1093/femsle/fnae103.
7. Liekniņa I, Reimer L, Panteļejevs T, Lends A, Jaudzems K, El-Turabi A, Gram H, Hammi A, Jensen PH, Tārs K. Structural basis of epitope recognition by anti-alpha-synuclein antibodies MJFR14-6-4-2. NPJ Parkinsons Dis. 2024 Oct 27;10(1):206. doi: 10.1038/s41531-024-00822-y.
8. Rūmnieks J, Füzik T, Tārs K. Structure of the Borrelia Bacteriophage φBB1 Procapsid. J Mol Biol. 2023 Dec 15;435(24):168323. doi: 10.1016/j.jmb.2023.168323. Epub 2023 Oct 20. PMID: 37866476.
9. Kalnins G., Cesle E.E., Jansons J., Liepins J., Filimonenko A., Tars K. Encapsulation mechanisms and structural studies of GRM2 bacterial microcompartment particles. Nature Communications 2020 Jan 20;11(1):388. doi:10.1038/s41467-019-14205-y.
10. Rūmnieks J, Liekniņa I, Kalniņš G, Šišovs M, Akopjana I, Bogans J, Tārs K. Three-dimensional structure of 22 uncultured ssRNA bacteriophages: Flexibility of the coat protein fold and variations in particle shapes. Sci Adv. 2020 Sep 2;6(36):eabc0023. doi: 10.1126/sciadv.abc0023