Pētījumi

Biotehnoloģija un struktūrbioloģija

A. Dišlera grupa

Pētniecība

Grupa galvenokārt ir iesaistīta projektos, kuros tiek izstrādāti rekombinanto vakcīnu kandidāti, kas veidoti uz vīrusveidīgo daļiņu (VVD) bāzes. Šo projektu ietvaros tiek sistemātiski veidotas plaša spectra rekombinanto proteīnu un to modificēto variantu, epitopus saturošu himēro vai modificēto proteīnu, ekspresijas sistēmas (galvenokārt E.coli) un atstrādātas šo proteīnu attīrīšanas shēmas. Ekspresijas sistēmas un attīrīšanas procedūras tiek salīdzinātas pēc to biotehnoloģiskā potenciāla - mērķproteīna sintēzes līmeņa un iznākuma, kā arī gala produkta pēc funkcionalitātes pēc tā iegūšanas augstā tīrības pakāpē. Grupa nodarbojas arī ar vīrusu un bakteriālo patogēnu imunoloģiski nozīmīgu virsmas proteīnu iegūšanu funkcionālā formā (resp., kā šķīstoši proteīni), kas nodrošina to ķīmisku piešūšanu pie dažādas izcelsmes VVD karkasa.

Ģenētiski modificētas, himēras VVD struktūras, kas satur eksponētus HBV, HCV, Rubellas un citu vīrusu imunoloģiskos epitopus, tiek sistēmiski pētītas un raksturotas biotehnoloģiski un imunoloģiski. VVD balstītu vakcīnu izstrādē būtiski ir, lai VVD struktūras saturētu raksturotu nukleīnskābes materiālu, līdz ar to, pastiprināti tiek pētītas HBc VVD spēja inkorporēt substances, tās rekonstruējot no subvienībām – dimēriem. Šim nolūkam tiek ir atstrādāta extra-tīrības HBc VVD attīrīšana disociācias-reasociācijas ceļā, izmantojot šajos pētījumos pie dažādiem HBV genotipiem piederošu un strukturāli atšķirīgu HBc proteīna variantus. Imunomodulatoras substances, tādas kā oligonukleotīdi, vienpavediena un divpavedienu RNS, tiek inkorporētas VVD sastāvā dimēru reasociācijas laikā vai pēc reasociācijas. Dažādu promoteru E.coli ekspresijas sistēmas, tādas kā Ptrp, pET, pQE un pCOLD, tiek pielietotas, lai, atkarībā no mērķproteīna un uzdevuma, saniegtu vēlamo rezultātu – augstu VVD un citu protēinu ekspresijas līmeni un gala produkta iznākumu, izmantojot modernas proteīnu attīrīšanas iekārtas un principus.

Zinātniskais personāls

Sadarbības partneri

• Prof.Ulricke Protzer, Institute of Virology,T technical Univerisity Munchen, Germany – HBc produktu izpēte HBV-transgēnajās pelēs.
• Prof. Reinhold Schirmbeck, Department of Internal Medicine I, University Hospital of Ulm, Ulm, Germany – HBc/RNA kompleksu imunogenitātes izpēte.
• Dr. Dmitry Blinder, Virogen Corporation, Watertown, USA – HBc pielietojums diagnostikā.
• Prof. Kesturis Sasnauskas, Biotehnoloģijas institūts, Viļņa, Lietuva – VVD konstruēšana, raugu vektori.
• Prof. Michael Kann, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France – HBc pielietojums nukleārā transporta pētījumos.
• Prof. Jurijs Dehtjers, Rīgas Tehniskās universitātes Biomedicīniskās inženierijas un nanotehnoloģijas institūts – VVD daļiņu raksturošana. 

