Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

Apbedījuma vides mikrobioma nozīme biomolekulārajā arheoloģijā un senās tuberkulozes izpētes procesos

 

 

Projekta nosaukums: „ Apbedījuma vides mikrobioma nozīme biomolekulārajā arheoloģijā un senās tuberkulozes izpētes procesos”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 1. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/16/A/101

Projekta izpildes termiņš: 2017. gada 1. marts - 2020. gada 29. februāris

Projekta kopējais finansējums: 648 648,24 EUR

Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. R. Ranka

Sadarbības partneris: Latvijas Universitātes Latvijas Vēstures Institūts

 

Projekta mērķis: raksturot augsnes mikrobioma efektu senas DNS izpētes procesos un izpētīt tuberkulozes izraisītāja genoma klātbūtni 15.-18. gadsimta arheoloģiskā materiāla paraugos. Šis mērķis paredz fundamentālu starpdisciplināru pētījumu veikšanu sadarbības projekta ietvaros. Projekta ir plānotas aktivitātes paleopatoloģijas un seno infekciju slimību izpētes jomas, kas paredz moderno tehnoloģiju

pielietošanu arheoloģisko paraugu un apbedījuma vides mikrobioma analīze un seno patogenu detektēšanā.

Projekta izpilde radīs jaunas zināšanas par vides mikroorganismu klātbūtni Viduslaiku kaulu un zobakmens arheoloģiskos paraugos, kas palīdzēs izprast to ietekmi uz seno patogenu pētījumiem. Turklāt projektā paredzētie mēģinājumi veikt tuberkulozes izraisītāju M. tuberculosis DNS klātbūtnes noteikšanu un raksturošanu 15.-18. gadsimta arheoloģiskā materiāla paraugos palīdzēs apstiprināt un uzlabot tuberkulozes

paleopatoloģisku diagnozi un sniegs jaunas zināšanas par tuberkulozes izplatības procesiem Latvija.

Projekta ir iesaistīti pieredzējušie zinātnieki un doktoranti no Latvijas Biomedicīnas Pētījumu Centra un Latvijas Universitātes Latvijas Vēstures Institūta, kas pārstāv Molekulārās bioloģijas un biomedicīnas, kā arī Arheoloģijas sektorus. Projekta izpilde sekmēs molekulāras bioarheoloģijas un biomedicīnas attīstību Latvijā. 

Informācija publicēta: 01.03.2017.


Paveiktais:

2017. gada 1. marts - 2017. gada 31. maijs.

Šajā laika posmā ir uzsākta esošā 15- 18 gadsimta antropoloģiskā materiāla paleopatoloģiska izpēte un veikti sagatavošanas darbi šo paraugu biomolekulārās analīzes veikšanai. Uzsākta arī vides paraugu  mikroorganismu profila noteikšana ar 16S mikrobioma analīzi izmantojot NextGeneration Sequencing IonTorrent tehnoloģijas, kā arī bioinformātiskās analīzes metožu kopu (Bioinformatic analysis pipelines) izstrādāšana un pielāgošana datu analīzei. Veikta uz šo brīdi aktuālākās zinātniskās literatūras analīze.

Informācija publicēta: 31.05.2017.


2017. gada 1. jūnijs - 2017. gada 31. augusts.

Ir veikta pirmo 15- 18 gadsimta antropoloģiskā materiāla kaulu paraugu apstrāde pēc atbilstošās metodikas senās DNS iegūšanai. Ir veikta iegūtās DNS daudzuma raksturošana, uzsākta šo paraugu biomolekulārā analīze. Ir turpināta apbedījuma vides paraugu apstrāde ar sekojošu mikroorganismu profila noteikšanu. Ir turpināta bioinformātiskās analīzes metožu kopu (Bioinformatic analysis pipeline) izstrādāšana un pielāgošana projekta specifiskām vajadzībām. Ir uzsākta iegūto datu bioinformātiskā analīze un apstrāde.

Informācija publicēta: 31.08.2017.


2017. gada 1. septembris - 2017. gada 30. novembris.

Projekta pārskata periodā ir veiksmīgi turpināta esošā 15- 18 gadsimta antropoloģiskā materiāla paleopatoloģiska izpēte. Ir veikta vairāku kaulu un zobu paraugu apstrāde senās DNS iegūšanai, kā arī iegūto DNS paraugu biomolekulārā analīze izmantojot Ion 16S™ Metagenomics pieeju.  Bioinformātiskā analīze un datu apkopojums parādīja, ka dažādiem 16S rRNA hipervariablem rajoniem piemīt atšķirīga izšķirtspēja, kas ir atkarīga no mikroorganismu veida un pētāmo paraugu dabas. Iegūtie rezultāti ir prezentēti starptautiskajā konferencē stenda referāta veidā.

Informācija publicēta: 30.11.2017.

 

2017. gada 1. decembris - 2018. gada 28. februāris.

Projekta pārskata periodā ir turpināta esošā 15- 18 gadsimta antropoloģiskā materiāla paleopatoloģiska izpēte un ir veikta vairāku arheoloģisko paraugu biomolekulārā analīze, izmantojot iegūtus seno DNS. Iegūtie dati liecina, ka senās DNS degradācijas pakāpe ir tieši saistīta ar izmantoto paraugu arheoloģisko vecumu. Ir veikta 16S rRNA datu analīzē ar dažādām bioinformātikas metodēm, lai iegūtu pilnīgāku apbedījumu augsnes paraugu mikroorganisma profila raksturošanu. Ir veikts darbs pie arheoloģisko paraugu/augsnes paraugu mikroorganisma profila savstarpējās līdzības/atšķirības raksturošanai. Salīdzinot iegūtos datus ar literatūras datiem var secināt, ka dažādu sekvenēšanas platformu (t.i. gan IonTorrent, gan Illumina) izmantošana varētu sniegt daudz plašākas iespējas senās DNS un vides mikroorganismu analīzē.

Informācija publicēta: 28.02.2018.



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".