Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

sRNAflow - rīks mazo RNS sekvenēšanas datu analīzei bioloģiskajos šķidrumos

 

 

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) darbības programmas "Izaugsme un nodarbinātība" 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā" 1.1.1.2. pasākums "Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts" ietvaros.

Projekta nosaukums: „sRNAflow - rīks mazo RNS sekvenēšanas datu analīzei bioloģiskajos šķidrumos”

Projekta identifikācijas Nr.:1.1.1.2/VIAA/1/16/135

Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (2017. gada 1. septembris - 2020. gada 31. augusts)

Projekta kopējais finansējums: 133 806,00 EUR

Projekta īstenotājs: Dr.biol. Pāvels Zajakins

Šī projekta mērķis ir izstrādāt sRNAflow – programmatūras rīku mazo RNS analīzei bioloģiskajos šķidrumos. Bez jau eksistējošiem programmatūras paketēm adapteru aizvākšanai, kvalitātes kontrolei, fragmentu kartēšanai un kvantitēšanai, diferenciālās ekspresijas analīzei un miRNS molekulāro mērķu prognozei šis rīks ietvers arī īpaši izstrādātus jaunus algoritmus komensiālās mikrofloras un patogēnu izcelsmes mazo RNS identificēšanai organisma šķidrumos, genomam komplementāro un ne-komplementāro (enzimātiski modificēto) miRNS izoformu identificēšanai un citu mazo RNS tipu klasificēšanai. Šis rīks būs lietotājam draudzīgs un parādīs vienotu pārskatu par visiem darbplūsmas soļiem.

Informācija publicēta: 01.09.2017.

 

Paveiktais

2017.gada 1.septembris - 2017.gada 30.novembris

Šajos trīs mēnešos, izmantojot R programmēšanas valodu un publiski pieejamas programmatūras paketes izstradata “alfa” programaturas versija, kas uz doto bridī ietver: kvalitātes pārbaude ar fastqc pirms un pēc adapteru aizvākšanas, reprezentatīvas nejaušas izlases sekvenču lasījumu apakškopas kartēšanu pret “NR” datu bāzi, izmantojot blastn rīku, parauga kartēšana pret pilna cilveka genoma (Ensembl databāze), alignmentus pārpozicionēšana, ņemot vērā lokālo pārklājumu ar ShortStack algoritmu,  ekspresēto RNS tipu katalogs izveidošana, izmantojot Ensembl cilvēka genoma anotācijas un miRNS diferenciālas ekspresijas analīze izmantojot DESeq2.

Projekts tika populārzinātniskā veidā prezentēts plašākai sabiedrībai “Zinātnieku nakts” aktivitātēs  ietvaros.

Informācija publicēta: 30.11.2017.



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".