Genoma centrs
Genoma centrs piedāvā ar ģenētisko izpēti saistītus pakalpojumus un konsultācijas gan vietēja, gan starptautiska mēroga klientiem dažādās ar molekulāro bioloģiju, biotehnoloģiju un veselības aprūpi saistītas nozarēs, nodrošinot uz sadarbību vērstu vidi, kam ir būtiska loma konkurētspējīgu, starpdisciplināru pētījumu realizēšanā dabaszinātnēs kopumā. Vēsturiski Genoma centrs tika nodibināts 2005. gadā ar mērķi sniegt atbalstu un veicināt cilvēka genoma izpēti Latvijā, tomēr gadu gaitā Genoma centra augsti kvalificētais personāls un tā pārvaldībā esošās modernās tehnoloģijas ir veicinājuši virkni veiksmīgu gan vietēja mēroga, gan starptautisku sadarbību (t.sk. Latvijas bērnu ļaundabīgo audzēju iniciatīva, 1+ Miljons Genomu iniciatīva). Sekmīgu Genoma centra darbību šobrīd nodrošina Latvijas Nacionālā Biobanka un Molekulārās ģenētikas laboratorija, kas turpina paplašināt savu kompetenču un piedāvāto pakalpojumu klāstu.
Monta Brīvība, PhD
Servisa centra vadītāja, pētniece
Personāls
Monta Brīvība, PhD, monta.briviba@biomed.lu.lv
Angelika Voronova, PhD, angelika.voronova@biomed.lu.lv
Rolands Ciematnieks, rolands.ciematnieks@biomed.lu.lv
Normunds Kante , normunds.kante@biomed.lu.lv
Viktorija Krasovska, viktorija.krasovska@biomed.lu.lv
Una Krūmiņa, una.krumina@biomed.lu.lv
Nadežda Kuļigina, nadezda.kuligina@biomed.lu.lv
Kaspars Megnis, kaspars.megnis@biomed.lu.lv
Kristīne Vīksne , kristine.viksne@biomed.lu.lv
Līga Birzniece, liga.birzniece@biomed.lu.lv
Agnese Gržeļahovska, agnese.grzelahovska@biomed.lu.lv
Latvijas Nacionālā biobanka – Valsts iedzīvotāju genoma datubāze
Latvijas Nacionālā biobanka – Valsts iedzīvotāju genoma datubāze (VIGDB) ievāc, uztur un apstrādā Latvijas iedzīvotāju zinātniskiem mērķiem ziedotos bioloģiskos paraugus, kā arī ar tiem saistīto medicīnisko, dzīvesveida un socioekonomisko informāciju. Tā tika dibināta 2006. gadā un uz doto brīdi VIGDB ir glabājas bioloģiskie paraugi un ar tiem saistītā fenotipiskā un klīniskā informācija no aptuveni 1.5% Latvijas populācijas. Pēc savas uzbūves VIGDB ir jaukta tipa biobanka, kas ietver gan vispārējās populācijas paraugus, gan specifisku slimību paraugu kolekcijas. Specifisku slimību paraugu kolekcijās ir atrodami paraugi no pacientiem, kas sirgst ar sirds asinsvadu, endokrīnajām, onkoloģiskajām, gremošanas trakta un citām dažādām slimībām. Standarta biobankā pieejamo bioloģisko paraugu komplekts ietver DNS, plazmu, serumu un leikocītus, tomēr atsevišķu kolekciju gadījumā ir pieejami arī vēža biopsiju, urīna un fēču paraugi, kā arī vīrusa iztriepes, kas ievāktas COVID-19 pētniecības ietvaros. 2016. gadā Latvija kļuva par Eiropas infrastruktūras konsorcija BBMRI-ERIC (Biobanku un BioMolekulāro Resursu Infrastruktūra) dalībvalsti un BMC Genoma centrs par šīs organizācijas kontaktpunktu, kas sniedz konsultācijas un atbalstu visām Latvijas biobankām.
