Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai feču paraugos

 

 

Projekta nosaukums: „ H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai feču paraugos”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/16/A/272

Projekta izpildes termiņš: 2017. gada 1. marts - 2020. gada 29. februāris

Projekta kopējais finansējums: 648 648, 00 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. D. Fridmanis

Sadarbības partneris: LU Klīniskās un profilaktiskās medicīnas institūts

 

Šī projekta mērķis ir, rūpnieciska pētījuma ietvaros, novērtēt H.pylori eradikācijas ilgtermiņa ietekmi uz kuņģa zarnu trakta (GIT) mikrobiomu, izprast tās ietekmi uz paplašināta spektra b-laktamāzes (ESBL) kodējošo gēnu dažādību un izplatību un radīt izmaksu efektīvu ESBL skrīninga testa prototipu. Projekta izpildes gaita iegūtie rezultāti uzlabos mūsu izpratni par antibiotiku ilglaicīgo ietekmi uz kuņģa zarnu traktu un antibiotiku rezistences izplatību. Kā arī veicinās Latvijas H.pylori eradikācijas stratēģijas izstrādi.

Projekts ir ar saimniecisko darbību nesaistīts un atbilst Medicīniskas biotehnoloģijas nozarei. Tas tiks īstenots “Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā” un “Latvijas Universitātē” laika posma no 01.03.2017 līdz 29.02.2020. 

Informācija publicēta: 01.03.2017.


Rezultātu kopsavilkums

no 1. marta līdz 31. maijam.

Projekta zinātniskā vadība

Šajā projekta posmā tika sagatavots un Rīgas Austrumu klīniskās universitātes slimnīcas atbalsta fonda Medicīnisko un biomedicīnisko pētījumu Ētikas komitejai iesniegts pieteikums par pētījuma “H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai fēču paraugos” izvērtēšanu. Komiteja deva pozitīvu vērtējumu, tādejādi ļaujot veikt turpmāko pētniecisko darbību."

Paraugu ievākšana

Sākotnējās paraugu kopas izveidošana – šo darbu ietvaros, izmantojot vairāku veidu savākšanas stobriņus, tika savākti 20 paraugi no pieciem veseliem cilvēkiem. Tā kā ar šīs paraugu kopas palīdzību ir plānots novērtēt standartizētu fēču slēpto asiņu testēšanas stobriņu piemērojamību mikrobioma pētījumiem, tad pēc to iegūšanas tie tika inkubēti atšķirīgos temperatūras režīmos, lai simulētu dažādus vides apstākļus, kuros paraugs varētu tikt uzglabāts pirms nonākšanas laboratorijā. Turpmākajos projekta posmos tiks veikta DNS izdalīšana no šo paraugiem pielietojot “Projekta metožu eksperimentālā izstrādes” darbības ietvaros izstrādāto DNS izdalīšanas metodiku.

Paraugu ģenētiskā analīze

Šīs darbības sākotnējos posmos tika veikta padziļināta literatūras izpēte, ar mērķi identificēt un izstrādāt zarnu trakta mikrobioma izpētei vispiemērotākos 16S rRNS gēna V3 reģiona amplifikācijas oligonukleotīdus. Pēc to izstrādes un iegādes, izmantojot dažus “Projekta metožu eksperimentālā izstrādes” darbības ietvaros iegūtos mikrobioma DNS paraugus, tika veikta analizējamā rajona amplifikācijas reakcijas izstrāde un pilnveidošana, kurai sekoja iegūto produktu ģenētiskā analīze pielietojot IonTorrent PGM sekvencēšanas platformu. Turpmākajos projekta posmos, veicot arī pārējo paraugu ģenētisko analīzi, tiks identificēta vispiemērotākā DNS izdalīšanas metodika.

Projekta metožu eksperimentālā izstrāde

Iesākot projekta izpildi šīs darbības ietvaros tika veikta literatūrā pieejamo, kā arī abu partneru rīcībā esošo zināšanu apkopošana par visefektīvākajām paraugu ievākšanas un uzglabāšanas metodēm. Šo darbu rezultātā tika izstrādāta paaugu ievākšanas metodika, kura instrukcijas veidā tiks izsniegta visiem pētījumā iesaistītajiem pacientiem. Paralēli šai aktivitātei tika iesākts arī darbs pie Efektīvas zarnu trakta mikrobioma DNS izdalīšanas metodes izstrādes. Tā ietvaros, izmantojot svaigus - mājas apstākļos iegūtus paraugus tika, veikta DNS izdalīšana izmantojot dažādu ražotāju piedāvātos materiālus un reaģentu komplektus. Nākamajos projekta posmos “Paraugu ģenētiskā analīzes” darbības ietvaros visiem iegūtajiem paraugiem tiks veikta ģenētiskā analīze, kuras rezultātā tiks noteikta projekta īstenošanas mērķiem vispiemērotākā mikrobioma DNS izdalīšanas metode.