Publikācijas

• Starptautiskas

• The chaperone dynein LL1 mediates cytoplasmic transport of empty and mature hepatitis B virus capsids Osseman Q, Gallucci L, Au S, Cazenave C, Berdance E, Blondot ML, Cassany A,Bégu D, Ragues J, Aknin C,, I Sominska, A Dišlers, Rabe B, Anderson F, Panté N, Kann M , J Hepatol., Nov 4. [Epub ahead of print] , 2017
• Structural characterization of cevimeline and its trans-impurity by single crystal XRD Stepanovs, D., Tetere, Z., Raviņa, I., Kumpiņš, V., Zicane, D., Bizdena, E.,, J Bogans, Novosjolova, I., Grigaloviča, A., Meri, R.M., Fotins, J., Čerkasovs, M., Mishnev, A., Turks, M. , Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 118, pp. 404-409 , 2016
• Protein-prime/modified vaccinia virus Ankara vector-boost vaccination overcomes tolerance in high-antigenemic HBV-transgenic mice Backes S, Jäger C, Dembek CJ, Kosinska AD, Bauer T, Stephan AS, A Dišlers, Mutwiri G, Busch DH, Babiuk LA, Gasteiger G, Protzer U. , Vaccine. 2016 Feb 10;34(7):923-32 , 2016
• The True Story and Advantages of RNA Phage Capsids as Nanotools P Pumpēns, R Renhofa, A Dišlers, T Kozlovska, V Ose-Klinklāva, Pushko, P., K Tārs, E Grēns, Bachmann, M.F. , Intervirology, pp. 74-110 , 2016
• Crystal structures of the Erp protein family members ErpP and ErpC from Borrelia burgdorferi reveal the reason for different affinities for complement regulator factor H K Brangulis, I Petrovskis, A Kazāks, I Akopjana, K Tārs , Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics, 1854 (5), pp. 349-355 , 2015
• Structural and functional analysis of BB0689 from Borrelia burgdorferi, a member of the bacterial CAP superfamily K Brangulis, Jaudzems, K., I Petrovskis, I Akopjana, A Kazāks, K Tārs , Journal of Structural Biology, 192 (3), pp. 320-330. , 2015
• Comparative Immunogenicity in Rabbits of the Polypeptides Encoded by the 5′ Terminus of Hepatitis C Virus RNA I Sominska, J Jansons, A Dovbenko, Petrakova, N., I Liekniņa, M Mihailova, Latyshev, O., Eliseeva, O., I Stahovska, I Akopjana, I Petrovskis, Isaguliants, M. , Journal of Immunology Research, art. no. 762426 , 2015
• Preparation by alkaline treatment and detailed characterisation of empty hepatitis B virus core particles for vaccine and gene therapy applications A Strods, V Ose-Klinklāva, J Bogans, I Cielēns, G Kalniņš, I Radoviča-Spalviņa, A Kazāks, P Pumpēns, R Renhofa , Scientific Reports, 5, art. no. 11639 , 2015
• The Hepatitis B Virus Core Variants that Expose Foreign C-Terminal Insertions on the Outer Surface of Virus-Like Particles A Dišlers, D Skrastiņa, R Renhofa, I Petrovskis, V Ose-Klinklāva, I Liekniņa, J Jansons, P Pumpēns, I Sominska , Molecular Biotechnology, 57 (11-12), pp. 1038-1049 , 2015
• Expression and purification of active, stabilized trimethyllysine hydroxylase. A Kazāks, Makrecka-Kuka M, Kuka J, T Kazāka, I Akopjana, Grinberga S, Pugovics O, K Tārs , Protein Expr Purif. 104C:1-6 , 2014
• Structural characterization of CspZ, a complement regulator factor H and FHL-1 binding protein from Borrelia burgdorferi. K Brangulis, I Petrovskis, A Kazāks, J Bogans, Otikovs M, Jaudzems K, R Ranka, K Tārs , FEBS J., 281(11):2613-22 , 2014
• Rapid proton-detected NMR assignment for proteins with fast magic angle spinning. Barbet-Massin E, Pell AJ, Retel JS, Andreas LB, Jaudzems K, Franks WT, Nieuwkoop AJ, Hiller M, Higman V, Guerry P, Bertarello A, Knight MJ, Felletti M, Le Marchand T, S Koteloviča, I Akopjana, K Tārs, Stoppini M, Bellotti V, Bolognesi M, Ricagno S, Chou JChou JJ, Griffin RG, Oschkinat H, Lesage A, Emsley L, Herrmann T, Pintacuda G , J Am Chem Soc., 136(35):12489-97 , 2014
• Mosaic RNA phage VLPs carrying domain III of the West Nile virus E protein. I Cielēns, L Jackeviča, A Strods, A Kazāks, V Ose-Klinklāva, J Bogans, P Pumpēns, R Renhofa , FEBS J. 281(11):2613-22 , 2014
• Silica Nanoparticles as the Adjuvant for the Immunisation of Mice Using Hepatitis B Core Virus-Like Particles. D Skrastiņa, I Petrovskis, I Liekniņa, J Bogans, R Renhofa , PLoS ONE 9(12): e114006 , 2014
• Characterisation of antigenic properties of recombinant B. burgdorferi outer surface proteins from Pfam54 family G.Muzje, I Petrovskis, K Vilks, V Čapligina, D.Bandere, R Ranka , 2nd Congress of Baltic microbiologists, Tartu, Igaunija , 2014

