Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa
(I. Iņaškinas grupa)
Mūsu grupas zinatniskās intereses fokusējas uz cilvēka ģenētiskajām patoloģijām un slimību attīstības mehānismu izpēti molekulārajā līmenī. Pēdējo gadu laikā mūsu veiktie pētījumi ir bijuši saistīti ar mitohondriālajām, neiromuskulārajām un citām retām iedzimtām slimībām. Mēs plānojam pievērsties arī jaunai izpētes jomai – neirodeģeneratīviem traucējumiem, kuru cēlonis ir fokālās kortikālās displāzijās. Nākamās paaudzes sekvencēšanas metodoloģiskā pieeja (WES, WGS, RNAseq), ar sekojošo funkcionālo analīzi, ir mūsu kopējā stratēģija visām šīm slimībām.
Mūsu sasniegumi zinātnē pēdējo gadu laikā bija saistīti ar smagu pārmantotu slimību etioloģijas atklāšanu, tajā skaitā ar izraisošā gēna/ mutāciju identificēšanu jaunas iedzimtas neiromuskulārās slimības gadījumā, kā arī ar atbilstošo šūnu modeļu un transgēnu dzīvnieku modeļu bioloģisko raksturojumu.
Sadarbībā ar klīniskajiem speciālistiem esam izveidojuši datubāzi no pacientiem ar simptomiem, kas liecina par mitohondriju patoloģiju (vairāk nekā 150 DNS paraugu un saistīto klīnisko aprakstu), kā arī paraugu kolekciju no pacientiem, kas cieš no retām iedzimtām slimībām.
Mūsu rezultātiem ir bijusi nozīme ne tikai fundamentālu zināšanu iegūšanā teorētiskā līmenī, bet tie tika izmantoti arī rutīnas diagnostikas testu ieviešanā Latvijas slimnīcu un klīniku laboratorijās. Mūsu mērķis ir izstrādāt individualizētās medicīnaspieeju pacientiem, kas slimo ar neiromuskulārām vai mitohondriālām slimībām. Lai sasniegtu šo mērķi, mēs šobrīd ieguldam daudz spēka nākamās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģiju pielietošanā, pilnveidojot augsta līmeņa NGS datu analīzi un iegūto rezultātu klīnisko interpretāciju.
Personāls:
IInna Iņaškina, Dr. biol., inna@biomed.lu.lv
Baiba Lāce, Dr. med., baiba.lace@biomed.lu.lv
Sander Pajusalu, Dr.med., Sander.Pajusalu@kliinikum.ee
Jānis Stāvusis, MSc. biol., janis.stavusis@biomed.lu.lv
Dita Kidere, MSc. biol., dita@biomed.lu.lv
Ieva Mičule, ārsts-ģenētiķis, ieva.micule@biomed.lu.lv
Diāna Livčāne, diana.livcane@biomed.lu.lv
Elfa Kleina, elfa.kleina@biomed.lu.lv
Anna Ždanoviča, anna.zdanovica@biomed.lu.lv
Signe Kursīte, signe.kursite@bkus.lv
Madara Mašinska, madara.masinska@biomed.lu.lv
Māreta Audere-Balode, mareta.audere@gmail.com
Jomas sadarbības partneru meklēšanai:
Mitohondriālas saslimšanas, mitohondriju – kodola mijiedarbība, transmitohondriālo citoplazmatisko hibrīdu šūnu modelis, neiromuskulārās saslimšanas, cilvēka medicīniskā ģenētika, retas iedzimtas slimības, pilna genoma sekvencēšana, muskuļu biomehānikas pētījumi, fokālas kortikālas displāzijas
10 reprezentatīvākās publikācijas zinātniskajai grupai:
1. Stavusis J, Micule I, Wright NT, Straub V, Topf A, Panadés-de Oliveira L, Domínguez-González C, Inashkina I, Kidere D, Chrestian N, Lace B. Collagen VI-related limb-girdle syndrome caused by frequent mutation in COL6A3 gene with conflicting reports of pathogenicity. Neuromuscul Disord. 2020 Jun;30(6):483-491. PMID: 32448721
2. Salmina K, Bojko A, Inashkina I, Staniak K, Dudkowska M, Podlesniy P, Rumnieks F, Vainshelbaum NM, Pjanova D, Sikora E, Erenpreisa J. “Mitotic Slippage” and Extranuclear DNA in Cancer Chemoresistance: A Focus on Telomeres. Int J Mol Sci. 2020 Apr 16;21(8):2779. PMID: 32316332.
