Molekulārās mikrobioloģijas grupa

(R. Rankas grupa)

Mūsu grupas galvenais pētījumu virziens ir medicīniski svarīgu mikroorganismu bioloģisko funkciju, patoģenēzes procesu un molekulāro mehānismu izpēte, kā arī patogēnu-saimniekorganisma mijiedarbības procesu izzināšana. Mūsu pētījumu mērķis ir izzināt faktorus, kas ietekmē svarīgu patogēnu izplatību Latvijā un Eiropā, un jaunu terapeitisku, preventīvu un diagnostikas stratēģiju atklāšana infekcijas slimību apkarošanai. Mūsu pētījumos tiek izmantotas mūsdienīgas molekulārās bioloģijas un ģenētikas metodes, tādas kā Nākošās pāaudzes sekvenēšanas un Visa genoma sekvenēšanas tehnoloģijas, kas var palīdzēt atklāt specifisku patogēnu genotipu transmisijas ceļus un dot ieskatu mikroorganismu identitātē, virulencē un patogenitātē.

Mūsu grupas pētījumi fokusējas uz tuberkulozes izraisītāju Mycobacterium tuberculosis un ērču pārnēsātām infekcijām, kas rada izteiktus draudus cilvēka un dzīvnieku veselībai. Nesen, mūsu grupa tika iesaistīta senās DNS un paleopatoloģijas pētījumos sadrbībā ar Latvijas Universitātes zinātniekiem. Arheoloģisko paraugu mikrobioma analīze un seno patogēnu, tai skatā M. tuberculosis pētījumi var palīdzēt atklāt savstarpēji saistītos patogēnu un cilvēka evolūcijas procesus.

Paralēli tam, mūsu grupas dalībnieki ir iesaistīti tuberkulozes farmakoģenētikas un personalizētās medicīnas pētījumos, un mūs interesē tādu procesu izpēte, kas ietekmē cilvēka novecošanos un veicina latentu infekciju reaktivāciju cilvēka novecošanas laikā un predispozīciju infekcijas slimībām.

Personāls:

Renāte Ranka, Dr. biol., renate_r@biomed.lu.lv

Egija Zole, Dr. biol., egija.zole@biomed.lu.lv 

Darja Sadovska, MPh., darja.aleinikova@biomed.lu.lv

Jānis Ķimsis, MSc. biol., janis.kimsis@biomed.lu.lv

Alisa Kazarina, MPh., alisa.kazaina@biomed.lu.lv

Lauma Freimane,  MSc.biol., lauma.veidemane@biomed.lu.lv

Viktorija Igumnova, MPh., viktorija.igumnova@biomed.lu.lv

Valentīna Čapligina, Msc. biol, chaplygina@biomed.lu.lv

Agnija Kivrāne, MPh., agnija.kivrane@biomed.lu.lv

Agne Namiņa, Msc. biol., agne.namina@biomed.lu.lv 

Jomas sadarbības partneru meklēšanai:

Cilvēka un dzīvnieku infekcijas slimības, it īpaši tuberkuloze un ērču pārnēsātās infekcijas; infekcijas aģentu pilna genoma sekvenēšana; seno patogēnu izpēte; senā un mūsdienu mikrobioma analize; personalizētā medicīna, farmakoģenētika un ar novecošanos saistītu faktoru izpēte.

10 reprezentatīvākās publikācijas zinātniskajai grupai:

1. Kazarina A, Gerhards G, Petersone-Gordina E, Kimsis J, Pole I, Zole E, Leonova V, Ranka R. Analysis of the bacterial communities in ancient human bones and burial soil samples: tracing the impact of environmental bacteria. Journal of Archaeological Science. 2019; Vol. 109, 104989. DOI:10.1016/j.jas.2019.104989

2. Namina A, Capligina V, Seleznova M, Krumins R, Aleinikova D, Kivrane A, Akopjana S, Lazovska M, Berzina I, Ranka R. Tick-borne pathogens in ticks collected from dogs, Latvia, 2011–2016. BMC Vet Res. 2019;15(1):398. DOI:10.1186/s12917-019-2149-5

3. Pole I, Trofimova J, Norvaisa I, Supply P, Skenders G, Nodieva A, Ozere I, Riekstina V, Igumnova V, Storozenko J, Jansone I, Viksna L, Ranka R. Analysis of Mycobacterium tuberculosis genetic lineages circulating in Riga and Riga region, Latvia, isolated between 2008 and 2012. Infect Genet Evol. 2019;78:104126. DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2019.104126

4. Igumnova V, Veidemane L, Vīksna A, Capligina V, Zole E, Ranka R. (2018). The prevalence of mitochondrial mutations associated with aminoglycoside-induced deafness in ethnic Latvian population: the appraisal of the evidence. Journal of Human Genetics. 2019;64(3):199-206. DOI:10.1038/s10038-018-0544-6

5. Skiba Y, Mokrousov I, Nabirova D, Vyazovaya A, Maltseva E, Malakhova N, Ismagulova G, Pole I, Ranka R, Sapiyeva Z, Ismailov S, Moffett D. Mycobacterium tuberculosis RD-Rio Strain in Kazakhstan. Emerg Infect Dis. 2019;25(3):604-606. DOI: 10.3201/eid2503.181179.

6. Zole E, Ranka R. Mitochondrial DNA copy number and telomere length in peripheral blood mononuclear cells in comparison with whole blood in three different age groups. Archives of Gerontology and Geriatrics. 83 (2019) 131–137. DOI: 10.1016/j.archger.2019.04.007

7. Zole E, Ranka R. Mitochondria, its DNA and telomeres in ageing and human population. Biogerontology. 2018 Jul;19(3-4):189-208. DOI: 10.1007/s10522-018-9748-6.

8. Ziemele B, Ranka R, Ozere I. Pediatric and adolescent tuberculosis in Latvia in 2011-2014: case detection, diagnosis and treatment. Int J Tuberc Lung Dis. 2017;21(6):637-645. DOI: 10.5588/ijtld.16.0270.

9. Kalvisa A, Tsirogiannis C, Silamikelis I, Skenders G, Broka L, Zirnitis A, Jansone I, Ranka R. MIRU-VNTR genotype diversity and indications of homoplasy in M. avium strains isolated from humans and slaughter pigs in Latvia. Infect Genet Evol. 2016;43:15-21. DOI: 10.1016/j.meegid.2016.05.013

10. Igumnova V, Capligina V, Krams A, Cirule A, Elferts D, Pole I, Jansone I, Bandere D, Ranka R. Genotype and allele frequencies of isoniazid-metabolizing enzymes NAT2 and GSTM1 in Latvian tuberculosis patients. J Infect Chemother. 2016;22(7):472-7. DOI: 10.1016/j.jiac.2016.04.003.