Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

sRNAflow - rīks mazo RNS sekvenēšanas datu analīzei bioloģiskajos šķidrumos

 

 

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) darbības programmas "Izaugsme un nodarbinātība" 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā" 1.1.1.2. pasākums "Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts" ietvaros.

Projekta nosaukums: „sRNAflow - rīks mazo RNS sekvenēšanas datu analīzei bioloģiskajos šķidrumos”

Projekta identifikācijas Nr.:1.1.1.2/VIAA/1/16/135

Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (2017. gada 1. septembris - 2020. gada 31. augusts)

Projekta kopējais finansējums: 133 806,00 EUR

Projekta īstenotājs: Dr.biol. Pāvels Zajakins

Šī projekta mērķis ir izstrādāt sRNAflow – programmatūras rīku mazo RNS analīzei bioloģiskajos šķidrumos. Bez jau eksistējošiem programmatūras paketēm adapteru aizvākšanai, kvalitātes kontrolei, fragmentu kartēšanai un kvantitēšanai, diferenciālās ekspresijas analīzei un miRNS molekulāro mērķu prognozei šis rīks ietvers arī īpaši izstrādātus jaunus algoritmus komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo RNS identificēšanai organisma šķidrumos, genomam komplementāro un ne-komplementāro (enzimātiski modificēto) miRNS izoformu identificēšanai un citu mazo RNS tipu klasificēšanai. Šis rīks būs lietotājam draudzīgs un parādīs vienotu pārskatu par visiem darbplūsmas soļiem.

Informācija publicēta: 01.09.2017.

 

Paveiktais

2017.gada 1.septembris - 2017.gada 30.novembris

Šajos trīs mēnešos, izmantojot R programmēšanas valodu un publiski pieejamas programmatūras paketes izstradata “alfa” programaturas versija, kas uz doto bridī ietver: kvalitātes pārbaude ar fastqc pirms un pēc adapteru aizvākšanas, reprezentatīvas nejaušas izlases sekvenču lasījumu apakškopas kartēšanu pret “NR” datu bāzi, izmantojot blastn rīku, parauga kartēšana pret pilna cilveka genoma (Ensembl databāze), alignmentus pārpozicionēšana, ņemot vērā lokālo pārklājumu ar ShortStack algoritmu,  ekspresēto RNS tipu katalogs izveidošana, izmantojot Ensembl cilvēka genoma anotācijas un miRNS diferenciālas ekspresijas analīze izmantojot DESeq2.

Projekts tika populārzinātniskā veidā prezentēts plašākai sabiedrībai “Zinātnieku nakts” aktivitātēs  ietvaros.

Informācija publicēta: 30.11.2017.

 

Paveiktais

2017.gada 1.decembris - 2018.gada 28.februāris

Šajos trīs mēnešos ir izstrādāta jauna programmatūras versija, kurā ir izlabotas dažādas kļūdas un tā ir papildināta ar tādu funkcionalitāti, kā diferenciālās ekspresijas analīze, izmantojot DESeq2 visiem klasificētiem ekspresētiem RNS tipiem, iebūvēta klasificētiem diferenciēti ekspresētiem RNS tipiem anotācijas parklāšanās analīze, izstrādāts ekspresēto RNS tipu prioritāšu kataloga buvēšanas princips, kas ļauj atrisināt problēmu ar anotācijas pārklājumu. Sākts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu.

Piedalījos Cost akcijas ietvaros rīkotās apmācībās "3rd OpenMultiMed Training School. Multi-scale and Multi-level Modelling Methodologies in Biomedicine".

Informācija publicēta: 28.02.2018.

 

Paveiktais

2018.gada 1.marta - 2018.gada 31.maijs

Šajos trīs mēnešos ir turpināts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu, uzrakstīta metagenoma generēšanas programma, saģenerēts metagenoms, kas apvieno cilvēka un 44000 baktēriju, 400 sēņu un 200 protistu sugu genomus, saplānota jauna metagenoma ģenerēšanas procedūra, kas  atļaus ģenerēt kompaktāku metagenomu, izstrādāta jauna programmatūras versija, atjaunotas datubāzes un izmantotas jaunākās programmu versijas.

Komandējums uz Eiropas BioInformātikas institūtu (EBML-EBI), saņemtas konsultācijas no EMBL-EBI speciālistiem.

Piedalījos Bioinformātikas Institūta, ITMO Universitātes and Washington Universitātes(St. Louis)  Krievijā, Sanktpēterburgā rīkotās apmācībās "Sistēmas Bioloģijas Skola". Mācībās tika apskatītas šādas tēmas - Genoma mēroga asociācijas pētījums (GWAS), eksoma sekvenēšana: no pamatiem uz fenotipu (BWA, Plink, GATK, ExAC un gnomAD), RNSseq, Proteomika un Epiģenētiskā regulācija.

Informācija publicēta: 31.05.2018.


Paveiktais

2018.gada 1.junijs - 2018.gada 31.augusts

Šajos trīs mēnešos ir iebuveti ka iespejas metagenoma identeficešanas proceduras balstitas uz Kraken2 un MetaPhlAn2.

Sataisitas kastomizetas Kraken2 un MetaPhlAn2 metagenoma datubazes, kas apvieno cilveka, bakterijas un protistu sugu genomi.

Izveidota visualizacijas procedura balstita uz Krone.  Turpināts darbs ar BLAST reitinga sortēšanas algoritmu.

 Informācija publicēta 31.08.2018.



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".