3. Stavusis J, Lace B, Schäfer J, Geist J, Inashkina I, Kidere D, Pajusalu S, Wright NT, Saak A, Weinhold M, Haubenberger D, Jackson S, Kontrogianni-Konstantopoulos A, Bönnemann CG. Novel mutations in MYBPC1 are associated with myogenic tremor and mild myopathy. Ann Neurol. 2019 86 (1), pp. 129-142. PMID: 31025394.
4. Murakami Y, Nguyen TTM, Baratang N, Raju PK, Knaus A, Ellard S, Jones G, Lace B, Rousseau J, Ajeawung NF, Kamei A, Minase G, Akasaka M, Araya N, Koshimizu E, van den Ende J, Erger F, Altmüller J, Krumina Z, Strautmanis J, Inashkina I, Stavusis J, El-Gharbawy A, Sebastian J, Puri RD, Kulshrestha S, Verma IC, Maier EM, Haack TB, Israni A, Baptista J, Gunning A, Rosenfeld JA, Liu P, Joosten M, Rocha ME, Hashem MO, Aldhalaan HM, Alkuraya FS, Miyatake S, Matsumoto N, Krawitz PM, Rossignol E, Kinoshita T, Campeau PM. Mutations in PIGB Cause an Inherited GPI Biosynthesis Defect with an Axonal Neuropathy and Metabolic Abnormality in Severe Cases. Am J Hum Genet. 2019 105(2), pp. 384-394. PMID: 31256876.
5. Celmiņa M, Mičule I, Audere M, Kušķe S, Pereca J, Inaskina I, Stavusis J, Pelnena D, Strautmanis. EAST/SeSAME syndrome – review of the literature and introduction of four new Latvian patients. Clin Genet. 2018 May 3. PubMed ID: 29722015.
6. Baryshev M, Inashkina I, Salmina K, Huna, Jackson TR, Erenpreisa J. DNA methylation of the Oct4A enhancers in embryonal carcinoma cells after etoposide treatment is associated with alternative splicing and altered pluripotency in reversibly senescent cells. Cell Cycle. 2018; 17(3):362-366. PMID: 29372665.
7. Cipriani V, Silva RS, Arno G, Pontikos N, Kalhoro A, Valeina S, Inashkina I, Audere M, Rutka K, Puech B, Michaelides M, van Heyningen V, Lace B, Webster AR, Moore AT. Duplication events downstream of IRX1 cause North Carolina macular dystrophy at the MCDR3 locus. Sci Rep. 2017 Aug 8;7(1):7512. PMID: 28790370.
8. Inashkina I, Jankevics E, Stavusis J, Vasiljeva I, Viksne K, Micule I, Strautmanis J, Naudina MS, Cimbalistiene L, Kucinskas V, Krumina A, Utkus A, Burnyte B, Matuleviciene A, Lace B. Robust genotyping tool for autosomal recessive type of limb-girdle muscular dystrophies. BMC Musculoskelet Disord. 2016 May 4;17:200. PMID: 27142102.
9. Huna A, Salmina K, Erenpreisa J, Vazquez-Martin A, Krigerts J, Inashkina I, Gerashchenko BI, Townsend PA, Cragg MS, Jackson TR. Role of stress-activated OCT4A in the cell fate decisions of embryonal carcinoma cells treated with etoposide. Cell Cycle. 2015;14(18):2969-84. PMID: 26102294.
10. Radovica I., Inashkina I., Smeltere L., Vitols E., Jankevics E. Screening of 10 SNPs of LINGO1 gene in patients with essential tremor in the Latvian population. Parkinsonism Relat Disord. 2012 Jan;18(1):93-5. Epub 2011 Jul 7. PMID: 21741293.