Struktrurālās bioloģijas grupa (K.Tāra grupa)
Mūsu grupas galvenais izpētes virziens ir veltīts bakteriofāgiem un to vīrusveidīgajām daļiņām (VVD). Mūsu laboratorijā tiek pētīti vairāku ssRNS un dsDNS fāgu genomi, proteīnu struktūras un dažādas molekulārās mijiedarbības to dzīves cikla laikā. Mūsu pētījumi ir devuši dziļāku ieskatu fāgu strukturālajā un molekulārajā bioloģijā, kā arī attiecīgo VVD praktiskajos pielietojumos, starp kuriem visnozīmīgākais ir vakcīnu izstrāde – tajā skaitā pret gripu, Laimas slimību un dažādām veterinārajām saslimšanām.
Tā kā mūsu laboratorija ir vienīgā Latvijā ar iespēju noteikt proteīnu struktūras ar kristalogrāfijas un krio-elektronmikroskopijas palīdzību, mēs darbojamies arī vairākos citos projektos, kuri ir vērsti galvenokārt uz inhibitoru racionālu izstrādi pret dažādiem farmakoloģiski nozīmīgiem enzīmiem. Šie projekti tiek realizēti sadarbībā ar Organiskās sintēzes institūtu, kura darbinieki veic inhibitoru ķīmisko sintēzi. Mūsu nozīmīgākie mērķproteīni ir ogļskābes anhidrāzes, kā arī trimetilamīna metabolismā iesaistītie bakteriālie enzīmi un to mikrokompartmenti.
Kaspars Tārs, PhD
Zinātniskās grupas vadītājs, vadošais pētnieks
Personāls
Kaspars Tārs, PhD, kaspars@biomed.lu.lv
Andris Kazāks, PhD, andris@biomed.lu.lv
Tatjana Kazāka, PhD, tatyanav@biomed.lu.lv
Jānis Rūmnieks, PhD, j.rumnieks@biomeb.lu.lv
Jānis Leitāns, PhD, janisl@biomed.lu.lv
Gints Kalniņš, PhD, gints.kalnins@biomed.lu.lv
Ilva Liekniņa, PhD, ilva@biomed.lu.lv
Ņikita Zrelovs, MSc. biol., nikita.zrelovs@biomed.lu.lv
Ināra Akopjana, BSc. biol., inara@biomed.lu.lv
Mihails Šisovs, MSc. biol., mihails.shishovs@biomed.lu.lv
Eva Emilija Česle, MSc. biol., eva.cesle@biomed.lu.lv
Emīls Bolmanis, MSc, emils.bolmanis@biomed.lu.lv
Ieva Baltā, ieva.balta@biomed.lu.lv
Krista Bukele, krista.bukele@biomed.lu.lv
Anna Kozlova, anna.koslova@biomed.lu.lv
Liene Lāce, liene.lace@biomed.lu.lv
Amanda Priedeslaipa, amanda.priedeslaipa@biomed.lu.lv
Karīna Švānberga, karina.svanberga@biomed.lu.lv
Jomas sadarbības partneru meklēšanai
- Vīrusveidīgo daļiņu pielietojumi vakcīnu izstrādē
- Vīrusu un vīrusveidīgo daļiņu strukturālie pētījumi
- Bakteriālo mikrokompartmentu strukturālie pētījumi
- Farmakoloģiski nozīmīgu proteīnu strukturālie pētījumi jaunu zāļvielu dizainam
10 reprezentatīvas publikācijas
- Kalnins G., Cesle E.E., Jansons J., Liepins J., Filimonenko A., Tars K. Encapsulation mechanisms and structural studies of GRM2 bacterial microcompartment particles. Nature Communications (2020,in press)
- Liekniņa I, Kalniņš G, Akopjana I, Bogans J, Šišovs M, Jansons J, Rūmnieks J, Tārs K. Production and characterization of novel ssRNA bacteriophage virus-like particles from metagenomic sequencing data. J Nanobiotechnology. 2019 May13;17(1):61.
- Marcinkiewicz AL, Lieknina I, Kotelovica S, Yang X, Kraiczy P, Pal U, Lin YP, Tars K. Eliminating Factor H-Binding Activity of Borrelia burgdorferi CspZ Combined with Virus-Like Particle Conjugation Enhances Its Efficacy as a Lyme Disease Vaccine. Front Immunol. 2018 Feb 8;9:181.
- Bachmann MF, Zeltins A, Kalnins G, Balke I, Fischer N, Rostaher A, Tars K, Favrot C. Vaccination against IL-31 for the treatment of atopic dermatitis in dogs. J Allergy Clin Immunol. 2018 Jul;142(1):279-281.e1.
- Rūmnieks J, Tārs K. Protein-RNA Interactions in the Single-Stranded RNA Bacteriophages. Subcell Biochem. 2018;88:281-303.
- Rumnieks J, Tars K. Crystal Structure of the Maturation Protein from Bacteriophage Qβ. J Mol Biol. 2017 Mar 10;429(5):688-696.
- Shishovs M, Rumnieks J, Diebolder C, Jaudzems K, Andreas LB, Stanek J, Kazaks A, Kotelovica S, Akopjana I, Pintacuda G, Koning RI, Tars K. Structure of AP205 Coat Protein Reveals Circular Permutation in ssRNA Bacteriophages. J Mol Biol. 2016 Oct 23;428(21):4267-4279.
- Koning RI, Gomez-Blanco J, Akopjana I, Vargas J, Kazaks A, Tars K, Carazo JM, Koster AJ. Asymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2 reveals genome structure in situ. Nat Commun. 2016 Aug 26;7:12524.
- Leitans J, Kazaks A, Balode A, Ivanova J, Zalubovskis R, Supuran CT, Tars K. Efficient Expression and Crystallization System of Cancer-Associated Carbonic Anhydrase Isoform IX. J Med Chem. (2015) 58(22):9004-9.
- Kalnins G, Kuka J, Grinberga S, Makrecka-Kuka M, Liepinsh E, Dambrova M, Tars K. Structure and Function of CutC Choline Lyase from Human Microbiota Bacterium Klebsiella pneumoniae. J Biol Chem. (2015) 290(35):21732-40.