Vairāk informācijas: www.genomadatubaze.lv, vadītāja Vita Rovīte, vita.rovite@biomed.lu.lv, vigdb@biomed.lu.lv
Molekulārās ģenētikas analīzes
Genoma centra Molekulārās ģenētikas laboratorija nodrošina plaša spektra molekulāro analīžu veikšanu BMC pētniecisko grupu, vietēja un starptautiska mēroga partneru, kā arī biotehnoloģiju un diagnostikas uzņēmumu vajadzībām. Laboratorija nodrošina gan manuālu specifisku paraugu apstrādes protokolu izpildi, gan arī lielapjoma paraugu apstrādi, izmantojot modernas, automatizētas platformas (MGISP100, MGISP960, Tecan® Freedom EVO 100). Laboratorijas telpu aprīkojums ļauj veikt kvalitatīvu zemas biomasas, nestabilu un pat potenciāli infekciozu paraugu apstrādi (BSL-2). Genoma centra molekulārās ģenētikas laboratorija ir viens no vadošajiem nākamās paaudzes sekvencēšanas servisa sniedzējiem Latvijā, nodrošinot gan pilna genoma sekvencēšanas datu, gan arī mērķētu gēnu sekvenču iegūšanu, izmantojot DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7 un MiSeq System nākamās paaudzes sekvencēšanas platformas. Sadarbībā ar zinātniekiem laboratorijas speciālisti regulāri pilnveido prasmes un apgūst jaunas nākamās paaudzes sekvencēšanas aplikācijas (t. sk. vienas šūnas RNS sekvencēšana, metatranskriptoma sekvencēšana, telpiskā transkriptomika). Papildus tam laboratorija nodrošina citu, pieprasītu molekulārās bioloģijas analīžu klāstu, tajā skaitā Sangera sekvencēšana, reālā laikā PĶR, digitālā PĶR.
Pakalpojumi
Bioloģiskais materiāls un saistītie dati
- Augstas kvalitātes bioloģisko paraugu ievākšana;
- Manuāla un automatizēta DNS un RNS izolēšana no dažāda veida bioloģiskā materiāla (t. sk. asinis, fēces, biopsijas), kvalitātes kontrole;
- Manuāla un automatizēta paraugu priekšapstrāde (t.sk. asins plazmas, seruma centrifugēšana, alikvotēšana);
- Paraugu kolekciju uzglabāšana un uzturēšana zemas un ultrazemas temperatūras apstākļos;
- VIGDB uzglabāto paraugu un ar to saistīto datu izsniegšana pētnieciskiem mērķiem;
- Ar VIGDB uzglabātajiem paraugiem saistīto datu ieguve no valsts veselības datubāzēm un reģistriem.
Molekulārās analīzes
- Manuāla un automatizēta DNS/kDNS bibliotēku sagatavošana, kvalitātes kontrole, nākamās paaudzes sekvencēšana, izmantojot MGI Tech un Illumina sekvencēšanas platformas:
- Pilna genoma sekvencēšana (dažāda izmēra genomiem)
- Transkriptoma/metatranskriptoma sekvencēšana
- Metagenoma sekvencēšana (shot-gun un 16S rRNS gēnu variablo rajonu sekvencēšana)
- Mērķēta, uz amplifikāciju balstīta konkrētu gēnu, genomu sekvencēšana
- Citu nākamās paaudzes sekvencēšanas aplikāciju ieviešana un izstrāde;
- Genotipēšana, izmantojot TaqMan reālā laika PĶR tehnoloģiju;
- Sangera sekvencēšana (jebkura genoma, jebkura reģiona, fragmenta garuma analīze);
- Digitālā PĶR biomarķieru, gēnu ekspresijas līmeņu absolūtai kvantificēšanai.
Konsultācijas
- Biobanku veidošanā un vadībā saskaņā ar labās starptautiskās prakses principiem;
- Augstas kvalitātes bioloģisko paraugu ievākšanas organizēšanā, primārajā apstrādē;
- Ģenētisko pētījumu dizaina izstrādē;
- Pētījuma ētisko aspektu izvērtēšanā;
- Uz nākamās paaudzes sekvencēšanu balstītu pētījumu metodoloģiskā dizaina izstrādē.