• Vietēja mēroga

• Analysis of the seroreactivity to recombinant B. burgdorferi antigens BBA65 and BBA73. R Ranka, Muzje G, K Brangulis, I Petrovskis, K Vilks, V Čapligina , RSU Collection of Scientific Papers 2014, Research articles in medicine & pharmacy, 40-46 p , 2014

• Patenti

• Paņēmiens tukšu un ar nukleīnskābēm pildītu hepatīta B vīrusa core-proteīna kapsīdu iegūšanai I Liekniņa, I Petrovskis, I Sominska, J Bogans, I Akopjana, P Pumpēns, A Dišlers , LR patenta pieteikuma nr. P-14-81 , 2015
• COUPLING OF BORRELIAL PROTEIN BB0689 TO VIRUS-LIKE PARTICLES FOR GENERATION OF LYME DISEASE VACCINE K Tārs, I Petrovskis, A Dišlers, D Skrastiņa, A Zeltiņš, K Brangulis, S Koteloviča , Europena Patent Office, Application number EP15182845.6 , 2015
• Modificēti HBV core nanokonteineri kā universāla platforma bioloģiska materiāla eksponēšanai R Renhofa, I Cielēns, A Strods, G Kalniņš, D Priede, V Ose-Klinklāva, P Pumpēns , LR patents LV 15034 , 2014
• Paņēmiens izvēlēta materiāla piešūšanai HBV core proteīna veidotajām nanodaļiņām R Renhofa, A Kazāks, A Dišlers, L Jackeviča, V Ose-Klinklāva, P Pumpēns , LR patents LV 15033 , 2014
• Rekomninantie proteīni ar difterijas toksīna katalītisko sekvenci eikariotu šūnu bojāejai A Strods, I Cielēns, I Akopjana, R Renhofa , LR patenta pieteikuma nr. P-14-61 , 2014
• Anti-HCV individuālas terapeitiskas vakcīnas prototips I Sominska, J Jansons, P Pumpēns, I Petrovskis, D Skrastiņa, G. Sudmale , LR patents LV 14987 , 2013
• Ekspresijas sistēma HBc-preS1 vīrusveidīgo daļiņu iegūšanai A Dišlers, I Petrovskis, I Liekniņa, I Bērza, J Bogans, I Akopjana, I Sominska, P Pumpēns , LR patents LV 14945 , 2013
• SiO2 nanopilvera izmantošana par adjuvantu antivielu pret peptīdiem iegūšanā R Renhofa, I Akopjana, I Cielēns, A Strods, L Jackeviča , LR patents LV 14863 , 2012
• Mozaikālas vīrusiem līdzīgas daļiņas un to iegūšanas paņēmiens no rekombinantām E.coli šūnām R Renhofa, I Cielēns , LR patents Nr. 14241 , 2009
• Magnētisko nanodaļiņu iepakošana HBV core proteīna veidotajās kapsīdās. R Renhofa, A Dišlers, Ozols J, V Ose-Klinklāva, P Pumpēns , LR patents LV 14304 B , 2009