Informācija publicēta: 31.05.2017.

Rezultātu kopsavilkums

no 1. jūnijs līdz 31. augusts.

Paraugu ievākšana

Laika posmā (maijs-jūlijs), atbilstoši projekta darbības plānam, tika uzsākta eksperimentālās paraugu kopas izveidošana, iesaistot pacientus, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu. Paralēli tika veikta ģenētiskā materiāla izdalīšana no sākotnējās paraugu kopas paraugiem, izmantojot "Projekta metožu eksperimentālā izstrāde" optimizētu DNS izdalīšanas metodiku.

Paraugu ģenētiskā analīze

Aktivitātes ietvaros, šajā projekta atskaites periodā tika īstenota ģenētiskā analīze paraugiem, kas iegūti mājas apstākļos un kam veikta DNS izdalīšana izmantojot dažādu ražotāju piedāvātos materiālus un reaģentu komplektus. Veicot iegūto analīzi tika noteikts relatīvais mikroorganismu sugu sadalījums paraugos ar kura palīdzību savukārt tika novērtēta katra parauga iekšējā dažādība un atbilstība literatūrā pieejamajiem datiem par cilvēka mikrobiomu. Šie rezultāti tālāk tika izvērtēti “Projekta metožu eksperimentālā izstrādes” darbības ietvaros ar mērķi identificēt vispiemērotāko DNS izdalīšanas metodi.

Pēc minēto darbu paveikšanas un rezultātu ieguves tika uzsākts darbs pie sākotnējās paraugu kopas ģenētiskā materiāla analīzes.

Projekta metožu eksperimentālā izstrāde

Projekta metožu eksperimentālās izstrādes ietvaros tika īstenota rezultātu analīze paraugiem, kas iegūti mājas apstākļos un kam veikta DNS izdalīšana izmantojot dažādu ražotāju piedāvātos materiālus un reaģentu komplektus. Balstoties uz šiem rezultātiem tika identificēta vispiemērotākā zarnu trakta mikrobioma DNS izdalīšanas metode.

Informācija publicēta: 31.08.2017.

Rezultātu kopsavilkums

no 1. septembris līdz 30. novembris.

Projekta zinātniskā vadība

Šajā atskaites periodā projekta zinātniskās vadības ietvaros tika veikta tekošo zinātnisko eksperimentu plānošana kā arī intrainstitucionālo un interinstitucionālo semināru organizēšana. Eksperimentu plānošanas ietvaros, vadoties pēc iepriekšējā perioda rezultātiem, tika radīts situācijai atbilstošu darbību veikšanas plāns, kurš pirms tā realizācijas tika detalizēti apspriests semināru ietvaros. Arī projekta kopējais progress tika novērtēti šo semināru ietvaros

Paraugu ievākšana

Šajā projekta posmā, atbilstoši projekta darbības plānam, tika turpināta eksperimentālās paraugu kopas izveidošana, iesaistot pacientus, kuriem veikta H.pylori eradikācija ar standarta 10 dienu antibiotiku kursu, kā arī tika veikta jau ievākto paraugu ģenētiskā materiāla izdalīšana izmantojot iepriekš identificēto paraugu izdalīšanas metodi.

Paraugu ģenētiskā analīze

Aktivitātes ietvaros, tika īstenota kvalitātes novērtēšana pirmajiem DNS paraugiem, kas izdalīti no eksperimentālās paraugu kopas fēču paraugiem. Daļai no tiem tika veikta 16S rRNS gēna V3 reģiona sekvencēšanas bibliotēku sagatavošana, kas ietvēra amplifikāciju ar rajonam specifiskiem praimeriem, kā arī iegūto produktu attīrīšanu un kvalitātes novērtēšanu.

Projekta metožu eksperimentālā izstrāde

Šajā projekta posmā šīs aktivitātes ietvaros tika uzsākts darbs pie ESBL gēnu amplifikācijas paneļa izstrādes. Tās ietvaros tika lejuplādēta informācija par visiem zināmajiem ESBL gēniem un uzsākta manuāla tās rediģēšana ar mērķi to attīrīt no funkcionāli nelietderīgās informācijas.

Informācija publicēta: 30.11.2017.



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".