Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai feču paraugos

 

 

Projekta nosaukums: „ H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai feču paraugos”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/16/A/272

Projekta izpildes termiņš: 2017. gada 1. marts - 2020. gada 29. februāris

Projekta kopējais finansējums: 648 648, 00 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. D. Fridmanis

Sadarbības partneris: LU Klīniskās un profilaktiskās medicīnas institūts

 

Šī projekta mērķis ir, rūpnieciska pētījuma ietvaros, novērtēt H.pylori eradikācijas ilgtermiņa ietekmi uz kuņģa zarnu trakta (GIT) mikrobiomu, izprast tās ietekmi uz paplašināta spektra b-laktamāzes (ESBL) kodējošo gēnu dažādību un izplatību un radīt izmaksu efektīvu ESBL skrīninga testa prototipu. Projekta izpildes gaita iegūtie rezultāti uzlabos mūsu izpratni par antibiotiku ilglaicīgo ietekmi uz kuņģa zarnu traktu un antibiotiku rezistences izplatību. Kā arī veicinās Latvijas H.pylori eradikācijas stratēģijas izstrādi.

Projekts ir ar saimniecisko darbību nesaistīts un atbilst Medicīniskas biotehnoloģijas nozarei. Tas tiks īstenots “Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā” un “Latvijas Universitātē” laika posma no 01.03.2017 līdz 29.02.2020. 

Rezultātu kopsavilkums

no 1. marta līdz 31. maijam.

Projekta zinātniskā vadība

Šajā projekta posmā tika sagatavots un Rīgas Austrumu klīniskās universitātes slimnīcas atbalsta fonda Medicīnisko un biomedicīnisko pētījumu Ētikas komitejai iesniegts pieteikums par pētījuma “H.pylori eradikācijas kursa ilglaicīgā ietekme uz zarnu trakta mikrobiomu un skrīnēšanas sistēmas izstrāde paplašināta spektra beta laktamāzes kodējošo gēnu noteikšanai fēču paraugos” izvērtēšanu. Komiteja deva pozitīvu vērtējumu, tādejādi ļaujot veikt turpmāko pētniecisko darbību."

Paraugu ievākšana

Sākotnējās paraugu kopas izveidošana – šo darbu ietvaros, izmantojot vairāku veidu savākšanas stobriņus, tika savākti 20 paraugi no pieciem veseliem cilvēkiem. Tā kā ar šīs paraugu kopas palīdzību ir plānots novērtēt standartizētu fēču slēpto asiņu testēšanas stobriņu piemērojamību mikrobioma pētījumiem, tad pēc to iegūšanas tie tika inkubēti atšķirīgos temperatūras režīmos, lai simulētu dažādus vides apstākļus, kuros paraugs varētu tikt uzglabāts pirms nonākšanas laboratorijā. Turpmākajos projekta posmos tiks veikta DNS izdalīšana no šo paraugiem pielietojot “Projekta metožu eksperimentālā izstrādes” darbības ietvaros izstrādāto DNS izdalīšanas metodiku.

Paraugu ģenētiskā analīze

Šīs darbības sākotnējos posmos tika veikta padziļināta literatūras izpēte, ar mērķi identificēt un izstrādāt zarnu trakta mikrobioma izpētei vispiemērotākos 16S rRNS gēna V3 reģiona amplifikācijas oligonukleotīdus. Pēc to izstrādes un iegādes, izmantojot dažus “Projekta metožu eksperimentālā izstrādes” darbības ietvaros iegūtos mikrobioma DNS paraugus, tika veikta analizējamā rajona amplifikācijas reakcijas izstrāde un pilnveidošana, kurai sekoja iegūto produktu ģenētiskā analīze pielietojot IonTorrent PGM sekvencēšanas platformu. Turpmākajos projekta posmos, veicot arī pārējo paraugu ģenētisko analīzi, tiks identificēta vispiemērotākā DNS izdalīšanas metodika.

Projekta metožu eksperimentālā izstrāde

Iesākot projekta izpildi šīs darbības ietvaros tika veikta literatūrā pieejamo, kā arī abu partneru rīcībā esošo zināšanu apkopošana par visefektīvākajām paraugu ievākšanas un uzglabāšanas metodēm. Šo darbu rezultātā tika izstrādāta paaugu ievākšanas metodika, kura instrukcijas veidā tiks izsniegta visiem pētījumā iesaistītajiem pacientiem. Paralēli šai aktivitātei tika iesākts arī darbs pie Efektīvas zarnu trakta mikrobioma DNS izdalīšanas metodes izstrādes. Tā ietvaros, izmantojot svaigus - mājas apstākļos iegūtus paraugus tika, veikta DNS izdalīšana izmantojot dažādu ražotāju piedāvātos materiālus un reaģentu komplektus. Nākamajos projekta posmos “Paraugu ģenētiskā analīzes” darbības ietvaros visiem iegūtajiem paraugiem tiks veikta ģenētiskā analīze, kuras rezultātā tiks noteikta projekta īstenošanas mērķiem vispiemērotākā mikrobioma DNS izdalīšanas metode.

Informācija atjaunota: 31.05.2017.



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".