• Konferenču tēzes

• Crystal structure of the B. Burgdorferi outer surface protein of the paralogous gene family PFam5 R Ranka, K Brangulis, K Tārs, I Petrovskis, V Baumanis , Gordon Research Conferences frontiers of science, Venturi, ASV , 2014
• Bcore as a most succesful VLP carrier A Dišlers , Virus-like particles (VLPs)as vaccines, vectors and adjuvants, Annecy, Francija , 2014
• Successful creation of chimeric virus-like particles maintaining fibronectin-binding property from B.burgdorferi BBK32 protein R Ranka, I Petrovskis, I Sominska, K Brangulis, P Pumpēns, V Baumanis , XII International Jena Symposium on Tick-borne Diseases. Weimar, Vācija , 2013
• Study of B. burgdorferi outer membrane proteins by protein-protein interaction approach R Ranka, K Vilks, K Brangulis, I Petrovskis, V Čapligina, V Baumanis , 38th FEBS Congress, St.Petersburg, Krievija. , 2013
• Crystal structure of an outer surface protein BBA64 from Borrelai burgdorferi in comparison to BbCRASP-1. K Brangulis, K Tārs, I Petrovskis, R Ranka, V Baumanis , The FEBS Journal, v.279, S.1, p.467 , 2012
• Presentation of individual Hepatitis C Hipervariable region. G Varblane, I Sominska, I Petrovskis, V Ose-Klinklāva, Sondore V, Arša F, P Pumpēns , IX Annual Conference of the New Visby Network on Hepatitis C. Saint Petersburg, Russia. , 2012
• Packaging of Nonmethylated CG motifs into Virus-Like Particles Bearing Hepatitis C Virus (HCV) Nonstructural Protein 3 Sequences for Induction of Vigorous HCV Specific Cytotoxic T Cell Response M Mihailova, A Dovbenko, J Bogans, I Petrovskis, V Ose-Klinklāva, I Sominska, P Pumpēns , 4th Annual Proteins Congress & Vaccines Congress, London, UK , 2011
• B.burgdorferi virsmas proteīna BbA69 klonēšana, ekspresija, attīrīšana un kristalizācija. K Brangulis, R Ranka, I Petrovskis, K Tārs, Medne R., Bandere D., V Baumanis , RSU Zinātniskā Konference, Rīgā, , 2011
• Prevalence of tick born pathogens in ticks collected from birds in Latvia. K Brangulis, R Ranka, I Petrovskis, K Tārs, V Čapligina, V Baumanis , IX International Jena symposium on tick-borne diseases Abstracts, Jena , 2011
• Hepatitis C virus vaccine candidates from chimeric hepatitis B core virus-like particles carrying different fragments of HCV non-structural protein 3 M Mihailova, A Dovbenko, J Bogans, A. Walker, V Ose-Klinklāva, I Sominska, S. Viazov, P Pumpēns , 24th International Conference on Antiviral Research,Sofia, Bulgaria , 2011
• Adresētās vīrusiem līdzīgās daļiņas specifiskai mijiedarbībai ar eikariotu šūnām R Renhofa, I Cielēns, I Akopjana, G Kalniņš, Ārgule D, P Pumpēns, A Strods , Apvienotajā pasaules latviešu zinātnieku III kongresā un Letonikas IV kongresā, Rīga , 2011

Ātrās saites

• BMC e-pasts
• Iepirkumi
• Iepirkumu arhīvs
• Masu medijiem
• EURAXESS

Grupas ātrās saites

• Pētniecība
• Zinātniskais personāls
• Sadarbības partneri
• Publikācijas